Po Bočkaiovom povstaní sa banskobystrický mediarsky podnik nachádzal v katastrofálnom stave. Bane boli zväčša opustené, povrchové zariadenia zničené, robotníctvo sa rozišlo. Výroba v baniach, hutách a hámroch sa obnovovala len postupne a za pomoci poddaných okolitých panstiev. Situácia sa zlepšila, keď dvor uzavrel novú zmluvu s nákladníkmi W. Pallerom a L. Henckelom, ktorí poskytli prostriedky na financovanie obnovy a výroby. Od roku 1612 sa už v banskobystrickom mediarskom podniku vyrábalo 8000-10 000 centov a v ľubietovskom revíre okolo 400 centov medi ročne. Za poskytnuté financie dostávali nákladníci všetku vyrobenú meď. Predávali ju na domácich trhoch, ale najmä vyvážali do zahraničia. Veľké množstvá slovenskej medi sa vyvážali do Hamburgu a odtiaľ do Amsterdamu, Španielska a inde. Cez Viedeň sa zasa vyvážala najmä do Benátok. Cena medi stúpla zo 16 na 21 zlatých. Nákladníci sa však obohacovali predovšetkým sami. Podnik zápasil veľmi často s nedostatkom peňazí, nevyplácal mzdy a tak si ich robotníctvo muselo často vymáhať štrajkami a inými radikálnymi spôsobmi.
Posledné obdobie Betlenovej vlády opäť spôsobilo spustošenie podniku. Roku 1626 sa musela výroba načisto zastaviť. V 30. rokoch začala slovenskej medi konkurovať na svetových trhoch švédska a neskôr aj japonská meď. V tom čase sa v banskobystrickom podniku vyrábalo okolo 6500 centov medi ročne. V 40. rokoch sa robili v Banskej Bystrici pokusy vyrábať z tamojšej medi mosadz. Od roku 1642 prenajal dvor banskobystrický mediarsky podnik viedenským obchodníkom bratom Joanelliovcom. Nákladnícky systém financovania sa tak zmenil na priame riadenie výroby. Vytvorili sa ešte väčšie možnosti drancovania baní a ožobračovania banského osadenstva. V rokoch 1642-1648 mali napríklad nájomcovia čistý zisk vyše 160 000 zlatých, hoci podnik v tých rokoch takmer zanikol. Po povstaní Juraja Rákociho sa roku 1645 prestalo v ňom pracovať a osadenstvo sa pre mor, nedostatok potravín a nevyplácanie miezd porozchádzalo.
Po tridsaťročnej vojne sa podarilo výrobu znovu obnoviť, a to aj za pomoci rozličných vnútorných zmien. Roku 1662 sa napríklad zaviedli v baniach 8-hodinové pracovné smeny miesto dovtedajších dvoch štvorhodinových, medzi ktorými bola prestávka. Zavádzala sa aj nepretržitá, t. j. trojsmenná práca. Na kontrolu odpracovaných smien sa zaviedli rováše. Drevorubačom a uhliarom sa obmedzoval chov dobytka a žiadali sa od nich pravidelné dodávky dreva a drevného uhlia pre bane a huty. Produkcia medi tak opäť vzrástla. Roku 1680 zriadila Dvorská komora vo Viedni vlastný, teda erárny úrad na odpredaj medi. Znamenalo to zvýšenie ziskov eráru, pretože ceny medi na svetových trhoch stúpli na 40-42 zlatých za cent. Okrem európskych krajín sa banskobystrická meď vyvážala aj na trhy v Indii, Číne a do prístavov v Amerike. Banskobystrický mediarsky podnik zamestnával koncom 17. storočia do 800 baníkov a hutníkov.
Stále viac sa však prejavovala relatívna vyčerpanosť rudných zásob. Šachty boli hlboké vyše 350 metrov, výrobné náklady stúpli, produkcia klesla. V rokoch 1700-1702 sa vyrobilo ročne len okolo 3000 centov medi. Podnik nestačil poskytovať ani množstvo 4000 centov, ktoré sa malo ročne dodávať do Amsterdamu ako splátka na pôžičku, ktorú poskytli nizozemské stavy viedenskému dvoru. V septembri a potom v novembri 1703 obsadila podnik vojská Františka II. Rákociho. Už hneď počas prvého obsadenia a núteného opustenia napáchali na ňom veľké škody. Barónovi Hellenbachovi, Ktorého dosadil F. Rákoci za hlavného komorského grófa, sa síce podarilo udržať v podniku výrobu, ale za nesmiernych obetí osadenstva. Produkcia opäť citeľne poklesla.
