Ferdinand II. vydal tzv. Obnovené zřízení zemské, což byla vlastně nová ústava, která vytvářela předpoklad pro centralismus, absolutismus, germanizaci a nadvládu katolicismu. V Čechách začalo platit roku 1627, na Moravě roku 1628. Bylo v něm uzákoněno dědičné právo Habsburků na český trůn, posílena pozice panovníka na úkor českých stavů, povoleno jen katolické náboženství, obnoven zemský sněm (ale scházet se mohl jen z vůle panovníka), podlomen význam měst (všechna města měla dohromady jeden hlas), ztráta suverenity domácího soudního systému, němčina byla zrovnoprávněna s češtinou – tímto se z dosavadní slovanské země, kde byla jedinou úřední řečí čeština, stala země dvojjazyčná a postupně spíše německá. Ale hlavně byla postupně oklešťována státní suverenita, všechny centrální orgány i Česká dvorská kancelář byly ve Vídni. Ferdinand by dvakrát ženatý - poprvé s Marií Annou Bavorskou, se kterou měl sedm dětí. Jeho druhou ženou byla Eleonora Gonzaga a manželství s ní zůstalo bezdětné. Už s velkým předstihem nechal Ferdinand svého syna Ferdinanda III. uherským, českým a římskoněmeckým králem.
Ferdinand zemřel 15. února roku 1637 ve Vídni krátce po svém návratu z volebního sněmu v Řezně, který se odehrál v prosinci 1636 a jeho ostatky jsou uloženy ve Štýrském Hradci.

Ferdinand III. (1637 – 1657)
Ferdinand III. byl třetím synem Ferdinanda II. a Marie Anny Bavorské a na svět přišel ve Štýrském Hradci dne 13. července 1608. Jelikož byl až třetím synem v pořadí, neměl příliš nadějné vyhlídky na trůn, ale oba jeho starší bratři předčasně zemřeli, a tak měl Ferdinand volnou cestu.
Ferdinand získal své vzdělání od jezuitů a už od útlého věku byl zasvěcován do tajů vládních záležitostí a učil se vést diplomatickou korespondenci. Byl jazykově nadaný – ovládal sedm jazyků: latinu, němčinu, španělštinu, italštinu, francouzštinu, maďarštinu a češtinu. A stejně jako jeho otec byl velmi zbožný. K jeho dalším kladným vlastnostem patřila zodpovědnost, prozíravost, laskavost a umírněnost. K jeho zájmům patřila barokní kultura a přírodní vědy.
Ještě za života svého otce Ferdinanda II. byl korunován uherským (1625 v Prešpurku), českým (1627 v Praze) a římskoněmeckým (1636) králem. Poté, co jeho otec nechal zavraždit Albrechta z Valdštejna, se Ferdinand III. stal vrchním velitelem císařské armády a tuto funkci vykonával v letech 1634 – 1636. Tuto funkci vykonával s radostí, neboť již od mládí měl zálibu ve vojenství. Po otcově smrti v roce 1637 nastoupil na římskoněmecký císařský trůn. V prvních letech své vlády pokračoval v bojích třicetileté války proti švédsko-francouzské koalici.

Ferdinand III. byl celkem třikrát ženatý: jeho první manželkou byla Marie Anna Španělská, se kterou měl šest dětí – Ferdinand IV., Marie Anna, Filip August, Maxmilián Tomáš, Leopold I. a Marie. Jeho další ženou se stala sestřenice Marie Leopoldina Tyrolská. Ta po roce zemřela, ale ještě předtím mu stihla porodit Karla Josefa. Ferdinandovou poslední chotí byla Eleonora Gonzaga, která mu dala čtyři děti: Terezii, Eleonoru Marii Josefu, Marii Annu Josefu a Ferdinanda. Ferdinand III. prý vedl spořádaný rodinný život a neměl žádné nemanželské potomky. Stejně jako Ferdinand II. pokračoval i Ferdinand III. v protireformaci, povedlo se mu omezit výdaje dvora a nemůžeme mu upřít ani značné mírové úsilí. Po výhře u Nördlingenu utrpěl několik zničujících porážek a říše musela čelit nepřátelským Francouzům a Švédům. Na počátku roku 1939 vpadla švédská armáda do Čech a zemi pustošila až do jara 1640. Naděje na dobytí Vídně znovu oživili protihabsburští spojenci po roce 1643, kdy chtěl začít válku proti Ferdinandovi sedmihradský kníže Jiří Rákoczi, ale pomoc Dánska a Polska zničila naděje protihabsburských oddílů. Ustavení nového vrchního velitele císařských vojsk - Ferdinandova bratra arcivévody Leopolda Viléma s sebou přináší i jistou stabilizaci. Roku 1640 je svolán říšský sněm do Řezna a probíhají snahy o ukončení války. Snaha byla, ale o 5 let později se do dějin zapsala jedna z nejkrvavějších bitev třicetileté války, kdy císařská armáda utrpěla těžkou porážku od Švédů v bitvě u Jankova.

A co víc, Švédové se připravují na obléhání Vídně. Ferdinand tedy raději utíká. Naštěstí však švédská armáda není dostatečně silná (anebo je Leopold Vilém natolik schopný) a Švédové se stahují na Moravu. Začíná mírové jednání, které vyvrcholí 24.října 1648 podepsáním míru ve vestfálském Münsteru (s Francií) a v dolnosaském Osnabrücku (se Švédskem). Vestfálský mír je významným mezníkem v evropských dějinách. Svatá říše římská ztrácí některé državy a dominantní postavení na kontinentu. Z náboženského hlediska byl stanoven mezníkem rok 1624 - co bylo k tomu datu katolické, to zůstane římské církvi, což znamenalo konec všem nadějím naší emigrace.Ferdinandovi se zjevně zalíbila Praha, neboť v ní často pobýval a dokonce se zasloužil o obnovu Pražského hradu. Další jeho zásah se týkal pražské univerzity, když roku 1638 vyňal z moci jezuitů Karolinum a obě fakulty (lékařskou a právnickou) dal pod světskou pravomoc. V roce 1654 pak spojil Karolinum s klementinskou kolejí v jedinou Karlo-Ferdinandovu univerzitu.
Ferdinand III. zemřel ve Vídni 2.dubna 1657 a jeho ostatky byly uloženy do krypty vídeňského kapucínského kláštera.

Ferdinand IV.
Ferdinand IV. se narodil 8. září 1633 ve Vídni, hned od narození bylo jasné, že bude dědicem trůnu a k tomuto účelu byl také vychováván. Roku 1646 byl korunován králem českým, o rok později králem uherským. V květnu 1653 je zvolen králem římským, o pár dní později je i korunován a začíná se plánovat svatba s Marií Terezou, nejstarší dcerou španělského krále Filipa IV. Ale plány jim překazí zákeřný virus neštovic, který napadl a zabil Ferdinanda den po jeho jedenadvacátých narozeninách.