V 16. a vo veľkej časti 17. stor. sa značná časť Slovenska dostala pod nadvládu Turkov. Roku 1530 obsadili Turci Budín, roku 1534 Štúrovo, Rimavskú Sobotu a tiahli d´alej. Bratislava platila v tomto čase za nedobytnú pevnosť. Jej dobré opevnenie a celkový význam zavážili pri voľbe nového hlavného mesta Uhorska vtedy, ked´ Budín začali ohrozovať Turci. Zákonným článkom 49 z roku 1539 vyhlásil uhorský snem Bratislavu za hlavné mesto habsburskej časti Uhorska, za sídlo uhorského snemu a ústredných úradov a za korunovačné mesto uhorských kráľov a kráľovien.

V novom hlavnom meste mali sídlo dva ústredné úrady: Uhorská dvorská komora (mala v rukách správu rozvráteného štátneho hospodárstva a jej hlavnou úlohou bola evidencia krajinských a kráľovských majetkov a dôchodkov) a Uhorská miestodržiteľská rada (rozhodovala najprv o finančných a súdnych, neskôr aj o ostatných záležitostiach a sprostredkuvávala styk medzi kráľom a Uhorskom. Rada rozhodovala o všetkých vnútorných záležitostiach, usmerňovala správu a dozerala nad vojenskými záležitosťami, súdnictvom i nad činnosťou uhorskej komory, a to do roku 1671.)

Hospodársky vývin Bratislavy v 16. a 17. stor. negatívne ovplyvnili turecké vojny a povstania, pozitívne prítomnosť vysokých úradov v meste, prílev nového obyvateľstva, ako aj výhodné dodávky potravín a remeselníckach výrbkov vojsku. Veľkou ťarchou boli dane. Ešte roku 1530 odvádzala Bratislava ročne vyše 1000 zlatých do kráľovskej pokladnice. Roku 1630 dane vzrástli až na 12 000 a do roku 1666 na 18 000 zlatých. Ich rast doliehal na obyvateľstvo tým viac, že ho vojnami a chorobami ubúdalo. Napr. v Bratislave si vyžiadal mor v 1679-1680 10 000 osôb, mesto však muselo odvádzať dane v rovnakej výške.
Život napredoval aj v týchto mimoriadne ťažkých podmienkach. Zdrojom obživy bolo nad´alej predovšetkým vinohradníctvo a vinárstvo. Mešťania i mesto ťažili z vína aj v čase vojen a počas pobytu cudzích vojsk v meste. Mesto malo na predaj vína aj reprezentatívnu budovu Zelného domu.

Z remesiel prosperovalo najmä klobučníctvo. Z Bratislavy sa vyvážali veľké množstvá klobúkov do Sedmohradska. Bratislavskí obchodníci aj nad´alej obchodovali s Poľskom, Sliezskom, Čechami, Moravou a Rakúskom. Okrem vína vyvážali dobytok, obilie a zeleninu. Po skončení tureckých vojen ožili remeslá a obchod. Koncom 17. stor. žilo v meste 37 obchodníkov, ktorí si tu roku 1699 založili obchodnú gildu. Dobrý chýr mali aj bratislavské lodenice, ktoré roku 1698 navštívil ruský cár Peter Veľký.

Napriek vojnám a epidémiám sa počet obyvateľov neznížil. Roku 1720 mala Bratislava spolu s Podhradím 9 000 obyvateľov. Od 16. stor sem nepretržite prúdili chorvátski a mad´arskí utečenci. Chorváti sa usadili medzi slovenským obyvateľstvom v meste i v okolitých obciach, najmä v Devíne a vo Vajnoroch, založili si však aj nové osady (Lamač, Dúbravku) a dosídlili Devínsku Novú Ves, Jarovce, Rusovce a iné. Nemeckí protestanti sa usadili najmä v Prievoze a v Bratislave.
Štruktúra obyvateľstva sa zmenila aj z hľadiska sociálneho. Prílev šľachty z juhu posilnil najvyššiu spoločenskú vrstvu, ktorá do istej miery konkurovala bratislavskému patriciátu. Neochota šľachty platiť dane vyvolávala vzbury. Stredné meštianstvo posilnili remeselníci z juhu i zo západu a vinohradníci. Ked´že veľká časť nových obyvateľov musela opustiť svoje predchádzajúce príbytky náhle a doslova s holými rukami, vzrastali rady mestskej chudoby.
Meniaci sa obraz zloženia mestskej rady zodpovedá aj novej národnostnej štruktúre mesta: v polovici 17.stor. predstavujú z národnostného hľadiska 3/6 obyvateľstva Nemci, 2/6 Slováci a 1/6 Maďari.

Kultúrny vývoj v 16. a 17. storočí prebiehal za mimoriadne nepriaznivých podmienok. Napriek tomu dosiahol také významné výsledky, že ich možno považovať za skutočný prínos doby aj z hľadiska kultúrneho vývinu Slovákov. Rozvíjal sa na pozadí dvoch ideologických zápasov: spočiatku v oblasti filozofie boj stredovekej scholastiky s humanizmom, v oblasti teológie boj reformácie a protireformácie a vystupujúci do popredia v 17.stor. Na domáce pomery vplýval aj všeobecný európsky vývin, sprostredkovaný jednak zahraničnými univerzitami, jednak rozšírením kníhtlače. Súhrn všetkých týchto vplyvov a podnetov znamenal potlačenie dovtedy univerzálnej latinskej kultúry, významný pokrok vo vývine slovenskej národnosti.

Napriek vojnovým časom prežívalo určitý rozvoj aj školstvo. Na Slovoensku bolo v tom čase okolo 200 škôl, z toho asi 18 malo charakter gymnázií. Medzi významné strediská školstva patrila práve Bratislava. Tu sa mestská latinská škola, nadvädzujúca na tradície najstaršej kapitulskej školy, prebudovala roku 1557 na gymnázium, čoskoro všakm opäť upadla na pôvodnú úroveň. Druhé gymnázium založil roku 1626 Peter Pázmáň a zveril ho jezuitom. V Bratislave takisto fungoval aj seminár pre svetských ľudí od roku 1649. Až v druhej polovici 17. stor. si napriek vzrastajúcej rekatolizácii založili gymnázium aj evanielici. Nižší stupeň bratislavského školstva predstavovala latinská škola, nemecká a slovenská katolícka škola a nemecká a slovensko-maďarská evanjelická škola. Osobitnú školu mali aj bratislavskí židia. Okrem toho pôsobila v meste dievčenská škola.

Stredné školstvo malo význam aj pre rozvoj literatúry a vedy. Podmienkou ukončenia štúdia boli verejné dišputy, na ktorých absolventi gymnázií obhajovali svoje polemické práce. Literárnu tvorbu v Bratislave prezentujú aj viaceré básnické zbierky, ktoré najmä mladí básnici posielali bratislavskej mestskej rade s prosbou o podporu na ich vydanie. Spomedzi viacerých bratislavských humanistických básnikov vyniká svojou rozsiahlosťou dielo M. Pertingera. Najvýznamnejšie sú však diela tunajšieho humanistu Martina Rakovského Kniha o stavoch (1560) a O svetskej Zvrchovanosti (1574) v ktorých sa zaoberal podobnými problémami ako humanista Macchiaveli. Bratislavský rodák, neskôr nitrianský biskup Zachariáš Mošóci zozbieral a vydal dekréty a zákony uhorských kráľov od roku 1305. Vzdelanú bratislavskú spoločnosť navštívil v roku 1537 profesor lekárskych vied na bazilejskej univerzite Paracelsus a roku 1574 botanik Karol Clusius, autor diela o panónskej flóre, ktorý do neho zahrnul aj flóru z okolia Bratislavy.

Hudobný život sa uberal viacerými smermi. Spestrila sa cirkebná hudba, kde popri gregoriánskych choráloch pri katolíckych obradoch zaznieva aj melodicky pestrá, viachlasná hudba protrestantských bohoslužieb. Hudba sa pestovala aj v domoch šľachticoch a organizáciách mešťanov (nakmä v bratstvách). Viacerí tunajší učitelia sa venovali komponovaniu hudobných diel, najvýznamnejší bol Samuel Bockshorn-Capricornus. Okrem neho vynikli tunajší rodáci Ján Kusser st. autor zbierky Concertum Sancrorum, a jeho syn Ján Žigmund Kusser, skladateľ nikoľkých opier, stal sa známy ako reformátor hamburskej opery.
Hudbu pestovali aj viacerí slovenskí kantori-učitelia katolíckej a evanielickej školy. Pri slovenských bohoslužbách sa už v tom čase používali slovenské cirkevné spevníky, ako bol katolícky kancionál Písne Catholické ( Cantus catholici) a Tranovského Cithara Sanctorum(1636).

V 16.stor. sa začalo rozvíjať divadelníctvo. Spočiatku sa predvádzali zväčša biblické hry na Hlavnom námestí (komédia Judith, dráma O piatich pochabých a múdrych pannách) a pravidelne aj veľkonočné pašie. Na zač. 17. stor. vznikla divadelná sála v budove označovanej ako Široký dvor na Dibrovom námestí, kde od roku 1609 do 1733 pravidelne vystupovali kočovné divadelné spoločnosti.Ďalším strediskom divadla boli stredné školy. Tu sa pestovali tzv. školské hry s biblickými námetmi, do ktorých postupne prenikali témy s komickými vložkami. Na jezuitskom gymnáziu sa od roku 1628 hrávalo najprv po latinsky, neskôr aj po nemecky, slovensky a mad´arsky. V bratislavskom evanjelickom gymnáziu bola rozsiahla scéna s možnosťou až siedmich premien. Evanjelické predstavenia v dôsledku silnej rekatolizácie zanikli roku 1672.