V 16. a 17. storočí boli neustálou hrozbou pre územie Slovenska pustošivé turecké nájazdy. Slovenské etnikum sa totiž nachádzalo v bezprostrednom susedstve Turkov. Vojenská sila Uhorska za panovania Jagelovcov veľmi zoslabla, čo Turci neváhali využiť. Ešte v roku 1521 sa zmocnili pevností Belehrad a Šabac (Srbsko), ktoré dovtedy chránili krajinu pred tureckou inváziou.
Prvýkrát Turci zaútočili na Uhorsko v bitke pri Moháči, ktorá sa odohrala dňa 29. augusta 1526. Turecký sultán Sulejman II. (1520 - 1566) na hlavu porazil vojsko uhorského kráľa Ľudovíta II. a feudálov, pod zástavami ktorých bojovalo a vykrvácalo mnoho českých, moravských a poľských vojakov. Mladý kráľ Ľudovít II. zahynul na bezhlavom úteku v moháčskych močariskách. Turecké hordy vyplienili celú Dolnú zem.

Smrťou uhorského kráľa Ľudovíta II. sa skončila vláda Jagelovcov v Uhorsku i v Čechách. Na základe dynastických práv si uhorský trón i českú korunu nárokoval rakúsky arcivojvoda Ferdinand Habsburský, manžel sestry Ľudovíta II. Uhorským kráľom sa chcel stať aj Ján Zápoľský (1526 - 1540), najmocnejší šľachtic v krajine. Podporovala ho najmä drobná a stredná šľachta, ktorá ho na jeseň roku 1526 zvolila za kráľa. V polovici septembra roku 1526 iná skupina šľachty vyhlásila v Bratislave za uhorského panovníka Ferdinanda I. Habsburského, ktorý bol už od októbra zvolený za českého kráľa. Nástupom Ferdinanda I. na český a uhorský trón sa položili základy habsburskej monarchie, ktorá až do 20. storočia bola európskou veľmocou.

Ferdinand I. musel o vládu nad Uhorskom zviesť tvrdý a vyčerpávajúci zápas s Jánom Zápoľským, ktorý sa skončil mierom v roku 1538. Zápoľský a Ferdinand I. sa navzájom uznali za kráľov a rozdelili si územie Uhorska na dve časti. Po nečakanej smrti kráľa Jána I. roku 1540 Ferdinand I. odmietol uznať nároky Zápoľského syna Jána Žigmunda (1540 - 1571) na otcovo dedičstvo a pokúsil sa vojensky ovládnuť aj druhú časť krajiny. Prívrženci Zápoľskovcov si privolali na pomoc sultána Sulejmana II., ktorý pri Pešti v auguste roku 1541 porazil Ferdinandových žoldnierov a obsadil Budín. Po zásahu Turkov sa Uhorsko rozpadlo na tri časti. Južné a stredné územie kedysi mocného kráľovstva na stopäťdesiat rokov okupovali Turci. Sedmohradsko sa stalo samostatným kniežatstvom pod tureckým protektorátom. Slovensko, severovýchodná a západná časť Maďarska, ako aj zvyšok Chorvátska zostali pod zvrchovanosťou Ferdinanda I. Ten vládol aj krajinám českej koruny a Rakúsku, a tak Slovensko zostalo integrálnou časťou súštátia, v ktorom panovala rakúska vetva habsburského rodu.

Naša krajina sa stala útočiskom utečencov pred Turkami. V dedinách juhozápadného Slovenska, vyľudnených epidémiami a vojnami na začiatku 16. storočia, sa krátko po moháčskej bitke začali usadzovať Chorváti, ktorí opustili svoje domovy v dôsledku neustálych tureckých útokov. Na Slovensko prišli aj mnohí šľachtici z južnejších častí monarchie a cirkevné inštitúcie sa na čele s ostrihomským arcibiskupom, ktorý sa roku 1543 usídlil v Trnave. Do Bratislavy sa presťahovali všetky dôležité orgány. Bratislava sa na tri storočia stala hlavným a korunovačným mestom habsburskej časti Uhorska i mestom, kde sa až do roku 1848 schádzal zákonodarný orgán krajiny – snem.

S hrôzami tureckého pustošenia sa obyvateľstvo Slovenska stretlo prvýkrát roku 1530, keď Ferdinandov generál Viliam Roggendorf obľahol Zápoľského v Budínskom zámku, prišli mu na pomoc vojská belehradského pašu Mehmeda. Po ústupe Ferdinandových vojsk turecké hordy vpadli prvý raz aj na Slovensko. Vyplienili Považie až k Piešťanom, údolie Nitry až k Bojniciam, pozdĺž Hrona prenikli až po Beňadik. Okrem bohatej koristi vraj odvliekli do zajatia okolo 40 000 slovenských roľníkov a mešťanov.

Turecké plienenie sa stalo na dlhé roky postrachom obyvateľstva, a to nielen na hranici s Tureckom, ale občasné nájazdy hlboko na slovenské územie sa s určitou periodicitou opakovali až do porážky Turkov pri Viedni roku 1683. Roku 1541 padol do rúk Turkov Budín, o dva roky nato aj Ostrihom, pevnosť na Dunaji a súčasne cirkevné centrum Uhorska. Ostrihom bol bránou do slovenského územia, odkiaľ Turci robili nájazdy do údolia Váhu, Hrona a Nitry a bezprostredne ohrozovali slovenské mestá a dediny.

Obyvateľstvo, väčšinou odkázané samo na seba, začalo organizovať vlastnú obranu. Mestá sa opevňovali, budovali sa strážne veže a na blížiacich sa Turkov upozorňovali vatry ako výstražné signály. Po dobytí Ostrihomu Turkami vznikla na slovenskom území nová pevnosť – Nové Zámky, vybudovaná podľa najmodernejších zásad fortifikácie. Ostrihomská kapitula sa presťahovala do Trnavy a arcibiskup sa presídlil do Bratislavy.
Kráľ Ferdinand sa nezmieril s potupným mierom, ktorý bol nútený podpísať Turkami roku 1547, pripravil sa na novú vojnu a pokúsil sa získať späť Sedmohradsko. Opäť vypukla vojna, ktorá sa však roku 1551 skončila katastrofálnou porážkou zle pripravených cisárskych vojsk. Turci sa zmocnili ďalších oblastí na slovenskom území. Roku 1554 získali veľmi dôležitú pevnosť – Fiľakovský hrad a vytvorili na slovenskom území štyri správne okresy „sandžaky“ – Ostrihomský, Novohradský, Sečiansky a Fiľakovský. Toto územie s takmer sedemsto obcami sa dostalo priamo pod tureckú správu. Obyvatelia platili sultánovi daň z hlavy a sultánovým správcom rôzne iné dane, ktoré si neraz vynucovali násilím.