V Európe sa začala formovať 2. protifrancúzska koalícia zložená z Anglicka, Ruska, Rakúska. Francúzsko si neviedlo najlepšie. Rusko-rakúska armáda pod velením ruského generála Surova porazila 27. apríla francúzskeho generála Moreaua. Neskôr koalícia obsadila Turín a vyhrala bitku na rieke Trebbii. Medzi Rusmi a Rakúšanmi boli počas ťaženia nedorozumenia a 25-26 septembra 1799 porazil generál Massena s 35.000 mužmi zmetenú armádu ruského generála Korsakova. Na začiatku roku 1800 Rusko opustilo koalíciu. No neskôr, 16. decembra, vytvorilo Rusko, Prusko, Dánsko a Švédsko takzvanú Severnú konvenciu, požadujúcu slobodu námorníckeho obchodu, ktorá bola namierená proti Anglicku.

Direktórium strácalo popularitu a verejnosť požadovala vládu tvrdej ruky. Tak keď sa ku koncu roku 1799 objavil Napoleon vo Francúzku, hneď sa chopil príležitosti. Emanuel Josefh Sieyés spolu s Napoleonom, Talleyrandom (ministrom zahraničných vecí), Josephom Fouchém(ministrom polície), Roger Ducos, Muratom (velil vojsku), s ďalšími politikmi a generálmi (ako aj Napoleonovým bratom Lucienom ktorý predsedal rade) 18. brumiairu pomocou vojska rozohnali radu a provizórna komisia vyhlásila Napoleona, Sieyésa a Ducosa za konzulov. Neskôr na seba Napoleon stiahol všetku moc (tj.post 1. konzula) a 2. a 3. konzul (Cambacérés a Lebrun) sa stali bezvýznamnými.

Stále však 2. koalícia ohrozovala Francúzsko. Napoleon sa prebojoval až k Marengu, kde 14 júna 1800 začala bitka. Marengo bola takmer prehraná bitka, Napoleon zavelil na ústup , keď mu pomohla náhoda. Generál Desaix mu prišiel na pomoc a bitku vyhrali (Desaix padol a všetka sláva patrila Napoleonovi). V ďalších bitkách Napoleon porazil 2. koalíciu vo všetkých pozemných bojoch.

Po bitke pri Hohenlindenu 9. decembra 1800 mali Francúzi voľnú cestu na Viedeň. Rakúsko mohlo už len požiadať o prímerie (25 decembra 1800). Mier bol podpísaný 9 februára 1801 v Lunéville. Druhá koalícia bola definitívna porazená (vo vojne zostal len Paríž a Londýn).

Vojna medzi Londýnom a Parížom stratila zmysel. Anglicko si upevnilo pozície na mori, Francúzsko dominovalo na kontinente. Preto začali obe veľmoci v roku 1801 s mierovými jednaniami. Mierová zmluva bola podpísaná 25. marca 1802. Londýn uznal existenciu Francúzskej republiky a vzdal sa Cejlónu a Trinidadu v prospech Paríža. Pomery na Malte a v Egypte boli navrátené do predvojnovému stavu.

V Európe nastal krátky mier. Ale nevyhovoval ani Parížu ani Londýnu. Predovšetkým však Angličanom, ktorí považovali podmienky mieru za veľmi nevýhodné. Anglicko sa snažilo vyprovokovať Francúzsko k ďalšej vojne. Anglicko nemalo silnú pozemnú armádu a preto vojnu podporovalo skôr finančne, nie vojskom. Prvým možným spojencom bolo Rakúsko, to však malo zruinovanú štátnu pokladňu. Podobne bolo na tom aj Prusko, preto jediným možným spojencom sa stalo Rusko. Cár Pavol I. bol naklonený Francúzsku, tak sa Anglicko postaralo o palácový prevrat v Rusku. Cára Pavla I. zavraždili. Novým cárom sa stal jeho syn Alexander I. (ktorý bol tiež zapletený do vraždy). Alexander sa začal orientovať na Anglicko, silná Francúzsko-Ruská koalícia sa stala minulosťou. Rusko vstúpilo do koalície s Anglickom.

Obe mocnosti využívali mier na čo najlepšiu prípravu na najbližšiu vojnu. Londýn sa preto snažil vyprovokovať Paríž k vojne. Ale aj Napoleon netajil svoj plán v čo najkratšej dobe zaútočiť na Anglicko. Obe strany čakali len na vhodnú zámienku. Stala sa ňou Malta. Londýn sa v mierovej zmluve zaviazal k jej opusteniu, stále však váhal. Na druhú stranu mala francúzska armáda opustiť Švajčiarsko, ale zostala tam. Preto 16. mája vyhlásil Londýn Parížu vojnu.