Vojenské velenie a obrana krajiny boli priamo podriadené viedenskému dvoru, ktorý na území Slovenska zriadil dva kapitanáty na čele s vojenskými veliteľmi – kapitánmi.
Ferdinandovu pozíciu veľmi upevnilo, keď sa po odstúpení jeho brata Karola V. (1556) stal cisárom Nemeckej ríše. Mohol tak mobilizovať vojenské i hospodárske sily celej ríše na protiturecké boje v Uhorsku, pričom využíval aj žoldnierske vojská a financie z Rakúska, Čiech a Moravy. Ferdinand celé desaťročia neobsadzoval funkciu palatína, ktorý bol podľa uhorských zákonov po kráľovi najvyšším hodnostárom krajiny. Táto funkcia symbolizovala uhorskú stavovskú monarchiu. Preto uhorská šľachta veľmi ťažko niesla Ferdinandove centralizačné opatrenia.
Uhorskej šľachte i naďalej ostalo rozhodujúce slovo na snemoch a v stoličnej správe, takže mala možnosť sabotovať centralizačné opatrenia na najnižších stupňoch riadenia štátu. Napr. schvaľovanie daní bolo v kompetenciu snemu, výber daní bol v rukách stolíc, teda reprezentantov šľachty. Samotná šľachta ostala i naďalej nezdanená, pretože Ferdinand sa pri svojej voľbe za kráľa zaviazal dodržiavať všetky predchádzajúce zákony a výsady šľachty, najmä jej nezdaniteľnosť.

Pätnásťročná vojna, Bočkajovo povstanie
V priebehu 16. storočia viackrát prepukla otvorená vojna medzi habsburskou ríšou a Turkami. Nepriateľské posádky sa navzájom napádali aj v obdobiach mieru. Keďže strategickým cieľom tureckých vojsk bolo dobytie stredoslovenských banských miest s bohatými zásobami drahých kovov a medi, viedenský dvor zriadil funkciu kapitána banských miest so sídlom na Zvolenskom zámku. Funkcia bola spojená s hodnosťou zvolenského župana.
Roku 1593 prepukla otvorená vojna medzi Osmanskou ríšou a Habsburgovcami, ktorá s prestávkami trvala takmer 15 rokov (pätnásťročná vojna). Domácim obrancom i habsburským vojskám sa podarilo vytlačiť turecké posádky smerom na juh a hranica sa stabilizovala na rieke Ipeľ. Zaujatie habsburského dvora vojnou s Turkami využil sedmohradský veľmož Štefan Bočkaj a v rokoch 1604 – 1606 sa postavil na čelo prvého povstania proti Habsburgovcom v Uhorsku.
Kým Ferdinandov nástupca Maximilián II. (1564 – 1576) bol v náboženských otázkach pomerne tolerantný, ďalší panovník, Rudolf II. (1576 – 1608), tvrdo postupoval proti protestantom. Napr. v Košiciach v roku 1604 násilne odobrali evanjelikom košický dóm. To vyvolalo odpor nekatolíckych stavov na čele so Štefanom Bočkajom. Bočkaj sa však spojil s Turkami a s ich pomocou obsadil takmer celé Slovensko.

Pokúsil sa preniknúť aj na Moravu a snažil sa získať podporu českých nekatolíckych stavov. Keď však jeho vojská zložené z lúpežníckych hajdúchov plienili moravské pohraničie, miestne oddiely ich zahnali späť na Slovensko.
Bočkajovo povstanie sa skončilo podpísaním mieru vo Viedni (1606). V tom istom roku bol uzavretý mier aj s Osmanskou ríšou pri ústí rieky Žitavy na južnom Slovensku. Viedenský mier zaručil uhorským nekatolíkom náboženskú slobodu a ústup katolíckej cirkvi z dovtedajších pozícií. Nástupca Rudolfa II. Matej II. (1608 – 1619) musel urobiť ústupky domácim protestantom a na sneme v Bratislave roku 1608 rozšíril náboženskú slobodu okrem šľachticov a mešťanov aj na poddaných. Po dohode so stavmi obnovil úrad palatína a ďalších najvyšších hodnostárov krajiny a menoval do týchto funkcií aj protestantov. Posilnilo sa postavenie vysokej šľachty a snem sa rozdelil na dve komory – snemovňu magnátov, v ktorej boli aj zástupcovia vysokej katolíckej hierarchie, a snemovňu šľachty. V takejto podobe ostal uhorský snem až do revolučných udalostí roku 1848.

V roku 1563 dal Ferdinand I. korunovať v Bratislave svojho syna Maximiliána za uhorského kráľa. Už predtým (1536) sa Bratislava stala hlavným mestom Uhorska, kde sa odohrávali kráľovské korunovácie až do roku 1830.

SLOVNÍK HISTORIKA
Hajdúsi – pôvodne skupiny bezprizorných roľníkov, ktorí sa už koncom stredoveku živili ako pohoniči dobytka (z maďarčiny hajtó prešlo do latinčiny ako haidones). Neskôr sa dali najímať ako posádky pohraničných hradov a do služieb sedmohradských kniežat. Tvorili jadro povstaleckých vojsk v 17. storočí. Po stavovských povstaniach slúžili v habsburskej armáde, kde tvorili samostatné pluky. Mali osobitné výsady a samosprávu, ich hlavným povolaním bola vojenská služba. Pojmom hajdúsi sa označovali aj zemepanskí a stoliční drábi a ozbrojení sluhovia.
Janičiari – z tureckého jeni čeri – nové vojsko; bola to turecká pechota, vznikla v druhej polovici 14. storočia z vojnových zajatcov. Neskôr ju dopĺňali z radov kresťanských chlapcov, ktorých zajali, prípadne v podmanených krajinách odňali rodičom ako krvnú daň (devširme). Nesmeli sa ženiť a museli sa venovať len vojenskej službe. Podliehali priamo sultánovi, resp. veliteľom, ktorých vymenoval sultán. V prenesenom zmysle sa termín v súčasnosti používa na označenie odrodilcov.
Parkan – ľahké opevnenie z drevených kolov a dosák s prúteným výpletom.
Pašalík – najväčšia osmanská správna jednotka, provincia.
Sandžak – (alebo liva) vojensko-administratívna oblasť Osmanskej ríše (aj na okupovanom území), časť pašalíka. Na jeho čele stál sandžakbeg.
Vartovky – strážne veže slúžili na signalizáciu blížiaceho sa tureckého nebezpečenstva.