V prvej tretine 9.storočia sa na sever od stredného Dunaja stretávame už s dvoma nadkmeňovými politickými útvarmi - štátmi.

V Pomoraví to bolo Staromoravské kniežatstvo a na východ od neho za Malými a Bielymi Karpatmi, Nitranské kniežatstvo,ktoré zahrňovalo nielen dnešné juhozápadné Slovensko, ale pravdepodobne aj územie až po Slánske vrchy. Začiatkom tridsiatych rokov 9.storočia si moravské knieža Mojmír podmanilo Nitrianské kniežatstvo a tamojší vladár Pribina, musel ujsť aj so svojou družinou.

Príčina sporu medzi staromoravským kniežaťom Mojmírom a nitrianským Pribinom nie je známa. Nezmieňuje sa o nej ani jediný súveký prameň. Obidve kniežatá museli byť potomkami skúsených vojvodov, ktorých volili slobodní členovia vojenských družín, a ktorí vojvodskú funkciu držali doživotne, takže po nich sa začala táto funkcia dediť v jednom rode. A to znamenalo koniec vojenskej demokracie u naddunajských Slovanov. Pribina hľadal pomoc najprv u protifransky ladených Bulharov a Chorvátov, ale nakoniec východofranský panovník, Ľudovít Nemec, prijal Pribinu do svojich služieb ako vazala a daroval mu v roku 846 ako dedičné léno pôdu v okolí Blatenského jazera. Pribina za svojej vlády v Nitriansku vlastnil "dedičný majetok" v mieste zvanom Nitrava a tu mu salzburský arcibiskup Adalrám vysvätil prvý kresťanský kostol na území Slovenska. Bol to prvý kresťanský kostol na celom území západných Slovanov.

Spojením Staromoravského a Nitrianského kniežatstva vznikla Veľká Morava, ktorá sa postupne stala významným štátnym útvarom vo východnej časti Európy. Knieža Mojmír prijal pred obsadením Nitrianského kniežatstva kresťanskú ideológiu, ktorou si v očiach Frankov upevnil svoje postavenie. No napriek tomu, z iniciatívy franských kňazov, ktorí pôsobili na Veľkej Morave a zhromažďovali správy o nespokojnosti Moravanov s vazalským pomerom k Východofranskej ríši, vtiahol kráľ Ľudovít Nemec s vojskom na Veľkú Moravu. Mojmíra pozbavil vlády a kniežatstvo zveril jeho synovcovi Rastislavovi.

Knieža Rastislav od začiatku svojej vlády uznával aspoň navonok svoj vazalský vzťah ku kráľovi Ľudovítovi Nemcovi. Rastislavovi išlo predovšetkým o vnútorné upevnenie svojej moci, pričom nestrácal zo zreteľa osamostatnenie svojho kniežatstva spod vplyvu Franskej ríše. Knieža Rastislav natoľko upevnil svoj štát, že sa necítil podriadeným Výchdofrantskej ríše a keď sa markgróf Ratbod vzbúril proti kráľovi Ľudovítovi, Rastislav mu poskytol svoju pomoc.

V auguste roku 855 kráľ Ľudovít Nemec napadol s veľkým vojskom Veľkú Moravu. Knieža Rastislav sa uzavrel v opevnenom hrade. Kráľovi Ľudovítovi sa nepodarilo dobyť Rastislavovu pevnosť ani jeho vojsko. Preto sa rozhodol na ústup, na ktorom ho Rastislav prenasledoval až za Dunaj, kde mu vyplienil krajinu a odniesol si bohatú korisť. V roku 858 Ľudovít Nemec chystal veľkú vojenskú výpravu proti Rastislavovi. Avšak vnútorné spory so západofranským kráľom Karolom II, mu ju znemožnili. Rastislav využil túto situáciu a posilnil svoju moc uzavretím mierovej zmluvy so svojím susedom Karolmanom. Možno v tomto súvise prišiel Rastislav na myšlienku zriadiť na svojom území vlastnú cirkevnú organizáciu pod vedením domácich slovenských biskupov a kňazov. Preto sa obrátil priamo na rímskeho pápeža Mikuláša I. so žiadosťou, aby mu poslal biskupa a kňazov, schopných uskutočniť tento zámer.

Pápež Mikuláš I. mu nemohol z politických príčin vyhovieť. Knieža Rastislav sa potom obrátil na byzantského cisára Michala III. so žiadosťou, aby mu poslal biskupa a učiteľov, ktorí by jeho ľudu hlásali evanjelium v jeho vlastnom jazyku. Cisár vyhovel Rastislavovej prosbe a poslal mu misiu učiteľov viery na čele s bratmi Konštantínom a Metodom. Konštantín, zvaný Filozof, boljedným z najučenejších mužov cisárskeho dvora. Pochádzal zo Solúna, ktorého okolie bolo už zaplavené usadeným slovanským obyvateľstvom. Preto ako vynikajúci filológ ovládal aj tamojší slovanský dialekt. Už v Carihrade zostavil pre Slovanov osobitnú abecedu a začal prekladať najpotrebnejšie náboženské texty do jazyka Rastislavových Slovanov. Po príchode na Veľkú Moravu, začali Konštantín a Metod ihneď pôsobiť a založili prvú vysokú školu na slovensku, podľa vzoru konštantinopolskej akadémie. Do vtedajšej slovenčiny preložili liturgické knihy z gréčtiny a latinčiny, vybrané texty Písma svätého a hlavné texty cirkevného i rímskeho práva. Ľudovít Nemec opäť zaútočil so svojím vojskom proti Rastislavovi. Vojsko obliehalo Rastislava na opevnenom Devíne, ktorý sa Ľudovítovi nepodarilo dobyť, ale Rastislav bol prinútený uznať zvrchovanosť Franskej ríše nad svojím kráľovstvom. Pápež Mikulaš I. pozval Konštantína a Metoda do Ríma.

Byzantskí učitelia sa vybrali do Ríma aj so svojimi žiakmi, aby ich dali vysvätiť za biskupov a kňazov. Počas ich cesty zomrel v r.867pápež Mikuláš I. Keď došli do Ríma, privítal ich nový pápež Hadrián II., ktorý schválil ich misionársky postup a pri bohoslužbách dovolil používať starú slovenčinu. Potom sám vysvätil Metoda za kňaza. Za kňazov boli vysvätení i ďalší zo žiakov Konštantína a Metoda. Počas pobytu v Ríme Konštantín ťažko ochorel a začal sa pripravovať na smrť. Zriekol sa funkcie cisárovho vyslanca a vstúpil do Gréckeho kláštora, kde prijal rehoľné meno Cyril. 14.2.869 Konštantín-Cyril umrel. Pápež ho dal pochovať s najvyššími poctami v kostole sv. Klimenta. Metoda vymenoval za svojho legáta pre slovanské kraje a zveril mu bulu "Sláva Bohu na výsostiach" adresovanú kráľovi Rastislavovi a kniežatám Svätoplukovi a Koceľovi, ktorou úradne potvrdil slovenský jazyk ako bohoslužobný jazyk cirkvi. Pápež neskoršie ustanovil Metoda za arcibiskupa s určením na biskupské sídlo sv Andronika v Sirmu. Vymenoval ho aj za pápežskeho legáta pre všetky slovanské krajiny.

Na rímskom sneme obvinili Rastislava, že porušil prísahu vernosti a odsúdili ho na smrť. Ľudovít Nemec ho dal iba oslepiťa uväzniť do niektorého bavorského kláštora, kde Rastislav zomrel. V tom čase bavorskí biskupi za pomoci Karolmana zajali aj pápežského legáta Metoda, protiprávne ho súdili a uväznili do niektorého švábskeho kláštora. Karolmanovi sa podarilo zajať knieža Svätopluka, obvinili ho z porušenia vernosti a uväznili niekde v Bavorsku. Toto vyvolalo zufalý odpor Slovákov. Pozbavení svojich vládcov i svojhu arcibiskupa sa vzbúrili proti nemeckej presile a postavili si na čelo jedného z členov mojmírovskej dynastie "napriek tomu, že bol kňazom". Slavomír nesklamal nádeje svojho ľudu a úspešne viedol povstanie. Nemci prepustili Svätopluka. Slavomír sa vrátil k svojmu kňažskému povolaniu a Svätopluk sa stal jediným vladárom celej ríše. Pápež požiadal Karolmana aby prepustil Metoda, ale aby odstránil predmet sporu, zakázal používať slovenský jazyk pri bohoslužbách, ale dovolil v ňom čítať state z Písma svätého a vyučovať ľud aj počas bohoslužieb.

Po Metodovej smrti sa stal biskupom Wiching, ktorý začal tvrdo prenasledovať Metodových žiakov. V roku 894 umrel kráľ Svätopluk. Medzi jeho synmi, Mojmírom a Svätoplukom, došlo k boju o trón, čo oslabilo odolnosť Veľkej Moravy. Kniežatá slovanských kmeňov z území dnešných Čiech sa odtrhli a obnovili svoje poddanstvo východofranskému kráľovi. Takto sa začala rozpadať veľká ríša kráľa Svätopluka. Kočovné kmene ugrofínskych nomadov, dnešní maďari, už pred Svätoplukovou smrťou napadli po prvý raz územie Veľkej Moravy. V boji proti nim padli i kráľ Mojmír II. a knieža SvätoplukII. - synovia kráľa Svätopluka. Maďari spustošili celé pohraničné územie Slovenska a prinútili Slovákov plaťiť im tribúty. Pohanský Maďari zničili aj slovenskú cirkevnú organizáciu s jej arcibiskupstvom a troma biskupstvami. To bol koniec slovenskej štátnosti a začiatok postupného včleňovania celého Slovenska pod moc Maďarov.