1805 podpísalo v Bratislave s Napoleonom separátny mier v ktorom stratilo Benátsko, Dalmáciu a ďalšie územia v prospech Talianskeho kráľovstva, ktoré vytvoril sám Napoleon a 1806 sa stal aj jeho kráľom. V roku 1806 sa k protinapoleonskej koalícii pridalo Prusko, v bitkách pri Jene (1806) a Auerstadte však utrpelo porážku a pruský kráľ ušiel do východného Pruska, kde ho podporila ruská armáda. V bitkách pri Jílovom a Frýdlante (1807) boli porazené i prusko-ruské vojská. Mier uzavretý s ruským cárom Alexandrom I. v roku 1807 v Tylži mal za cieľ získať Rusko za spojenca proti Anglicku, ním si Rusko a Francúzsko rozdelili sféry vplyvu v Európe. Cár uznal vytvorenie nových štátnych útvarov – Rýnskeho spolku, Vestfálskeho kráľovstva i Varšavského veľkovojvodstva a ruské vojská pomohli Francúzom poraziť Švédsko, ktoré sa medzičasom pripojilo k 4.protinapoleonskej koalícii. Prusko zostalo okupované, stratilo územia na ľavom brehu Labe a v Poľsku. Po uzavretí tohto mieru mal Napoleon už len jediného súpera – Veľkú Britániu.
Už v roku 1806 vyhlásil proti nej kontinentálnu blokádu (zákaz dovozu anglických výrobkov na európsky kontinent), aby ju oslabil. K blokáde sa však nepridalo Portugalsko, porušovalo ju Španielsko a neskôr v roku 1810 ju prestalo rešpektovať aj Rusko. Preto v roku 1807 Napoleon obsadil Portugalsko, 1808 vpadol do Španielska a vymenoval svojho brata Jozefa za španielskeho kráľa. Španielsko sa mu však nepodarilo úplne podmaniť, na odpor proti intervencii sa postavil celý národ podporovaný Angličanmi a Portugalcami. Prepukla španielska partizánska vojna (guerilla), v ktorej Napoleonova Veľká armáda postupne celkom zlyhala. V auguste 1808 boli francúzske vojska vytlačené z Portugalska, kde sa vylodili anglické jednotky pod velením generála Artura Wellesleya, neskoršie vojvodu z Wellingtonu. Spojené sily Británie, Španielska a Portugalska pod jeho velením dosiahli nad Francúzmi rozhodujúce víťazstvá. Boje na Pyrenejskom polostrove pokračovali až do 1813, keď v bitke pri Vittorii zvíťazili britsko-španielske jednotky nad Francúzmi a donútili ich k ústupu za Pyreneje.
Ťažkosti Napoleona v Španielsku sa snažilo využiť Rakúsko a 14. 4. 1809 napadlo Bavorsko. Napoleon odpovedal rýchlym ťažením popri Dunaji a obsadením Viedne. Len s vypätím všetkých síl dokázali Francúzi v bitke pri Wagrame v júli 1809 zvíťaziť nad Rakušanmi. Po podpísaní mieru Rakúsko stratilo Ilýrske provincie.
Do roku 1809 prekreslil Napoleona mapu Európy a bol na vrchole svojej moci. Francúzsko malo v tom čase 130 departementov a väčšina štátov na kontinente bola oficiálne prinajmenšom spojencom Francúzska.