Po vymretí rodu grófov zo Svätého Jura a Pezinka v roku 1543 došlo v Malokarpatskej oblasti k postupnej zmene vlastníckych pomerov. Po viacerých záložných majiteľoch pezinského a svätojurského panstva sa obe stali súčasťou majetkov šľachtického rodu Pálfiovcov, ktorý ich vlastnil až do 20. storočia. Tento rod patril až do poslednej štvrtiny 16. storočia medzi nevýznamné uhorské šľachtické rody. Najstarším známym členom rodu bol Pavol, ktorý získal šľachtický titul a erb od kráľa Mateja Korvína za zásluhy v bojoch proti Turkom. V  bojoch proti nim sa vyznamenal aj Pavlov syn Peter a vnuk Mikuláš (+ 1600). Ten je dnes považovaný za zakladateľa slávy rodu. V roku 1583  odkúpil od Fuggerovcov hrad a panstvo Červený Kameň a v roku 1598 získal do dedičnej držby panstvo Bratislavský hrad, hodnosť bratislavského hradného kapitána a župana Bratislavskej stolice. Popri tom bol tiež novozámockým, komárňanským a preddunajským hlavným kapitánom. Mikulášovi synovia pokračovali v zveľaďovaní rodových majetkov. Pavol získal v roku 1634 panstvo Malacky - Plavecký hrad, v roku 1635 Devín a Bátorove Kesy a v roku 1637 panstvá Bojnice a Marchegg v Rakúsku. V Pezinku sa s Pálfiovcami prvýkrát stretávame v roku 1575, keď sa záložným majiteľom pezinského panstva stal významný cisársky vojvodca chorvátskeho pôvodu Ján Krušič z Lepoglavy a jeho manželka Katarína Pálfiová.

Ján Krušič z Lepoglavy v roku 1580 zomrel a Katarína sa už onedlho vydala za jedného z najmocnejších mužov Uhorska, palatína Štefana Ilešháziho. Aj napriek tomu, že spolužitie obyvateľov mestečka so šľachticmi z rodu grófov zo Sv. Jura a Pezinka, alebo Jánom Krušičom z Lepoglavy nebolo vždy najideálnejšie, zemepáni aspoň rámcovo dodržiavali zvyklosti a staré práva obyvateľov Pezinka. Táto situácia sa však zmenila po tom, čo sa majiteľom pezinského panstva stal Štefan Ilešházi. Spory medzi ním a obyvateľstvom mestečka pretrvávali až do Ilešháziho smrti v roku 1609 a v istej miere sa preniesli aj do vzťahov Pezinčanov a posledných majiteľov pezinského panstva - Pálfiovcov. Tí sa definitívne stali majiteľmi panstva po smrti Kataríny Pálfiovej v roku 1626 osobou Štefana Pálfiho, vnuka
Mikuláša Pálfiho. V rovnakom roku získali Štefan a jeho brat Ján aj panstvo Sv. Jur a v roku 1636 aj panstvo Kamienec v Dolnom Sliezsku. Štefan aj v nasledujúcom období usilovne pracoval na zväčšovaní rodových majetkov. Sobášom so Zuzanou Puchaimovou získal rakúske panstvá Krumbach, Kirchschlag a Saubersdorf. V prvej štvrtine 18. storočia vlastnil rod na istý čas aj panstvá Makovica a Hertník na východnom Slovensku. Štefanovi synovia Štefan a Pavol rozdelili rod a
taktiež rodové majetky na dve samostatné línie - staršiu a mladšiu. Staršia sa postupne ďalej rozčlenila na tri základné línie: malackú, ktorej zakladateľom bol Mikuláš Pálfi (+ 1773), pajštúnsko-stupavskú, založenú Leopoldom Pálfim (+ 1773) a červenokamenskú, ktorú založil Rudolf Pálfi (+ 1768).