V auguste 1990 Irak napadol susediaci Kuvajt a pritiahol pozornosť medzinárodnej komunity na okupáciu malej a na ropu bohatej krajiny. Sýrsky režim využil príležitosť a sľúbil, že sa nepridá na stranu Iraku výmenou za kontrolu nad Libanonom. 13. októbra 1990 spustili sýrske jedotky vzdušné a pozemné útoky, porazili zvyšok libanonskej armády a obsadili libanonský prezidentský palác a ministerstvo obrany. Sýria menovala svoju vlastnú dočasnú vládu a prezidenta v okupovanom Libanone a začala rozsiahle prenasledovanie libanonského obyvateľstva: zatýkala, unášala, mučila a zabíjala kohokoľvek, kto sa postavil okupácii.

4. Vývoj situácie ( 1991-2000 )
Sýriou menovaná vláda v okupovanom Libanone vyhnala libanonského premiéra do exilu vo Francúzsku legitimizovala sýrsku okupáciu Libanonu. Sýrsky status quo násilím zaviedol zmluvu, ktorá začala byť všeobecne známa ako „Taifova Dohoda“. Táto zmluva sprostredkovaná Ligou arabských štátov žiadala politické reformy odzbrojenie všetkých milícií v Libanone. Na druhej starne legitimizovala sýrsku okupáciu Libanonu a zmieňovala sa len o čiastočnom stiahnutí sýrskych vojsk z krajiny.
Sýria podnikla drastické opatrenia, aby si vynútila vojenskú a politickú prítomnosť v Libanone. Okupovala viac ako 90% územia vrátane hlavného mesta, letísk, prístavov a všetkých väčších miest. Zároveň odzbrojila väčšinu libanonskej domobrany, ponechajúc zbrane len pridruženému hnutiu Hizballáh, Amal a radikálnym palestínskym skupinám. Libanonskej armáde bolo znemožnené podnikať akékoľvek kroky a bola preorientovaná na vnútronú bezpečnosť.
Sýrsky bábkový režim v Libanone upravil libanonskú ústavu a uzavrel so sýrskym režimom niekoľko dohôd na vytvorenie prístupu k libanonským prírodným zdrojom a zneužívanie výhod plynúcich z libanonského tržného hospodárstva. Libanonská spoločnosť, predovšetkým univerzity, mládež, inžinieri, fyzici, právnici a učitelia začali nenásilnú revolúciu za realizovanie Rezolúcie OSN č. 520, ktorá vyžadovala kompletné stiahnutie sýrskych vojsk z Libanonu.

90% libanonskej populácie s volebným právom bojkotovalo Sýriou organizované parlamentné voľby, ktoré vyústili do zvolenia bábkového parlamentu v roku 1992. Sýrskou odpoveďou na toto v Libanone populárne odmietnutie legitimizácie sýrskej okupácie boli opatrenia zameriavajúce sa na absolútnu zmenu etnického a náboženského zloženia v Libanone. Sýria prinútila dočasnú vládu, aby naturalizovala okolo pol milióna Sýrčanov a Palestínčanov a dala im právo voliť. Tento počet je ekvivalentom 20 percent libanonskej populácie v tom čase. Tento čin bol zamietnutý libanonskou Najvyššou súdnou radou v roku 2003. Aj napriek tomu žilo v tom čase po celom svete viac ako pol milióna ľudí, ktorí sa noprávnene preukazovali libanonským občianstvom. Medzitým sýrske jednotky ochraňovali 1,5 milióna ilegálnych sýrskych robotníkov, čo prinútilo viac jako 35 percent Libanončanov emigrovať za prácou.
V roku 2000 ustúpil Izrael z južného Libanonu na základe Rezolúcie OSN č. 425 a začal rešpektovať libanonské hranice. Slúžiac sýrskym záujmom sa guerilly hnutia Hozballáh odmietli po izraelskom odchode odzbrojiť, čo ich pripravilo značnú časť ich popularity medzi Libanončanmi. Okupovali južné územia, ktoré boli evakuované Izraelom a sýrsky režim bránil Libanonskej armáde rozmiestniť svoje jednotky na tomto území.
Po izraelskom odchode viaceré národné, regionálne a medzinárodné hlasy tlačili na sýrsky režim, aby stiahol svoje jednotky z Libanonu. Baasistický režim sa snažil vyvolať konflikt medzi OSN a Izraelom kôli usadlosti Shebaa, aby udržali napätie medzi Izraelom a Libanonom a odviesť pozornosť od požiadavok na stiahnutie sa Sýrie.