Na Slovensku bola nespokojnosť s vtedajším režimom a s prílišnou kolaboráciou s Nemeckom čoraz väčšia a väčšia. Výrazne k tomu prispel aj vývin na frontoch svetovej vojny. Aj keď životná úroveň na Slovensku bola na vojnové pomery relatívne veľmi dobrá (vyššia ako v susedných krajinách), obyvateľstvo nebolo s vládou spokojné. Nespokojnosť postupne prerastala do organizovanejšieho odboja. Hlinkova slovenská ľudová strana (HSĽS) dôsledne uplatňovala zásadu „jeden národ - jedna strana“, čím sa snažila zbaviť opozície na Slovensku akejkoľvek základne. Opozičná tlač bola pozastavená, zostávajúce noviny boli cenzúrované a informácie usmerňované úradom propagandy. V ústave bol obsiahnutý zákaz štrajkov a nesúhlas s vládnou politikou bol striktne kriminalizovaný.

Bývalí politici, ktorých strany boli násilne zlúčené s HSĽS, sa začali postupne zoskupovať a budovali organizovaný odboj. Tieto skupiny sa súhrnne označovali ako tzv. občiansky blok. Okrem iných sem patrili aj sociálni demokrati, či evanjelici, ktorí boli nespokojní s privilegovaným postavením katolíckej cirkvi. Občiansky blok sa orientoval na obnovu Československa, pričom vačšina z jeho predstaviteľov sa zameriavala na vytvorenie podmienok pre vznik demokratickej slovenskej autonómie.
Ako jedni z prvých začali organizovaný odboj na Slovensku komunisti. Komunistická strana bola zakázaná a organizovala sa ilegálnym spôsobom. No v štátoprávnej oblasti bola medzi ňou a občianskym blokom neprekonateľná bariéra, lebo neuznávala ani predvojnové Československo, ani jeho demokratický systém, ale presadzovala projekt tzv. sovietskeho Slovenska, čo znamenalo pripojenie Slovenska k Sovietskemu zväzu. Aktivity komunistov boli napr. vydávanie letákov, ilegálnych novín a taktiež organizovanie štrajkov.

Vláda sa snažila za pomoci rozsiahleho policajného aparátu sledovať všetkých potencionálnych podozrivých. Napr. už v júni 1939 odhalila odbojovú organizáciu Revolučná mládež Slovenska, združujúcu predovšetkým mladých študentov a robotníkov.
Vláda postupne pozatýkala všetky vedúce osobnosti ilegálnej Komunistickej strany a pod policajným dohľadom boli aj všetci výrazní odporcovia HSĽS (bývalí politici).