Nicméně vraždění Židů vyhladověním a udřením prací nebyly pro Hitlera dostatečně rychlé metody. Rozhodl se tak pro rychlejší masové vraždění. Zde je nutné říci, že Hitler jen výjimečně podepisoval nějaké příkazy, a nejmíň ze všeho ty, jež se týkaly Židů. Jelikož neexistovaly žádné písemné rozkazy, začalo se později tvrdit, že „konečné řešení“ bylo Himmlerovým dílem a že Hitler ho nejen nenařídil, ale ani nevěděl, že probíhá! Tento argument však neobstojí, protože administrativa Třetí říše stála pouze na Hitlerových rozkazech. Navíc ze všech nacistických vůdců byl antisemitismem nejvíc posedlý a on sám věřil, že Žid je špatný od přírody, že představuje samotné vtělení i symbol zla. Považoval válku za licenci ke genocidě a vědecký proces uvedl do chodu téhož dne, kdy byla vyhlášena válka. Nacističtí papaláši si byli vědomi svého zločinu a tak v rozkazech, dokonce i v takových, které obíhaly ve velmi úzkém okruhu lidí, se genocida stále zahalovala do eufemismů.
Koncentrační tábory se začaly budovat nejprve na území Německa hned po uchopení moci nacisty roku 1933, kdy je začaly budovat jednotky SA pro své politické protivníky. Prvními koncentračními tábory byly Dachau a Oranienburg. Dachau se stalo modelovým táborem, kde se zacvičovali budoucí velitelé. Pak následovaly tábory Sachsenhausen, Buchenwald, Mauthausen a ženský tábor Ravensbrück. Zpočátku sloužily KT pro uvěznění politických odpůrců a nepolitických skupin jako kriminální živly, homosexuálové, náboženské sekty a jiné tzv. „asociální elementy“. Židé se do lágrů začali dostávat ve větším počtu po Křišťálové noci, ale po čase byli většinou propuštěni a donuceni k emigraci. Během války se ale vše změnilo. Političtí vězni a členové rezistence za všech okupovaných zemí přeplnili kapacitu táborů a proto byli Židé ve východní Evropě uzavřeni do ghett a začalo jejich masové vyvražďování. Nacistický režim vymyslel centra na jejich hromadnou likvidaci a začaly se budovat koncentrační a vyhlazovací tábory na území Polska – Treblinka, Belzec, Sobibor, Chelmno, Birkenau.

Bezpochyby největším a nejznámějším smrtícím komplexem byla Osvětim v Horním Slezsku. Tábor byl vybudován v roce 1940 a až do skončení války byl neustále rozšiřován. Velitel tábora Rudolf Hess se chlubil, že v Osvětimi dokáží jeho plynové komory pojmout 2 000 lidí. Za použití krystalů s cyklonem B bylo v pěti osvětimských komorách zavražděno každých čtyřiadvacet hodin 60 000 mužů, žen a dětí. Hess tvrdil, že v Osvětimi bylo zplynováno a zpopelněno „přinejmenším“ 2 500 000 lidí, přičemž dalších 500 000 zemřelo v důsledku hladu či nemoci.

Organizace SS experimentovala s různými druhy zabíjení. Střílení bylo pomalé a psychicky náročné pro střelce, dynamit selhal, tak začali zkoušet plyny. Nejprve vraždili pomocí výfukových plynů, ale to bylo pomalé, až se dostali k pesticidu na bázi kyanidu, který měl obchodní název cyklon B. První plynová komora byla vybudována ve vyhlazovacím centru v Brandenburgu na konci roku 1939. Hitlerův lékař Karl Brandt byl přítomen jejímu zkušebnímu uvedení do provozu, při kterém byli otráveni kysličníkem uhelnatým 4 duševně nemocní lidé. Smrtonosným zařízením bylo poté vybaveno dalších pět center. Plynové komoře se říkalo „sprchovací místnost“ a obětem, které tam byly posílány ve skupinách po 20 až 30, bylo řečeno, že se jdou sprchovat. Místnost pak byla vzduchotěsně uzavřena a službu konající lékař pustil plyn. V podstatě stejným způsobem se postupovalo i později ve vyhlazovacích táborech. Zavedení smrti plynem je charakterizováno jako „humánní způsob likvidace“.

Někteří z přeživších můžou za svoji záchranu děkovat svému povolání. Například lékaři. Nacisté totiž potřebovali hodně lékařů k provádění svých zrůdných pokusů na lidech. Pokusů, aby viděli a aby si procvičili ruku. Pokusů. Které stejně nakonec všechny skončily neúspěchem. Nejznámějším takovým „vědcem“ je dr. Mengele. Dopis dr. Raschera Himmlerovi: „Zjistil jsem s politováním, že zatím u nás nemáme žádné zkušenosti s pokusy na lidském materiálu jen proto, že by tyto pokusy mohly být nebezpečné. Patrně nemůžeme počítat s dobrovolníky. Proto se vás ptám zcela vážně: jste schopen dát nám k dispozici několik zločinců? Samosebou se rozumí, že tito jedinci mohou během pokusů zemřít...“ Himmler přijímá „s radostí“