Na území protektorátu žilo podle nacistických statistik zhruba 120 000 Židů. Od června 1939 se podle Neurathova nařízení na území protektorátu začaly uplatňovat zásady norimberských zákonů a Židé přestali být právoplatnými občany. V dokumentech z té doby se zdůrazňovalo, že hlavním úkolem je podpora emigrace. Vystěhovalectví bylo dosahováno řadou diskriminačník opatření, takže šlo vlastně o vyhánění. Hned po vypuknutí války nařídil Heydrich soustředění Židů do ghett v zájmu lepšícho dohledu a usnadnění jejich dalšího odsunu.

Průběh diskriminace českých Židů: nejprve byli vyloučeni ze státní služby, soudnictví, redakcí; zákaz používání veřejných místností, označení židovských podniků. V lázních, koupalištích, nemocnicích a sociálních zařízeních buď byla speciální oddělení pro Židy anebo tam měli zakázán vstup. Od února 1940 byly občanské průkazy Židů označeny písmenem J (Jude). V Praze nejprve nesměli do Stromovky, pak do všech veřejných sadů a lesů, na vltavské nábřeží a do stále většího počtu ulic, zejména v centru Prahy. Bylo jim zakázáno navštěvovat kina, divadla, knihovny, sportovní a zábavní podniky. Směli používat jen určitá oddělení v městských dopravních prostředcích, nákupní hodiny měli nejprve 2x2 hodiny denně, pak jen od 15 do 17 hodin. Byly jim odebrány telefony a rádia, vydán zákaz opouštění bydliště, zákaz stěhování, nesměli navštěvovat české školy atd.

Na území protektorátu neexistovaly vyhlazovací tábory, pouze koncentrační. Nejznámější je ghetto Terezín. Terezín vznikl na základě toho, že Hitler potřeboval vysídlit z protektorátu 88 000 Židů, bohužel všechny KT na polském území byly doslova přecpány a tak bylo rozhodnuto zřídit dočasně ghetto přímo na našem území s tím, že až se kapacity v Polsku uvolní budou tam jeho obyvatelé přesídleni. Terezínské ghetto bylo plánováno přibližně pro 20 000 osob. Nicméně v září 1942 jich tam bylo ubytováno na 58 500! Při takovémto přetížení není ani divu, že zde denně umíraly stovky osob, zvlášť když 60% obyvatel tvořili Židé důchodového věku. Z Terezína na východ bylo deportováno 60 000 protektorátních Židů, z nichž se osvobození dožily pouhé 3 000. Terezín ale nebyl jen obyčejným koncentračním táborem, kde by lidé čekali, až na ně přijde řada a pojedou na východ. Nacističtí pohlaváři se rozhodli, že z Terezína udělají jakousi „Potěmkinovu vesnici“, kde by ukázali zacházení s Židy, aby uklidnili širokou veřejnost, protože se stále častěji dostávaly na povrch očitá svědectví o tom, co se v táborech děje doopravdy.
Procesy s válečnými zločinci začaly v Norimberku 20. listopadu 1945 a jako hlavní bod v obžalobě z válečných zločinů figurovalo „konečné řešení“. První proces s nacistickými předáky skončil 1. října 1946 na židovský svátek Jom kipur (Den usmíření). Žalobci vítězných mocností na něm obžalovali 24 hlavní německých válečných zločinců. Soud tvořili pracovníci vojenské justice SSSR, USA, GB a Francie. Za zločinecké organizace prohlášeny SS, SD (Sicherheitsdienst), vedoucí část NSDAP a gestapo. Soud prokázal, že ti, kdo plánovali konečnou likvidaci, si byli plně vědomi monstrózního zla celého projektu. Přesto mnoho z nich prohlašovalo, že jejich jednání není trestné, protože jednali v zájmu německé a árijské čistoty. Dalším argumentem bylo, že Führer byl absolutním zákonodárcem, on nařídil holocaust a oni jako podřízení to museli respektovat. Na smrt bylo odsouzeno 12 osob (H. Göring, J. Ribbentrop, M. Bormann...). V letech 1945-51 bylo celkově usvědčeno 5 025 nacistů, z toho 806 bylo odsouzeno k trestu smrti. Většina nacistů podílejících se na této genocidě uprchla. Komise OSN pro válečné zločiny připravila seznam 36 529 „válečných zločinců“.