Turci si upevnili kontrolu nad dobytými územiami v stredných a južných častiach Uhorska a zaistili osamostatnenie Sedmohradska. Uhorské kráľovstvo sa zmenšilo na tretinu svojej niekdajšej veľkosti a jeho jadrom sa stalo Slovensko.
Mestečká a dediny na cisárskej strane však na tom boli azda ešte horšie. Dane a poplatky platili cisárovi a jeho šľachticom a, navyše, neustále ich ohrozovali turecké nájazdy. Dostávali od Turkov výhražné listy, ktoré ich mali prinútiť k poplatnosti a k poslušnosti. Napríklad roku 1556 fiľakovský beg Hamza poslal banským mestám takýto výhražný list: “Vyzývame vás, aby ste už raz prišli k rozumu a poddali sa nám. Lebo inak vojsko Jeho Veličenstva sultána je už na ceste, aby obyvateľov tejto krajiny k poddanstvu prinútilo. Čo vám potom budú osožiť zátarasy vo vašich lesoch, strážne veže a mocné múry vašich miest? Lebo Turek pristúpi k vašim zásekom, naši strelci rozprášia vašu jazdu a prebijú sa k vám ako jeleň rovinou.“ Takéto listy dostávali obyvatelia mestečiek na Slovensku pravidelne a veľké množstvo. Mnohé z nich sa v archívoch zachovali.

Roku 1593 za panovania cisára Rudolfa II. sa cisárske vojská pokúsili zaútočiť na Turkov. Začala sa dlhá, pätnásťročná vojna. Spočiatku boli cisárske vojská úspešné. Dobyli späť pevnosti Fiľakovo, Sečany, Novohrad a Ostrihom, potom sa však začal urputný boj, v ktorom sa úspechy a vojnové šťastie prikláňalo raz na jednu, raz na druhú stranu. Počas vojny vpadli na územie Slovenska spojenci Turkov Krymskí Tatári a územie stredného Slovenska úplne vyplienili.

Správa Osmanskej ríše

V štruktúre tureckej správy bol najvyššou územnou jednotkou ejálet, nazývaný aj vijálet či pašalik, ktorý mal vlastne charakter miestodržiteľskej provincie. Na čele ejáletu stál paša či beglerbeg (čiže beg begov). Ejálet bol rozdelený na viacero okresov – sandžakov, kde vojenskú a súčasne administratívnu moc reprezentovali príslušní begovia. Najmenší územnosprávny celok predstavovala náhije. Istou osobitosťou sa vyznačovala turecká súdna správa úzko spätá s moslimským náboženstvom. Súdnictvo v ejálete reprezentoval kádí, ktorý vystupoval aj ako predstaviteľ islamského duchovenstva a náboženského práva (šeriátu), takže nebol úplne podriadený príslušnému pašovi (napr. budínsky kádí podliehal rumélijskému kádíaskerovi). Do kádího kompetencie patrilo aj zabezpečovanie viacerých verejnosprávnych opatrení a rozhodnutí (napr. zásobovanie vojska, kontrola trhov), prípadne ich sankcionovanie (napr. rozpis a vyberanie štátnych daní). Funkciu právneho znalca a poradcu v súdnej správe zastával müfti, ktorý priamo nesúdil, vydával však záväzné stanovisko v sporných prípadoch. Hlavnou úlohou tureckej okupačnej správy bol stály a trvalý výber štátnych a vojenských daní a poplatkov od obyvateľstva na podmanenom území. Preto sa viedli veľmi presné daňové registre – deftery. V období mieru predstavitelia tureckej správy do miestnej samosprávy ani do náboženstva „neveriacich“ (čiže kresťanov) priamo a výraznejšie nezasahovali.