Kamenné hrady sa u nás začali stavať podľa vzoru veľkomoravských opevnení v 12. storočí, zväčša na strmých bralách. Do 13. storočia to boli kráľovské hrady. Neskôr na prelome 13. a 14. storočia si začala stavať hrady aj šľachta. Slúžili najmä na obranu. Tvorili neprístupné miesto, ktoré ochraňovala hlboká priekopa, pevné hradby a mohutné veže. Znamenali často neprekonateľnú prekážku aj pre veľmi početné a silné nepriateľské vojská. Do hradu sa dalo dostať často iba padacími mostmi a tajnými chodbami pod hradnou priekopou. Postupne, najmä v časoch relatívneho pokoja, koncom 14. storočia sa začalo viac myslieť na pohodlie obyvateľov hradov. Hradné paláce sa podľa možností prispôsobovali dobovému komfortu. Od polovice 15. storočia sa museli stavitelia hradov vyrovnať s neustále sa zlepšujúcim delostrelectvom a vojenskou stratégiou. V dôsledku toho vznikali nové obranné prvky a mohutné delostrelecké bašty. Stredoveké hrady už nedokázali odolávať vtedajším najúčinnejším zbraniam. Poniektoré boli prestavané na zámky, iné opustené postupne chátrali a boli úplne ponechané svojmu osudu.

Nálezy zo začiatku doby bronzovej (okolo roku 1800 p. n. l.) keď nitrianska hradná i mestská vyvýšenina bola osídlená ľudom unetickej kultúry a postupným narastaním výroby prichádzalo k väčšej majetkovej diferenciácii, čo malo za dôsledok vznik opevnených osád s funkciou hospodárskou i administratívnou. Vtedy ľud maďarovskej kultúry opevnil areál dnešného Horného mesta zemným valom s priekopou a vybudoval tu výšinné sídlisko, ktorého okolie bolo pomerne husto osídlené roľnícko- remeselníckym obyvateľstvom. Nálezy ukazujú, že v tomto období tu bolo dôležité výrobné stredisko, ktoré nepochybne udržiavalo obchodné i kultúrne styky s vyspelou mestskou civilizáciou v Stredomorí (Kréta, Mykény). Mohutné hradisko na vrchole Zobora, ktoré bezprostredne dominovalo nielen nad okolitým terénom, ale bolo dôležitým politickým a hospodárskym centrom. O niekdajšej sláve hradiska svedčí osobitne mohutný obranný systém, pozostávajúci z valov 2 až 10 m vysokých, dvoch rozsiahlych pred hradí a dômyselne vyriešených prístupových brán do hradiska. Obranný systém ukazuje, že práve Zobor tvorí jadro celého systému hradísk (Lupka, Žibrica, Drážovce, Martinský vrch, Na vŕšku, Borina a i.). Podľa výkladu jazykovedcov kvádske obyvateľstvo dalo názov rieke i osade rozpriesterájucej sa okolo nej, prof. Dr. Juraj Hodál odvodzuje pomenovanie z „Netra“, :Nitr-ahwa“, „Nitr-aha“.

Aj v tomto období to bol dôležitý strategický bod. Predovšetkým už v VIII. storočí vzniká opevnené hradisko neagrárneho charakteru na Martinskom vrchu. Jeho areál zaberal cca 20 ha a bol opevneným mohutným kamenným valom s dvojitým silnými palisádami a bol obohnaný širokou priekopou. Na hradisku bola objavená najstaršia kamenná architektúra na území Nitry a na Slovensku vôbec.

Druhé rozsiahle hradisko na ploche 13 ha leží uprostred dnešného mesta a v minulosti tvorilo centrum starej Nitry. Bolo opevnené dvojitým zemným valom s drevenými palisádami a širokou priekopou, ktorá obkolesovala celé hradisko. Na území Nitry však boli ešte tri ďalšie hradiská. Jedno na Lupke, obohnané priekopou a kamenným valom, ktorý spolu s drevenou palisádou bol 7,5 m vysoký. Toto hradisko s veľmi dômyselným a zložitým opevnením v prípade potreby veľmi dobre chránilo obyvateľstvo, ktoré sa sem uchyľovalo hlavne v čase vojnového nebezpečia.Prvú listinnú správu o Nitre nájdeme v „Conversio Bagoariorum et Carantanorum“ písanej v roku 871. V tejto listine sa spomína, že Adalram, arcibiskup za Dunajom, postavil kedysi Pribinovi na jeho majetku, v meste zvanom „Nitrava“, kostol.Hustejšie osídleným miestom sa stáva aj areál dnešného Horného mesta, kde vzniká románsky hrad, ktorý stál na temene kopca a pod ním na úbočí bola osada, alebo predhradie a nepochybne sa sem prenieslo aj centrum politickej moci pohraničného kniežatstva uhorského, ako aj centrum obnoveného biskupstva, ktoré zakrátko nadobudlo najvyššiu politickú moc. Začiatkom 11. storočia Štefan I. upevňuje uhorský štát za pomoci feudálov severného pohraničného kniežatstva (vojvodstva) so sídlom na Nitrianskom hrade. Roku 1074 obliehal hrad vojsko nemeckého cisára Henricha IV., tomu sa však hrad nepodarilo dobyť. Roku 1109 olomúcky knieža Otto, ako spojenec nemeckého cisára Henricha V., prišiel pod hrad, no nepodarilo sa mu dobyť ho, spustošil len jeho okolie. Moc kniežat v Nitre zaniká na prechode 11. a 12. storočia. Po zániku kniežatstva mení sa Nitriansky hrad na správne stredisko vojenského komitátu na čele s hradným županom. Uhorský panovník totiž svoju moc uplatňoval pomocou hradnej správy stolíc, na čele ktorých stáli kráľom menovaní hradní župani (špáni).

Tu sú začiatky prvej etapy dejín Nitrianskej župy, nazývanej dobou hradných županov. Trvá od začiatku 12. do začiatku 14. storočia. Mladé biskupstvo v Nitre založené r. 880 (Biskup Wiching) zaniklo už na samom začiatku 10. storočia. Po jeho zániku cirkevnú správu kraja zaobstaráva opátstvo Zoborského benediktínskeho kláštora a sborová kapitula nitrianska. Touto funkciou ich poverilo ostrihomské arcibiskupstvo, pod právomoc ktorého Nitra vtedy patrila. Uvedenú právomoc a činnosť zoborských mníchov nám dosvedčuje tzv. zoborská listina z roku 1111, ktorá je najstaršou zachovanou stredovekou listinou na Slovensku.Nitra veľmi trpela nájazdmi cudzích bojovných výprav. Tak v roku 1241 tatárske hordy tiahli na Nitru. Okolité dediny spustošili, zrovnali so zemou a zaútočili na Nitru. Mesto obsadili a vyplienili, Nitriansky hrad však nedobyli. Všetko obyvateľstvo mesta sa totiž utiahlo do hradu a hrdinsky hrad bránilo. Na Nitrianskom hrade sa pred Tatármi zachránil aj sám kráľ Bela IV., ktorý sa po ukrutnej porážke pri rieke Slanej zachránil pred Tatármi útekom. Za preukázanú hrdinskú pomoc sa panovník 2. septembra 1248 odvďačil Nitranom tým, že mesto povýšil na slobodné kráľovské mesto so všetkými výsadami. Ako protihodnotu mesto bolo povinné v prípade potreby poslať do boja 12 úplne vyzbrojených chlapov. Len čo sa Nitra a jej okolie zotavili z utrpených škôd a začali sa sľubne vzmáhať, dostalo sa Uhorsko do vojny s Přemyslom Otakarom II. ten r. 1271 vtrhol na Slovensko a dobyl Bratislavu i Nitru. Zmocnil sa Nitrianskeho hradu a vyplienil ho aj so širokým okolím. Aj pri druhom vpáde Přemysla Otakara II. roku 1273 bolo mesto spustošené. Vtedy zhorela aj biskupská katedrála a veľká časť historických listín, ktoré tam opatrovali. Osudnú ranu zasadilo nitrianske biskupstvo. Toto sa totiž sústavne domáhalo od kráľa Ladislava IV. odškodnenia za veľké škody, zapríčinené vpádmi.

Týmto nástojčivým prosbám vyhovel Ladislav IV. tak, že roku 1278 daroval do vlastníctva nitrianskemu biskupovi Paschasiovi slobodné mesto Nitru, tá prestala byť slobodným kráľovským mestom, stratila mestské výsady a privilégiá a stala sa poddanskou nitrianskemu biskupstvu. Celé stáročia sa „mešťania“ aj súdnou cestou márne domáhali zrušenia tohto potupného poddanstva. Tak sa dejinami Nitry vlečú sústavné boje mešťanov s cirkevným zemepánom – biskupom až do roku 1848, do zrušenia poddanstva. Po tatárskom plienení a po vpádoch Přemysla Otakara II. začína sa posilňovať moc veľmožov stavaním priestranných kamenných opevnených hradov a ďalším udeľovaním pôdy z kráľovského domínia. A za slabej vlády posledného arpádovca Ondreja III. (1290 – 1301) jednotliví veľmoži ovládli väčšie oblasti a počínali si dosť nezávisle od kráľovskej moci. Na západnom Slovensku skoncentroval väčšinu kráľovského domínia oligarcha (a palatín) Matúš Čák Trenčiansky, a to aj na úkor cirkevných feudálov. Aby sme pochopili ďalšie dejiny Nitry a Nitrianska, povšimnime si rozbroje o kráľovský trón v Uhorsku po vymretí Arpádovcov Ondrejom III. (r. 1301). Mocní feudáli svetskí i cirkevní sa rozdelili na dva tábory a povstali proti sebe. Jedni povolali na uhorský trón české knieža Václava III., druhí podporovali Karola Róberta z Anjou. Matúš Čák sa postavil za Václava. Nitriansky biskup sa pridal na stranu anžuovca Karola Róberta, doporučovaného a podporovaného aj pápežskou kúriou. Nitrianskeho biskupa za to neminula pomsta Matúša Čáka, ktorý Nitru aj s hradom roku 1301 – 1302 dobyl a vyplienil. Karol Róbert za pomoc, ktorá sa mu dostala od nitrianskeho biskupstva ustanovuje začiatkom 14. storočia nitrianskeho biskupa Jána III. dedične za nitrianskeho župana.

Tým prechádza do rúk nitrianskych biskupov svetská moc nad celou nitrianskou stolicou a začína sa tak druhé obdobie dejín Nitrianskej župy: temer päťstoročná doba županov – biskupov, ktorých sa vo funkcii vystriedalo vyše 50 až do roku 1777. Roku 1328 stal sa nitrianskym biskupom Meško, ktorý dal postaviť novú katedrálu (1333 – 1355). V nastávajúcom druhom období sa župan – biskup delí o moc so šľachtou, bývajúcou na území nitrianskej župy. Toto župné autonómne právomocenské zriadenie sa preto nazýva ustanovizňou šľachtického obecenstva župy „universitas praelatorum baronum et magnatum comitatus“, keďže autonómne spravovanie župy bolo v rukách šľachty cirkevnej a svetskej. 1403 obliehal Nitru vojvodca Ctibor a dobyl ju. 1431 prišlo vojsko Jána Jiskru z Brandýsa, ktorému sa podarilo zaujať len mesto. 1440 husitské vojsko sa priblížilo k Nitre, neďaleko nej sa utáborilo no samotné mesto s hradom nechalo na pokoji. Po smrti Ladislava Pohrobka väčšina šľachty zvolila za kráľa Mateja Corvina, ale druhá časť s tým nesúhlasila a povolala na trón Kazimíra, poľského kráľoviča. Kazimír obsadil svojím vojskom hrad a usalašil sa na ňom roku 1465. Matej Corvin prišiel s veľkou vojenskou silou a po dlhšom obliehaní ho aj dobyl. No Kazimírovi sa podarilo v noci ujsť. Keďže Nitra a stredoveký Nitriansky hrad boli terčom mnohých vojenských ťažení, za ktorých trpelo obyvateľstvo tak mesta, ako aj hradu, prikročili aj nitriansky biskupi – zemepáni k vybudovaniu mohutnejšieho obranného systému. Horné mesto bolo opevnené už pred tatárskym vpádom. Druhé hradby s dnešnou vnútornou bránou dal vybudovať v 15. storočí biskup Mossóci. V sporoch Jána Zápoľského a habsburgovcov o panstvo nad Uhorskom a v ňom aj nad slovenskom hral dôležitú úlohu aj nitriansky biskup – župan Štefan Podmanický. Keď sa spojenec Turkov Ján Zápoľský zmocnil Slovenska, nitriansky biskup ho korunuje za uhorského kráľa. Lenže o krátky čas, po ovládnutí západného Uhorska Ferdinandom, zase ten istý nitriansky biskup Podmanický ochotne korunuje za uhorského kráľa Ferdinanda Habsburského. Medzi obidvoma kráľmi začal tuhý boj, v ktorom Ferdinand porazil Zápoľského. Tento sa však trónu nevzdáva a privoláva si na pomoc Turkov. V týchto bojoch vtrhol oddiel tureckého vojska aj na juhozápadné Slovensko, spustošil a vyplienil i okolie Nitry.

Juhozápadné Slovensko, ktoré sa už presvedčilo o ukrutnosti Turkov, horúčkovite buduje opevnenia a robí obranné prípravy. Týmto opevňovacím prácam padli za obeť aj v Nitre skoro všetky budovy, ktoré boli mimo hradieb a palisád. Vybudoval sa Palánok – zemný val a násyp, opevnený dubovými kolmi – od vŕšku k Svätoplukovmu námestiu, kde sa točil rovno k rieke. Priekopy pod palánkom boli budované tak, aby sa dali napúšťať vodou Nitry. Tento kanál sa nazýval Čiernou vodou a obklopoval takmer celé Dolné mesto. Aj múry Horného mesta boli zosilnené palánkom a kanálom Nitričky. Dolné mesto sa nakoniec opevnilo dvoma bránami „Turecká brána“ a „Červená brána,“ ktorá uzatvárala mesto od Pároviec. Najväčšiu pohroma postihla Nitru 12. októbra 1663, keď sa mesta aj s hradom zmocnili turecké vojská bašu Gházi Huseina z Nových Zámkov, a to bez jediného výstrelu. Nespokojná žoldnierska posádka totiž, žijúca v stálej nezhode s domácou posádkov, pred Turkami zutekala. Turci vládli v Nitre necelý rok. Zvádzali o udržanie Nitry boje, počas ktorých bolo Dolné i Horné mesto spustošené. Na jar roku 1664, začiatkom apríla pritiahol pod Nitru žoldniersky generál de Souches na čele šesťnásťtisícovej vyhladovanej armády.

Tesne pred ich príchodom Turci podpálili mesto, aby sa žoldnieri nemali kam usadiť, ale ku koncu apríla, keď už boli vyhladovaní a hrad bol tiež veľmi zničený, vyjednali si Turci voľný odchod z Nitry. Všetkých Turkov, ktorí 22. 4. 1664 o 19. hodine opúšťali Nitru, bolo 400 jazdcov a 200 pešiakov. Skazu mesta vlastne dovŕšil generál, ktorý dal v meste rozobrať skoro všetka domy. Z ich materiálov dal opraviť hrad. Zakrátko potom, aby sa dobytie a obsadenie hradu neopakovalo, prikročil vtedajší nitriansky biskup – župan Tomáš Pálffy k vybudovaniu nového mohutného opevnenia hradu. Od neho teda pochádzajú mohutné hradby Nitrianskeho hradu, ako ich dnes poznáme. Hradby boli dokončené roku 1673, ako to hlása nápis na prvej hradnej bráne: „Anno Dni Leopoldo I. Rom. Imper. Ung. RegG MDCLXXIII Thoma Pálfy Episcopo Nitrien. Cancell. Ungariae.“ Hradby majú mohutné nárožné bašty, budované z veľkých kvádrov a je v nich iba jediná brána. Nad bránou je pálffyovský erb a uvedený text. Na nárožných baštách hradieb sú busty vojvodcov z čias Leopolda I. Nitra ako dôležité strategické miesto utrpela v každom stavovskom, protihabsburgskom povstaní: Štefan Bocskaya (1604 – 1606), za Gabriela Bethlena (1619 – 1626) sa mu podarilo mesto roku 1620 Nitru obsadiť avšak len na krátky čas potom ju musel vydať cisárskemu generálovi Bouquoiovi, Juraja Rákocziho, Františka Wesselényiho, Imricha Thökölyho v rokoch (1703 – 1711) za Františka Rákocziho II. posledné povstanie Nitry sa obzvlášť dotklo. Roku 1703 sa zmocnil Nitry František Rákoczi II. a vládol v nej až do roku 1708, kedy Nitru obsadilo cisárske vojsko na čele s generálom Heisterom. Znovu výstavba hradu i mesta a celková konsolidácia pomerov si vyžiadali niekoľko desaťročí. Koniec obdobiu županov – biskupov v Nitre urobila Mária Terézia.

Tereziánsky urbár sa stretáva v župe s veľkým odporom tak u zemepánov cirkevných ako aj svetských. Hlavným odporcom urbáru bol župan – biskup Gustíni (Ján VIII.), ktorý až do svojej smrti nedovolil realizovať urbár na území nitrianskej župy. Odboj radikálne zlomila Mária Terézia tým, že po smrti Gustíniho r. 1777 ustanovuje za župana svojho verného dvorana grófa M. Forgácha z Jelenca. Cisárovná ruší takmer 500 ročnú „dynastiu“ županov – biskupov. Do ukončenia stavovského – šľachtického zriadenia sa ich vymenilo už len sedem.Nitriansky hrad ako jediný z hradov na Slovensku, nepatril šľachte ale bol cirkevný. Sídlil tu biskup, ktorý bol cirkevným aj svetským panovníkom Nitrianska.