Od roku 1603 mali kalvíni v dome mešťana A. Asztalosa súkromnú školu. 21. decembra 1605 vyhnali františkánov a zabrali ich kláštor i kostol.
V roku 1606 zabezpečil viedenský mier slobodu vierovyznania pre šľachticov a mešťanov evanjelického a kalvínskeho vierovyznania. V Trnave však spory pretrvávali naďalej. 12. apríla 1607 boli objekty kláštora a kostola vrátené katolíkom a arcibiskup František Forgách potom trval na tom, aby bol z mesta vyhnaný kalvínsky kazateľ i učiteľ. Palatín Štefan Illésházy sa však trnavských kalvínov zastal. Podľa uznesenia snemu (24. marec 1609) nemalo mesto prekážať protestantom vydržiavať si kazateľov a učiteľov. Náhla smrť palatína Illesházyho (9. máj 1609) však spôsobila, že arcibiskup Forgách urýchlene, ba až neuvážene rýchlo, vyhostil kalvínskych kazateľov aj učiteľov. Nový palatín Juraj Thurzo ale prikázal 19. decembra 1609 prijať ich späť. Forgách sa obrátil na kráľa Mateja (cisár: 1612-1619, uhorský kráľ: 1608-1619) a vymohol si splnomocnenie, podľa ktorého mal brániť katolícku cirkev. Uspokojil sa teda s tým, že protestanti môžu vykonávať funkcie, ale iba v súkromných domoch, čo aj robili (A. Asztalos).
Palatín musel zasahovať aj do sporu mesta s evanjelikmi, keď si tí chceli postaviť kostol a mesto im prekážalo. V r. 1615-1671 si nakoniec na tieto účely adaptovali jeden dom.
Počas Bethlenovho povstania, keď sa jeho vojaci zmocnili 9. novembra 1619 Trnavy, kalvíni zabrali farský kostol sv. Mikuláša. Podľa uznesení bratislavského snemu z 20. decembra 1619 mala ale platiť zásada, že farský kostol v meste má patriť väčšinovej konfesii, v prípade Trnavy, teda katolíkom. Na základe tohto bol potom farský kostol katolíkom v roku 1621 vrátený a kalvínom bol pridelený bývalý dominikánsky kostol (kostol sv. Jána Krstiteľa), ktorý od r. 1615 užívali jezuiti.
V roku 1620 vypukol zápas o vedenie mesta. Pri voľbách mestského predstavenstva 17. apríla (veľkonočný pondelok) sa evanjelickí mešťania zdráhali voliť spolu s katolíckymi mešťanmi dovtedy zaužívaným spôsobom. Keď sa nedali presvedčiť, katolíci pristúpili k voľbe sami. Nemožno sa preto čudovať, že zvolili samých katolíkov. Evanjelici sa sťažovali u palatína, no katolíci sa bránili tým, že evanjelici sa nechceli voľby zúčastniť. Palatín sa preto priklonil na stranu katolíkov.
V roku 1634 si chceli reformovaní zničenú drevenú modlitebňu na Dolnopotočnej ulici prebudovať na murovaný kostol. Preto si podali v roku 1635 žiadosť palatínovi Mikulášovi Esterházymu do Šopronu. Tejto žiadosti bolo vyhovené. Katolícka strana však vzniesla žiadosť na zastavenie výstavby adresovanú Ferdinandovi II. (1619-1637). Prefekt Uhorskej kráľovskej komory, P. Pálffy nariadil zákaz a zastavenie výstavby. No nadarmo. Preto zasiahol arcibiskup Peter Pázmany, a to tak, že pohrozil senátorom za podporu heretikov exkomunikáciou. Tí sľúbili zastaviť dodávky materiálov. Nakoniec i panovník nariadil zastavenie stavby pre prekročenie povolených rozmerov, a to 30. marca 1636. Tento spor prebiehal aj v roku 1637, pretože kalvíni pokračovali vo výstavbe. V roku 1638 sa kalvíni obrátili na snem v Bratislave, no bezvýsledne. Kalvínsky kostol bol postavený až po Lineckom miery (1643) a odovzdaný im bol v r. 1646. No už v roku 1671 im bol odobratý a daný paulínom.
Evanjelici mali v držbe v rokoch 1605-1619 hlavný 2-vežový kostol (dóm, farský kostol sv. Mikuláša), pretože boli v meste väčšinou. Dali mu novú strechu a na vrchol veží kohútov. Vraj sa zaviazali, že katolíkom namiesto dómu postavia iný kostol, ktorý asi stál na mieste dnešného františkánskeho kláštora. Pri tomto kostola (veľký, pekný so zvonmi a vežou) bola zriadená aj fara a škola.
Začiatkom 70. rokov 17. stor. skonfiškovala mestská rada (v rámci tvrdej protireformácie) kalvínskej a evanjelickej obci ich majetky. Evanjelický kostol pripadol benediktínom a kalvínsky paulínom. Protestantské cirkevné obce prestali fungovať ako mestskou radou uznané korporácie- boli už len trpenými inštitúciami a mesto na ne preto neprispievalo. Ich príslušníci boli rôznymi spôsobmi nútení na prestup ku katolicizmu.
20. júla 1683 sa Thökölyho kuruci zmocnili mesta- Trnava sa „odovzdala do ich ochrany“ a ostali tu do 8. augusta 1863. Vyplienili univerzitu (1635-1777) a za jezuitov požadovali výkupné najskôr 40, potom 30 000 fl. (V dôsledku psychického zrútenia a prežitých útrap zomreli dvaja pátri ešte počas pobytu kurucov v Trnave a dvaja zomreli neskôr.). Nakoniec ich z mesta vyviezli. Benediktíni a paulíni boli prinútení vydať svoje kostoly reformovaným cirkvám. Bolo obsadené jezuitské kolégium a skonfiškovaný jeho majetok.
Po porážke Turkov pri Viedni sa vrátila situácia v Trnave do pôvodných koľají. Akurát sa zväčšil odpor proti protestantom, ktorým boli následne odobraté ich kostoly.
Porážka kurucov pri Trenčíne v 1708 znamenala koniec činnosti reformovaných cirkví v Trnave a v roku 1709 boli evanjelici a kalvíni prinútení odovzdať svoje kostoly mestskej rade.
V 17. stor. tak pokračuje proces ideologického zjednocovania na základe katolicizmu. V Trnave sa vyskytoval veľký počet cirkevných osôb a inštitúcií- hlavne jezuitský rád a univerzita, ktoré tiež prispeli k tomu, že mnohí obyvatelia sa vrátili ku katolicizmu. Na toto sa využívali aj formy tzv. barokového katolicizmu, ktorý kládol dôraz na nádheru cirkevných budov a obradov. V priebehu 17.stor. tak stratili reformované cirkvi v Trnave veľa prívržencov.
Príloha
Zoznam ostrihomských arcibiskupov (resp. administrátorov arcidiecézy) od roku 1526:
Meno | Menovanie | Ukončenie funkcie | Poznámka |
Pavol z Vardy (de Varda) | arcibiskup | ||
kardinál, arcibiskup | |||
arcibiskup | |||
Anton Vrančič (Vranchich) | kardinál, arcibiskup | ||
biskup, arcibiskupský vikár | |||
Ján Kutaši (Kutassy) | biskup, arcibiskupský vikár | ||
biskup, arcibiskupský vikár | |||
arcibiskup | |||
Ján Kutaši (Kutassy) | arcibiskup | ||
Štefan Szuhay (Szuchai, zo Suchej) | biskup, arcibiskupský víkár | ||
František Forgáč(Forgách) | kardinál, arcibiskup | ||
Peter Pázmaň, (Pázmány) S.J. | kardinál, arcibiskup | ||
Imrich Lóši (Lósy) | arcibiskup | ||
Juraj Lipai (Lippay) | arcibiskup | ||
Juraj Selepčéni(Szelepchényi) | arcibiskup | ||
Juraj Sečéni (Széchényi) | arcibiskup | ||
Leopold Kolonič (Kollonich) | kardinál, arcibiskup |
