Soupeření mezi Francií a Anglií sjednocovalo proti císařství všechny koalice, jež usilovali Napoleonův pád. Třetí protinapoleonská koalice vznikla roku 1805 a spojily se v ní Anglie, Rakousko, království neapolské, Rusko a Švédsko. Napoleon upustil od plánu vtrhnout do Anglie, obrátil svou armádu proti Rakušanům a Rusům a vytáhl na Vídeň. Rakouskou a Ruskou armádu porazil 2. prosince 1803 u Slavkova, sto kilometrů severně od Vídně. Potom mohl v Prešpurku (dnešní Bratislavě) podepsat výhodnou mírovou smlouvu podle níž Rakousko ztratilo veškerá území v Německu a Itálii. Napoleon tak ukončil existenci Svaté říše římské národa německého a vytvořil rýnský spolek, který měl pod kontrolou. Napříště se mu už opovážilo postavit pouze Prusko.
Čtvrtá koalice se utvořila v letech 1806 - 1807 na popud Anglie, která se spojila s Pruskem, Ruskem a Švédskem. Francouzská vojska se dala na pochod Německem aby rozdrtila Prusko. Velkou část pruské armády vedenou králem porazil u Auerstedtu maršál Davout. Týž den 14. října 1806, rozprášil Napoleon jinou pruskou armádu u Jeny. Francouzi vítězně vkročily do Berlína a hnali nepřítele přes celé pruské území. V Berlíně Napoleon vyhlásil takzvaný kontinentální systém, jenž byl odvetou za námořní blokádu, kterou zavedli r 1806 Angličané. Aby mohl být dekret zakazující veškerý obchod mezi Britskými ostrvy a kontinentem účinně dodržován, musel se Napoleon snažit ovládnout celou Evropu. Zbývalo už jen porazit Rusko, které 8. února 1807 u Eylau (dnešního Jílova) ještě odolává, ale podlehne v červnu u Friedlandu (dnešního Frýdlantu) Mír byl podepsán na voru na řece Němen poblíž městečka Tylže. Velké císařství prožívá svůj vrchol.
V Eylau
V bitvě u Jílova odrazil generál Murat skvělým útokem ruskou armádu, která ohrožovala hřbitov kde se právě nalézal Napoleon. Ten o bitvě prohlásil: „Taková jatka se tu musela odehrát, jen aby knížata získala lásku k míru a hrůzu z války.“
Plány na invazi do Anglie
se připravovali už od Revoluce. Často byly zcela nereálné, třeba vyhloubit tunel pod kanálem La Manche nebo použít aerostaty (balóny). Roku 1803 sestavil Napoleon proti Anglii armádu o 150.000 mužích a shromáždil loďstvo s 2.000 koráby. Bylo nutno udržet převahu na moři po celou dobu přepravy armády. Francouzské loďstvo bylo poraženo Angličany v bitvě u Trafalgaru, a tím skončily i plány na invazi.