Tieto voľby vyhrala republikánska strana na čele s Abrahamom Lincolnom, ktorý sa o rok nato stáva prezidentom Spojených štátov. K hlavným sporom sa vyjadril tak, že otroctvo samotné ponechal iba tam, kde už bolo zavedené, ale odmietol jeho rozširovanie do nových teritórií. Taktiež odmietol aj secesiu, čiže možnosť juhu na odtrhnutie sa. Následne nato však 11 južanských štátov vytvorilo konfederáciu a odtrhlo sa od severu, ktorý ako reakciu na to vytvoril úniu a medzi týmito dvoma blokmi začala vojna. Severanská armáda mala väčší počet vojakov aj nižších dôstojníkov a taktiež disponovala lepšou vojenskou technikou. Armáda juhu síce nemala takú techniku ani taký ľudský potenciál, zato mala ale lepšiu jazdu, viac vyšších dôstojníkov – lepšiu organizáciu a tiež mohla rátať aj s podporou európskych mocností. Tie boli však pri snahe poskytnúť juhu vojenskú pomoc zablokované loďstvom únie. Aj napriek celkovej prevahe severu, mali vojská konfederácie spočiatku veľké úspechy, dokonca sa im podarilo viackrát obliehať Washington (najmä vďaka generálovi R. E. Lee). V roku 1862 ale prezident Lincoln vydal zákon o bezplatnom pridelení pôdy na západe po tom ako únia vyhrá vojnu. Tým sa značne zväčšila armáda severu, čo malo za následok obrat vo vojne a začiatok úspechov severu. Víťazstvá únie pokračovali až do roku 1865, kedy bolo dobyté hlavné mesto konfederácie Richmond, čo znamenalo koniec občianskej vojny.
To, že bol juh porazený, znamenalo aj zrušenie otroctva na celom území spojených štátov, čo bolo proti pôvodnému zámeru A. Lincolna. Ten bol krátko po skončení vojny zavraždený v divadle. Po skončení vojny nasledovalo obdobie Rekonštrukcie, čo znamená „poseverštvanie juhu“, čiže spriemyselňovanie, postupné odstraňovanie otroctva a prerozdeľovanie plantáži. Najmä zrušenie otroctva a to, že čierny otroci boli zrazu rovnoprávni s bielym obyvateľstvom, vyvolalo u konzervatívne zmýšľajúcich južanov najväčší odpor. Ten viedol až ku založeniu rasistickej organizácie Ku-klux-klan, ktorá sa vyznačovala útokmi, prenasledovaním a lynčovaním obyvateľstva čiernej pleti. Ten bol ale zakrátko rozpustený (oficiálne) a Rekonštrukcia bola ukončená do roku 1877.

Po občianskej vojne a vyriešení hlavných sporov vo vnútri krajiny už USA nič nebránilo v premene na priemyselnú veľmoc. Obdobie po skončení Rekonštrukcie je charakteristické masívnym a progresívnym rozvojom hospodárstva, najmä vďaka dostatku voľnej pôdy, dostatku takmer všetkých dôležitých nerastných surovín a dostatku kapitálu.