הקק"ל רכש פיסת אדמה בפלסטינה למטרת הישוב הצ'כוסלובקי הראשון שם, נוריס. באותה השנה האוניברסיטה העברית בירושלים הוקמה, והתקיימה החגיגה בברטיסלבה עם הופעת אורח של תיאטרון הבמה. מנהיגים ציוניים נכבדים כגון חיים ויצמן, מנחם אוסישקין, נחום סוקולוב וז'בוטינסקי ביקרו בצ'כוסלובקיה באותה השנה.
כשאמורות היו להתקיים הבחירות החדשות לפרלמנט ב27 לאוקטובר 1929, מנהיגי המפלגה היהודית היו מודעים לעובדה שרשימה יהודית נפרדת לא תצליח, כפי שנסיון עבר הוכיח (1920 ו1925). לכן המפלגה היהודית נכנסה לבחירות הפרלמנטריות השלישיות מפלגות המיעוט הפולני עם רשימת מועמדים משותפת. לאחר צעד זה המיעוט היהודי זכה לראשונה ייצוג פרלמנטרי עם 2 נציגים.
שנות השפל הכלכלי תרמו לרצון הגובר של יהודים לעלות לפלסטינה .
בשנת 1933 המצב היה הגרוע ביותר אשר בא בו בזמן עם עלייתו של היטלר לשלטון בגרמניה. היות והאבטלה באזורים הגרמניים של הרפובליקה הייתה גרועה בהרבה מבשאר האזורים, לקימוניות הייתה קרקע פוריה לצמוח בה. הסלובקים דגלו יותר ויותר מנתק מצ'כוסלובקיה, או לחילופין, מתן אוטונומיה גדולה יותר לסלובקיה.
הגורם המשפיע ביותר היה מפלגת האזרחים הסלובקים, אשר מנהיגיה השפילו בציבור את המנהיגים הצ'כוסלובקים בניטרה ע"י הפיכת חגיגות הפריבינה להפגנת ענק לעצמאות סלובקית.
יהודים רבים שגרו באזורים כפריים היגרו לערים גדולות יותר וההגירה התקיימה ממזרח המדינה לכיוון לבוהמיה ומורביה. בו בזמן, הרצון לעלות ארצה התגבר עד מאוד בתקופה זו.
ב24 לאפריל 1936, הפגנות אנטי יהודיות התקיימו בברטיסלבה בעת הקרנת הסרט "הגולם". הסיבה היחידה להפגנות אלו הייתה כי הן נושא הסרט והן גיבוריו היו יהודים. אותו הסרט הוקרן בערים צ'כיות בלי לגרור שום תגובה עוינת מהציבור הכללי. בזמן ההפגנות, חברי תנועת הנוער של מפלגת האזרחים ניפצו חלונות ראווה ויהודים רבים הותקפו והוכו ברחובות ובאוניברסיטה.
במרץ 1937, קרול סידור, מנהיג המפלגה העממית הציע בועדת החוץ של הפרלמנט טרנספר של יהודי סלובקיה לבירובידז'אן. הוא טען לחוסר שטח מחיה ברפובליקה, ושליהודים ילודה גבוהה מאוד, וסיכם את דבר ע"י זה שאמר כי "כולם ממילא קומוניסטים" .
ה"NATIONAL OBSERVER" פרסם מאמר תחת הכותרת "צ'כוסלובקיה: מעוז יהודי עולמי". עיקר כוונתו הייתה לפליטים היהודים אשר באו מגרמניה ומצאו מקלט בצ'כוסלובקיה. רבים מבין אלו הגיעו גם לסלובקיה. הלאומנים התנגדו להגירה היהודית.
יוזף טיסו, אשר עמד בראש המפלגה העממית העיר כי "אפילו לרחמנות אנושית גבול טבעי".
על אף הסערה בפתח, הנוער היהודי נשאר אופטימי. קונגרס מכבי בז'ילינה, אשר התקיים ב6 ליולי, הביעה תקווה לעתיד ואששה את נאמנותם למולדת.
בקיץ התגברו הפרובוקציות האנטישמיות. בפגישה המונית בבארדיוו, אשר התקיימה תחת כיפת השמיים, קרול סידור שלהב את הקהל עם אזכורי "היסטוריקה". וקרא ליהודים "מרעילים ידועים לשמצה של מעיינות ובארות נוצריים, הוא נתן נימוק זה:"בעוד בימים עברו היהודים הרעילו את אבות אבותינו באלכוהול, כיום מרעילים הם את הנוער עם מרקסיזם."
השלום הסינטטי אשר בא אחרי מות מסריק לא שרד זמן רב. עם תחילת השנה החדשה, הנבדלים הסלובקיים החלו במסע חדש תחת הססמה "להתראות פראג". ססמה זו הוכחה כנבואית למחצה בגלל מבצע "פעולה ירוקה" של היטלר אשר מטרתה הייתה פירוק צ'כוסלובקיה לגורמים עד הראשון לאוקטובר 1938.
ב7 לאוק', הממשל הסלובקיה החדש הוקמ תחת הנהגת טיסו. צ'כוסלובקיה, אשר עכשיו באופן רשמי נקראה "צ'כו-סלובקיה" הפכה למדינה פדראלית, עם סלובקיה כגוש אוטונומי.
המשטר החד מפלגתי הטוטאליטרי החלה ביוזמתה להיפטר מיריביהם , התקשורת והוצאת המפלגה הקומוניסטית מן שורות החוק ב9 לאוקטובר.
בין ה16 ל17 לאוקטובר, התקיימה פגישה בין פילדמארשל גורינג ופרדינד דורצ'אנסקי, שר החוץ הסלובקי. מנהיגים סלובקיים הודיעו כי הטיפול ב"בעיה היהודית" תעשה בדומה לגרמניה, ואף הדגישה נקודה זו עד מאוד, ביודעם כי נקודה זו תחזק את מעמדם אצל הגרמנים.
הגישה הגרמנית הושפעה גם מגורמים אסטרטגיים חשובים, מכיוון וסלובקיה עמדה לספק כבישים, מסילות רכבת, מנחתים וכו' אשר יעזרו לרייך במלחמתה נגד פולין.
צעדה הראשון של האוטונומיה הסלובקית הייתה לגרש את כל הסטודנטים היהודים מאוניברסיטת ברטיסלבה. "משמר ההלינקה" ו"כוחות ההגנה ההתנדבותיים" של המיעוט הגרמני הפכו לכוחות המשטרה של הממשל החדש.
הכפשת יהודים וצ'כים הייתה האג'נדה החדשה בסלובקיה. הם נכלאו ורכוש יהודי נבזז. פרופוגנדה אנטי-יהודית, אשר עד לאותו שלב הסתתרה תחת סיסמאות לאומניות ודמגוגיות עכשיו דרשו במובהק כי רכוש אשר "נגנב" ע"י היהודים יוחזר אל העם. סלובקיים רבים ראו בסיסמאות אלו פורקן קל לתאוות בצעם.
ליהודים כבר לא הובטחה בטיחות ברחוב, במקומות ציבוריים ואף לא בביתם. פלג מזערי חיפש דרך לברוח מהמדינה .
ב18 לדצמבר, הבחירות הראשונות לדיאט הסלובקי התקיימו, ואורגנו תחת חסות ושליטה מריונטית של הנאצים. רק רשימה אחת של מועמדים הוגשה לבוחרים, וההצבעה התקיימה בגלוי.
ב1939 סלובקיה נהייתה לזירת טרור, אשר נשלח מוינה, אשר בה פעלה תחנת רדיו ששידרה פרופוגנדה אנטי-יהודית. בי"ז באדר, יום מות משה, בית הקברות היהודי של סטופאבה חולל, וצלבי קרס השחיטו את פני הקברים.
ב13 למרץ, ד"ר טיסו זומן לברלין. ביום הבא הפרלמנט הכריז על עצמאות סלובקיה. למחרת החל הכיבוש הנאצי בבוהמיה.
התקיים עוד מגע אחד עם יהודי סלובקיה באותו שנה הרת גורל. כאשר התכנס בז'נבה הקונגרס הציוני ה21 בתאריכים 16 עד 25
לאוגוסט, אף לא אחד מהצירים הסלובקים השתתפו בשום דיון, בראש מעייניהם עמדה סוגיה אחת בלבד, והיא לנצל את הקשר הציוני בכדי לגייס סיוע רחב היקף ככל האפשר לעלייה סלובקית לפלסטינה א"י.
למרות מאמציהם ולדאבונם המר, עד נעילת הקונגרס, השמש כבר שקעה ביבשת אירופה ופינתה דרך למה שלימים ייוודע כאחד העידנים האפלים בתולדות האנושות.