Erárna správa nedokázala však zorganizovať vlastný obchod s banskobystrickou meďou a tak dodávala meď sčasti naďalej Fuggerovcom, sčasti iným hornonemeckým obchodným domom. Veľkou prekážkou osamostatnenia banskobystrického mediarskeho podniku spod vplyvu týchto obchodných spoločností bola veľká zadĺženosť dvora a stále nové pôžičky, ktoré dvor bral na banskobystrickú meď. Podnik tak nemal často ani prostriedky na financovanie výroby. Od konca 40. rokov 16. storočia sa obchodu s banskobystrickou meďou zmocnila augsburgská spoločnosť M. Manlicha, ktorá dostávala i napriek protestom správy podniku všetku vyrobenú meď. Roku 1553 vyviezol napríklad M. Manlich len na Iberský polostrov vyše 13 000 centov medi. Od konca 60. rokov nastala v mediarskom podniku kríza. Spôsobila ju najmä dánsko-švédska vojna, vyradenie Antverp z obchodu s banskobystrickou meďou, ťažkosti s odbytom a nedostatok kapitálu na financovanie výroby. Roku 1560 vyprodukoval banskobystrický mediarsky podnik ešte vyše 21 300 centov medi. Od 70. Rokov vyrábal však ročne už len okolo 9000-10 000 centov. Všetku vyrobenú meď preberali nákladníci a predávali ju s veľkými ziskami na svetových trhoch.
2.6. Železnorudné ložiská
Železiarska výroba bola na Slovensku tiež rozsiahla a významná. Boli už známe takmer významnejšie ložiská železnej rudy na Pohroní, v Gemeri, na Spiši i v Abovskej stolici.
Druhým dôležitým banským a hutným komplexom, ktorý bol erár nútený prevziať do vlastnej správy, bol rozsiahly mediarsky podnik v Banskej Bystrici. Fuggerovci ho neboli ochotní naďalej prenajímať, a tak neostávalo Ferdinandovi I. nič iné, ako bane a huty prevziať a zorganizovať na ich riadenie samostatnú komorskú správu. Erárny mediarsky podnik v Banskej Bystrici hral potom vo vojenských, finančných a politických podujatiach viedenského dvora vážnu úlohu, pretože z neho plynuli veľké zisky a meď aj významnou strategickou surovinou.
2.7. V Banskej Bystrici
V Banskej Bystrici zriadil Ferdinand pre správu medenorudných baní, hút, hámrov a pod. osobitnú banskú komoru. Pre celú stredoslovenskú banskú oblasť sa rozhodol zriadiť ako vrchný riadiaci a dozorný orgán hlavný komorogrófsky úrad, ktorého sídlom sa stala Banská Štiavnica.
2.8. Nový banský poriadok
Veľmi vážnym zásahom do pomerov v stredoslovenských banských mestách i do baníctva v celom Uhorsku bolo úsilie Ferdinanda I. nastoliť nový banský poriadok. Hneď po prevzatí stredoslovenských banských miest roku 1548 poveril dolnorakúsku komoru vypracovaním nového banského poridku. Chcel ním obmedziť staré výsady a privilégiá banských miest, uprednostniť vlastné regálne práva, vytvoriť podmienky pre väčšiu kontrolu nad banskou výrobou a tým zvýšiť zisky eráru najmä z baníctva na drahé kovy a meď, ktoré v tejto oblasti prevládalo.
Medzi najvýznamnejších odberateľov banskobystrickej medi patrili hornonemecké obchodné domy. V rokoch 1548-1560 Matej Manlich, v rokoch 1560-1563 Ulrich Linck, v rokoch 1563-1569 odoberala banskobystrickú meď spoločnosť Michal Manlich a Filip Welser, v rokoch 1569-1587 Wolfgang Paller a Leonard Weiss, od roku 1578 aj rakúsky finančníci Castell a Croy. Na začiatku 17. Storočia vstúpil do obchodu s banskobystrickou meďou viedenský finančník Lazar Henckel.
Medzi Hlavný komorogrófsky úrad mal mať dozor nad celým baníctvom, hutníctvom a mincovníctvom v oblasti stredoslovenských banských miest. Komorský gróf mal byť aj vrchným vojenským a mal mať na starosti vojenskú ochranu tejto dôležitej oblasti. Práve pre také veľké nároky sa Viedni dlho nepodarilo nájsť vhodnú osobu na obsadenie tejto funkcie. Prvým hlavným komorským grófom sa stal Dávid Hág. Do funkcie nastúpil roku 1598.
Stredoslovenské banské mestá odmietli nový banský poriadok prijať. Medzi panovníkov, resp. dolnorakúskou komorou a banskými mestami, sa rozpútal dlhý zápas, ktorý mal niekoľko etáp. Prvá skončila za Ferdinandovho nástupcu Maximiliána II. kompromisom.
Banský poriadok prijali stredoslovenské banské mestá na konci roku 1570. Tlačou vyšiel roku 1573. Známy je pod názvom Nový alebo Maximiliánov banský poriadok.(4.4. prílohy)
Významná bola aj železiarska výroba na Pohroní. Zo železiarní na Horehroní, najmä z Hronca, sa zasa zásobovali bane na okolí Banskej Bystrice.
