Bratislava patrí k najmladším hlavným mestám Európy a pritom k mestám s bohatou históriou siahajúcou k dobám spred dvetisíc rokov. Poloha mesta v samotnom srdci Európy na brehu rieky Dunaj predurčila Bratislavu, aby sa stala križovatkou a cieľom obchodných ciest, strediskom mnohých kultúr. Prvé stopy po trvalom osídlení sa viažu k mladšej dobe kamennej. Skutočné dvere do histórie však otvára až keltský kmeň Bójov v 2. storočí pred n. l., ktorí na území mesta založili významné mocenské centrum s obrannou funkciou.

Keltské oppidum, ktoré zaberalo celý hradný vrch, siahalo až k priestoru dnešného Námestia slobody na severe a na juhu až k dunajskému brehu. Bratislavské oppidum sa preslávilo razením mincí, z ktorých najznámejšie sú zlaté statéry s nápisom Biatec. Zánik oppida sa predpokladá v polovici 1. storočia pred n. l. pod vplyvom vpádu Dákov. Kedysi kvitnúce, ekonomicky silné ústredie keltskej moci prestáva existovať. Zvyšky keltského obyvateľstva tu však prežívali až do rímskej okupácie pravého dunajského brehu. Na základe laténskych oppíd, tak ako Bratislava, vyrástli aj iné veľkomestá Európy, napr. Viedeň, Budapešť a Paríž.

Bratislava a jej okolie na oboch brehoch Dunaja sa v rímskom období ocitli priamo na hranici Rímskej ríše. V systéme vojenských pevností na strednom Dunaji vznikla Gerulata (obr.) , územie dnešnej mestskej časti Rusovce. Gerulata bola jednou z bášt obrannej línie Limes Romanum, oddeľujúcej svet Rimanov od sveta barbarských kmeňov. V časoch Rímskej ríše bola na hradnom brale vybudovaná vojenská stanica a pri brode vojenská strážna veža. Archeologické nálezy dokazujú rímsku stavebnú aktivitu aj v priestore Starého Mesta pod Primaciálnym palácom alebo v Dúbravke, kde boli nájdené základy rímskych kúpeľov z 3. storočia, a na Devíne.

Predkovia dnešných obyvateľov Slovenska Slovania prichádzajú na územie terajšieho mesta v 5. - 6. storočí n. l. Mohutné slovanské hradiská v Bratislave a na neďalekom Devíne sa stali v 9. storočí centrami spoločného štátu západoslovanských kmeňov - Veľkomoravskej ríše. Bratislavské hradisko patrilo k hradiskám s funkciou väčšieho správneho centra svetskej aj cirkevnej organizácie. Potvrdzuje to aj skutočnosť, že tento význam si Bratislava zachovala aj v nasledujúcom období ako komitátny hrad a sídlo prepošstva ranofeudálneho Uhorska. K tomuto obdobiu sa viaže aj prvá písomná zmienka o Bratislave v opise rozhodujúcej bitky Bavorov s Maďarmi, ku ktorej prišlo v lete roku 907 pod Bratislavským hradom (Braslavespurch).

V nasledujúcom storočí sa vznikajúce mesto začlenilo do novovytvoreného Uhorského kráľovstva. Centrálne postavenie Bratislavského hradu si uvedomili aj starí Maďari. Jeho význam po založení Uhorského štátu stúpol s tým, že sa stal dôležitým pohraničným hradom. Stal sa tak najdôležitejším hospodárskym a správnym centrom uhorského pohraničia a navyše i strediskom cirkevnej organizácie.

Centrálne postavenie a územná exponovanosť spôsoboli, že sa Bratislavský hrad a jeho okolie stali terčom mnohých vojenských útokov. Už v roku 1042 nemecký kráľ Henrich I. zničil Bratislavu. Ďalšie nepokoje ju zasiahli medzi rokmi 1074 - 1077 v súvislosti so sporom o trón. Vtedy sa stal hrad sídlom kráľa Šalamúna. V 11. a 12. storočí bol hrad často obliehaný, preto bolo neustále zdokonaľované jeho opevnenie. V tom čase to bol najlepšie opevnený hrad v Uhorskom kráľovstve. Najstarší základ mesta sa vyvinul na križovatke obchodných ciest. Jedna z nich sledovala breh Dunaja zo západu na východ (dnešná Panská a Laurinská ulica). Druhá cesta z juhu na sever sa stala základom Ventúrskej a Michalskej ulice. Napriek neustálym nepokojom sa toto sídlisko úspešne vyvíjalo v mesto a čoraz viac sa vymaňovalo zo závislosti na hrade. Roku 1204 sa sem z hradu presťahovala kapitula a v roku 1221 aj prepošstvo spolu s farským kostolom. Zriadenie fary pri kostole najsvätejšieho Salvatora posilnilo snahy obyvateľstva podhradia konštituovať sa v organizmus čo najnezávislejší na hrade. Rozvoj podhradia je priamo písomne doložený na začiatok 12. storočia. Románske mesto alebo sídlisková aglomerácia sa pred tatárskym vpádom skladalo okrem podhradskej osady a kupeckej osady cudzích hostí z viacerých osád, ktoré podľa ich patrónov možno nazvať osadami sv. Michala, Vavrinca a Ondreja.

Pri vpáde Tatárov boli tieto osady pravdepodobne zničené, ale po ich odchode boli opäť obnovené. V poslednej štvrtine 13. storočia sa začali stavať kamenné mestské hradby a smerom na východ od pôvodnej podhradskej osady sa začalo rozrastať mesto oddelené od hradného opevnenia. Z troch spomínaných osád sa medzi múry mesta dostala pravdepodobne len malá časť. Väčšina z ich územia tvorila už vtedy predmestia. Centrum mesta bolo okolo väčšej nezastavanej plochy, ktorá bola vhodným miestom na trhovisko. Bratislave boli udelené kráľovské výsady v roku 1291 uhorským kráľom Ondrejom III. V nich sa síce o starších výsadách nič nehovorí, možno ich však predpokladať, lebo sídlisko sa už od polovice 13. storočia nazýva mesto a v druhej polovici storočia malo aj richtára.

Začiatkom 14. storočia po vymretí Arpádovcov zasiahli Bratislavu opäť boje o trón. Na niekoľko rokov sa mesto a jeho okolie stali rakúskou provinciou. Až roku 1312 obsadili Bratislavu vojská Karola Róberta a definitívne ju vrátili Uhorsku. Karolov syn Ľudovít I. potvrdil mestu viaceré staršie privilégiá a obdaroval ho novými výsadami. Významným obdobím v živote mesta na prelome 14. a 15. storočia bolo obdobie vlády Žigmunda Luxemburského. Žigmund potvrdil mestu staršie donácie a výsady udelené Arpádovcami a Anjouovcami a udelením nových privilégií vyzdvihol Bratislavu na popredné politické a hospodárske mesto v Uhorsku. Na základe jeho dekrétu z roku 1405 sa Bratislava zaradila medzi najvýznamnejšie mestá, ktoré sa odvtedy nazývali slobodné kráľovské mestá. V roku 1434 udelil mestu erbovú listinu s právom používať znak s tromi vežami nad otvorenou bránou v hradbách.

Po smrti Žigmundovho nástupcu Albrechta Habsburského opäť vypukli boje o trón medzi jeho vdovou Alžbetou a Vladislavom Jagellovským. V týchto bojoch stálo mesto na strane Alžbety, zatiaľ čo župan na hrade a jeho posádka boli na strane Vladislava. Vzájomné boje medzi hradom a mestom trvali dva roky a pri vzájomných prestrelkách bol poškodený kostol sv. Mikuláša v Podhradí. Opätovný rozvoj mesta priniesla vláda Mateja Korvína (1458-1490). Počas svojej vlády udelil Bratislave množstvo hospodárskych privilégií, ktoré však mesto muselo zaplatiť vysokými finančnými dávkami potrebnými na vojny proti Turkom. V roku 1464 vydal Matej Zlatú bulu, ktorá potvrdzovala všetky staršie výsady mesta. Na Matejov podnet bola v roku 1465 v Bratislave založená prvá vysoká škola na území Slovenska - Academia Istropolitana. Univerzita bola umiestnená na Ventúrskej ulici v tzv. Gmaitlových domoch (Stephan Gmaitl bol bratislavským richtárom). Zanikla roku 1491 hneď po Matejovej smrti.