Amenhotepa a Nefertiti spojili rovnaké názory a ideály do pevného a trvalého zväzku. Spočiatku v krajine vládli obe ženy spoločne. K slovu sa však hlásili aj kňazi boha Amona, ktorí sa obávali o stratu prestíže, najmä keď sa nový panovník, podporovaný matkou i manželkou, začal prikláňať skôr k bohovi Atonovi. Atonov kult mal zmeniť vládu kňazov v polyteistickom Egypte na monoteizmus a centralizovať moc do rúk faraóna. Amenhotep alebo Nefercheprure prijal meno Achnaton – „ten čo slúži Atonovi“, podporu mal v paláci, ale i u prostého ľudu, ktorí nenávidel chamtivosť kňazov. Ich vzburu panovník potlačil. Nefertiti vtedy prijala meno Neferneferuaton – „krásna je krásavica Atonova“ a panovnícky pár v zlatom koči opustil hriešne mesto Veset – dovtedajšie sídlo panovníkov a založil nové mesto Achetaton – nové centrum ríše, kde sa uctieval boh Aton.

Výstavba mesta išla obrovskou rýchlosťou. Nefertiti a jej muž boli nesmierne šťastní a ukázali svetu svoju ľudskú tvár. Dovtedy nebolo v Egypte predstaviteľné, aby sa manželka faraóna dala zobrazovať ako bozkáva svojho muža, alebo sa hrá s deťmi. Faraón bol boh a podobné obrazy nepovoľovala prísna etiketa. Život manželov nezmenili intrigy, ale zákerná choroba. Hormonálna zmena zapríčinila, že Achnaton ochorel na zvláštnu chorobu, podľa realistických sôch odborníci usudzujú, že išlo pravdepodobne o progresívnu lipodystrofiu. Spodná časť jeho tela nadobúdala ženské črty. Navyše trpel hydrocefáliou – vodnatením mozgu. Zmenil sa fyzicky i psychicky. Spory s kňazmi, ale aj strata podpory od manželky viedli k tomu, že Achnaton úplne zmenil svoj život. Našiel si nového priateľa – pravdepodobne išlo aj o silný homosexuálny vzťah – a spravil ho spoluvladárom. Aj tento vzťah dokazujú zachované egyptské sochy.

Nefertiti v tom čase už v paláci s manželom nežila. Presťahovala sa do nového „severného“ paláca, vplyv na panovníka podľa všetkého stratila a už sa nikdy neobnovil. Panovník a jeho spoluvládca sa formálne oženili s Achnatovými deťmi, ale meno Nefertiti sa už nikde nespomína. Jej smrť a hrob ostávajú záhadou. Mnohí ľudia sa domnievajú, že práve ona sa stala novým Achnatonovým priateľom, samozrejme pod iným menom. Proti Achnatonovi sa opäť vzbúrili kňazi, čo spolu s jeho nechuťou riešiť problémy krajiny spôsobilo úpadok Egypta. Dôsledkom bolo, že faraóna zavraždili a jeho telo spálili. Pre Egypťana išlo o najväčšiu potupu – zničenie tela znamenalo večné zatratenie duše. Keď sa Achnatonov následník vrátil k starým tradíciám, rozhorčení kňazi zničili obrazy Achnatona i Nefertiti a vymazali ich mená zo všetkých záznamov.

Dejiny Egypta dokazujú, že pokus o monoteizmus nevyšiel. O kráse Nefertiti kolovali legendy a staroegyptský sochár Thutmose ju zvečnil na známej buste, ktorá je od roku 1922 vystavená v berlínskom Egyptskom múzeu. V roku 1898 objavil francúzsky egyptológ Victor Loret v hrobke starovekého kráľovského pohrebiska v Luxore dvanásť rakiev s múmiami faraónov. Už vtedy poznamenal, že medzi nimi môže byť aj krásna Nefertiti, kráľovná Egypta z neskorej XVIII. dynastie. Trom anonymným múmiám ležiacim na podlahe v očnej miestnosti nevenoval veľkú pozornosť a vyhli sa aj záujmu vykrádačov hrobiek. Až pred dvoma rokmi zaujali tieto znetvorené múmie britskú archeologičku Joann Fletcher. Ako špecialistka na staroegyptské úpravy vlasov objavila v Káhirskom múzeu zabudnutú núbíjskú parochňu, ktorú nosila Nefertiti a členovia jej rodiny. Túto parochňu našli práve v blízkosti troch neidentifikovaných múmií v hrobke s označením KV35. Bola presvedčená, že naďabila na veľký objav. Vedci zröntgenovali telá a vytvorili virtuálne portréty všetkých troch múmií. Identitu približne 12-ročného chlapca neurčili, staršia žena by mohla byť Achnatonovou matkou a o tretej múmii, ktorej vek odhadli na 19 až 30 rokov, sa začalo hovoriť o Nefertiti.

Dr. Fletcher sa nazdáva, že toto nie je jej pôvodná hrobka. Do postrannej komory ju asi o 300 rokov po smrti ukryli vplyvní kňazi a správcovia hrobiek, ktorí si neželali, aby ju niekto identifikoval. Zohavením a odstránením mena jej chceli znemožniť posmrtný život. Ústa múmie niekto rozsekol sekerou alebo mačetou a pravú pažu oddelil od tela. Ležala v prachu vedľa múmie ohnutá, akoby zvierala dávno stratené žezlo. Dôkazov vedúcich k osobnosti Nefertiti bolo viac. Múmia mala oholenú hlavu a dvakrát prepichnutý ušný lalok, čo bol neobvyklý módny úkaz, typický práve pre Nefertiti a jednu z jej dcér. Na čele mala jasnú priehlbeninu vytvorenú tesnou páskou, ktorá sa nosila nad obočím ako symbol kráľovského postavenia. Aj spôsob balzamovania zodpovedal dobe, v ktorej Nefertiti žila. Nik nemôže s istotou určiť, či v hrobke KV35 leží skutočne múmia slávnej Nefertiti. Odobranie vzoriek DNA na porovnávanie egyptské úrady zatiaľ nepovolili a dokonca vyhlásili, že Joann Fletcher zavádza celý svet. Nájdená múmia vraj pokojne môže patriť aj mužovi. Britská archeologička však verí, že našla pozostatky ženy, ktorej história prisúdila titul: „Klenot Nílu“ Nech to s nimi, Imhotepom a Nefertiti, bolo akokoľvek, ľudstvo na nich už po stáročia spomína. Či v dobrom alebo v zlom, to nikto nevie, pravdou však je, že keby nebolo ich nevznikli by prvé pyramídy, faraóni by sa nezmenili a v konečnom dôsledku by svet nebol taký aký je.