Na uhorský trón sa dostali v 16. storočí Jagellovci, konkrétne Vladislav II. (1516 – 1526) – došlo ku zvýšeniu moci šľachty, chcela zabrániť sťahovaniu sa poddaných do miest, proti tomu protestovali slobodné kráľovské mestá. Sociálne napätie po vyhlásení križiackej výpravy proti Osmanskej ríši a po jej odvolaní vyústila v roku 1514 do sedliackeho povstania. Na jeho čele bol sedmohradský šľachtic Juraj Dóža. Povstalci boli spojenými šľachtickými vojskami porazení a ich vodca Juraj Dóža, nazývaný posmešne sedliacky kráľ, bol na rozžeravenom tróne za živa upečený. Bolo to najväčšie sedliacke povstanie v Uhorsku v stredoveku. Negatívnym dôsledkom povstania bolo pripútanie poddaných k pôde (úplný zákaz sťahovania poddaných).

Ľudovít II. Jagellovský (1516 - 1526) – vládol v časoch, keď uhorská stavovská anarchia dosiahla vrchol. Sultán Suleyman dobyl v roku 1521 Belehrad, všetky dôležité pevnosti na hraniciach. Tlak Osmanskej ríše na Uhorsko sa stupňoval. Rozhodujúca bitka medzi slabými uhorskými vojskami a niekoľkonásobne silnejším osmanským sa odohrala 29.8.1526 pri Moháči. Uhorské vojsko vedené neskúsenými veliteľmi bolo na hlavu porazené. Ľudovít II. pri úteku z bojiska zahynul v rieke. Po jeho smrti sa uvolnil český aj uhorský trón. Česká šľachta prijala Ferdinanda I. Habsburského za kráľa, v Uhorsku sa rozdelila šľachta na 2 skupiny. Jedna skupina zvolila za kráľa najbohatšieho magnáta Jána Zápoľského, druhá skupina šľachty – hlavne zo Z Uhorska – zvolila Ferdinanda Habs. Uhorsko teda malo 2 kráľov. Tí medzi sebou bojovali. Ján Zápoľský zložil Suleymanovi II. vazalský sľub a využíval ho ako spojenca v boji proti Ferdinandovi. Malo to vážne následky, lebo Turci sledovali vlastné záujmy. Podnikali pustošivé vpády do stredu Podunajskej nížiny.

V roku 1529 Turci neúspešne obliehali Viedeň, v septembri 1530 pri Ostrihome prešli cez Dunaj a prenikli pozdĺž Váhu ku Hlohovcu a Trnave, popri Nitre k Topoľčanom a Bojniciam, ďalší pozdĺž Hrona k Leviciam, Vrábľom, Zlatým Moravciam. Drancovali nechránený vidiek, lebo hrady a opevnené mestá sa im ubránili. Po vzájomných bojoch Ferdinand a Ján Zápoľský uzavreli mier – 1538 na Veľkom Varadíne. Ponechali si územia, ktoré dovtedy ovládali, Zápoľského územie po jeho smrti má pripadnúť Ferdinandovi. Po jeho smrti v roku 1540 – syn Ján Žigmund nerešpektoval otcov sľub – znovu spolupracuje s Turkmi. Využili to a Suleyman II. obsadil stred Podunajskej nížiny a zriadil tureckú provinciu (pašalík) s centrom v Budíne. Uhorsko sa v roku 1541 rozdelilo na 3 časti:
BUDÍNSKY PAŠALIK
SEDMOHRADSKÉ KNIEŽATSTVO (sen Turci vtlačili Zápoľského dedičov)
„ZVYŠOK ZVYŠKOV“ územie ovládané Ferdinandom I. územie Slov. a úzky pás na Zuhorskom pohraničí
Turecká expanzia pokračovala dobitím Šiah, Sečian a Fiľakova (1554). Na obsadenom území Turci zriadili vlastnú správu, pozostávajúcu z okresov – SANDŽAKOV – na čele ktorých stáli BEGOVIA sídliaci v dobytých hradoch a pevnostiach – postupne zriadili OSTRIHOMSKÝ, NOVOHRADSKÝ, SEČIANSKY A FIĽAKOVSKÝ SANDŽAK. NAJVYŠŠÍM PREDSTAVITEĽOM BOL ROKU 1541 BUDÍNSKY PAŠA.
Od podmaneného obyvateľstva vyberali Turci dane, podnikali proti mestám a obciam trestné výpravy – vypaľovali, vraždili, odvliekali do otroctva. Protiturecká obrana bola nákladná, Habs. si požičiavali peniaze a do zálohy dávali hrady a panstvá.