Koridor doviedol návštevníka na rozsiahle priestranstvo oproti južnej stene pyramídy, najdôležitejšej stavbe celého komplexu. Tu, v juhovýchodnom rohu, sa nachádzala pohrebná stavba, ktorá v zmenšenej mierke kopírovala podzemné komory a chodby pyramídy. Význam tejto stavby je nejasný, hoci Philippe Lauer, francúzsky egyptológ, ktorý v minulom storočí strávil celý život skúmaním Džoserovho komplexu, bol presvedčený, že ide o hrobku, v ktorej boli uložené kráľove vnútornosti, vybraté z tela pred mumifikáciou.
Džoserova pyramída je vlastne výsledkom najmenej šiestich po sebe idúcich projektov. Architekt začal stavať na obdĺžnikovom pôdoryse mastabu, ktorú potom rozšíril. Tretí plán zmien bol ihneď zavrhnutý. Štvrtý sa zakladal na myšlienke stupňovitej pyramídy, ktorá sa v piatom návrhu zmenila n monument zo šiestich stupňov s rozmermi základne 109 a 121 metrov. A konečný šiesty plán pozmenil vonkajší plášť pyramídy. Možno, že táto séria zmien projektu a jeho rozširovanie odráža narastajúcu moc a bohatstvo samotného Džosera. Pohrebná komora bola napokon umiestnená v pôvodnej primitívnej mastabe. Tu sa našli zostatky faraóna poznačené drancovaním starovekých lupičov.

Vnútrajšok pyramídy preskúmali v roku 1818 Taliani Enrico Menu de Minutoli a Gerolamo Segato, ktorí pracovali pre pruskú vládu. Zistili, kde sa nachádza hlavná šachta a žulový sarkofág pokrytý nápismi, v ktorom bol nepochybne pochovaný kráľ. V čase objavenia bol sarkofág vykradnutý. Hrob bol znesvätený už v staroveku. Pohrebná maska pokrytá zlatom a dva sandále nájdené obďaleč tvorili možno časť faraónovej múmie. Segato, ktorý pokračoval v prieskume, našiel v roku 1821 dve miestnosti úplne pokryté modrou majolikou. V egyptologickej literatúre sú známe ako „modrú komnaty“. Džoserova maska a topánky skončili neskôr, spoločne s loďou, ktorá nájdené predmety prevážala, na dne Severného mora v ústí Labe. Anglický plukovník Howard Wyse objavil v roku 1837 vnútri pyramídy ďalšie šachty. V jednej z nich sa nachádzal akýsi sklad múmií bez akejkoľvek výbavy. Uplynulo takmer celé storočie, kým boli objavené ďalšie prázdne miestnosti a chodby v základni pyramídy. Nové objavy uskutočnili Cecil Firth a Philippe Lauer, ktorí našli ďalšie dve bohato zdobené „modré komnaty“ spojené s prvými. V blízkosti sarkofágu našiel Lauer ľudskú nohu, zrejme všetko, čo zostalo z Džoserovho tela. Obaja archeológovia sa dostali aj k systému deviatich rovnobežných chodieb pri východnej stene pyramídy, kde boli pochovaní členovia kráľovskej rodiny.

Objavili aj alabastrový sarkofág, ktorý patril malému osemročnému chlapcovi. V šiestej a siedmej chodbe sa pre zrakmi prekvapených archeológov objavili najrozličnejšie nádoby navŕšené až po strop a vyrobené z keramiky, alabastru i polodrahokamov. Obradná cesta pozdĺž stien pyramídy pretínala takzvané nádvorie hebsed, nádvorie jubilea, ktoré bolo obklopené početnými kaplnkami rozmiestnenými nad vzostupnou cestou. Podľa Lauera kaplnky slúžili všetkým hlavným božstvám. Odtiaľ návštevník pokračoval severným smerom a ocitol sa pre dvoma budovami, známymi ako Dom juhu a Dom severu. Boli to dve dokonalé stavby, zvonku mohutné, ale s prekvapujúco malými miestnosťami vnútri.
Na severnej strane pyramídy bol objavený hlavný zádušný chrám, ktorý tvorili komory, nádvorie, stĺporadie a šachty, prepojené s ďalšími podzemnými priestor ohradený múrom, kde „žila“ panovníkova socha. Socha bola sídlom ka, duše mŕtveho, a dívala sa na vonkajší svet úzkym otvorom, vo výške očí. Džoserova socha, zhotovená z maľovaného vápenca, stála ešte vo svojej komnate. Teraz sa nachádza v Egyptskom múzeu v Káhire.

Napriek úsiliu archeológov zostáva Džoserov komplex stále čiastočne A, kňazi a správcovia, ktorí sa v priebehu 3.storočia p.n.l. dávali pochovávať do hrobov postavených ako mastaby, teda do obdĺžnikových stavieb so šikmými stenami. Najprv sa stavali zo suchých tehál a neskôr, od II.dynastie, aj z kameňa. Z nadzemnej časti vybiehala rampa alebo šachta, ktorou sa schádzalo do podzemia až k pohrebnej komore. Od obdobia IV.dynastie sa komora delila na niekoľko rôznych priestorov, ktorých steny boli bohato zdobené farebnými reliéfmi a výklenkami so zobrazeniami mŕtveho v plastickom reliéfe (tonde)- Reliéfy z týchto hrobov patria medzi najvzácnejšie pramene pre štúdium egyptskej spoločnosti. Okrem scén spojených so samotným pohrebným rituálom zachytávajú aj aktivity, ktoré úradník vykonával pre svojho pána. Zobrazujú lovecké scény z poľovačiek a rybolovov, chvíle odpočinku, poľnohospodárske práce, scény z rodinného života, významné momenty remeselníckej výroby, ako je spracúvanie medi a drahých kovov, výroba kamenných nádob, tkanie. Nie je tu nič osobné o mŕtvom: nápisy a zobrazenia sa týkajú výlučne úlohy, ktorú mal v štátnej byrokracii, jeho titulov a uznania, ktorého sa mu dostalo po smrti. Prvé skutočné pyramídy vybudoval Snofru, prvý kráľ IV.dynastie, na juhu Sakkary. Z dokumentov vyplynulo, že Snofru dal postaviť dve pyramídy. Tie vlastne odrážali tradičnú tému zdvojenia kráľovskej hrobky, pretože faraón bol kráľom Horného i Dolného Egypta. Archeológia však prisúdila tomuto aktívnemu staviteľovi najmenej tri pyramídy. Dve sa nachádzajú pri Dahšúre. Je to takzvaná Červená pyramída, ktorá dostala pomenovanie podľa farby kameňa svojho vnútorného jadra. Druhej sa pre narušený uhol sklonu hovorí Lomená. Tretia pyramída, ktorú dal Snofru postaviť, sa dvíha z púšte v Médúme. Typická je svojimi stupňami a vnútornými výplňami i charakteristicky narušeným tvarom. Archeológov postavila pre množstvo nevysvetlených problémov. K pyramíde v Médúme sa prichádza po obradnej trase, ktorú tvorí „dolný chrám“, prístupová kamenná rampa a „horný chrám“ spojený s pyramídou.