Po rozbití 1. ČSR sa zapojil do ilegálnej odbojovej činnosti, pracoval ako radový veliteľ v štruktúre moravskej Obrany národa. Začiatkom júna 1939 ilegálne prekročil hranice, odišiel do Krakova, kde už koncom apríla bola založená 1.čs skupina zahraničí, v ktorom sa stal veliteľom a zúčastnil sa obrany Poľska po napadnutí nemeckom. Časť vojakov po zásahu parížskeho vedenia čs. zahraničného odboja odišla do francúzska, po okupácii Poľska s jej menšou časťou ustúpil na sovietske územie. V ZSSR viedol diplomatický boj s čs. odbojom v Londýne o ďalší osud čs. vojenskej jednotky. Po zásahu z Londýna bola veľká jednotky odtransportovaná na Stredný východ a do francúzska. V lete 1940 po dohode so sov. úradmi rokoval na expozitúre čs. zahraničného odboja v Istanbule o nadviazaní kontaktov medzi ZSSR a čs. vojenskej jednotky na území ZSSR. Realizácii tejto myšlienky venoval všetky sily. Jeho rozpory s Londýnom sa stali konštantnými , čs. vládni predstavitelia sa snažili budovať len symbolickú jednotku, počítali s jej nasadením v Česko - Slovensku v súvislosti s riešením vnútropolitickej situácie.

Po vyhlásení náboru so čs. vojenskej jednotky v Buzuluku organizátor jej bojovej výpravy. V zime 1942 žiadal J. V. Stalina o nasadenie jednotky na front, v marci 1943 viedol Prvý čs. samostatný poľný prápor v ťažkých bojoch pri Sokolove. V súvislosti s ďalšou výstavbou jednotky, v protiklade koncepciou čs. predstaviteľov v Londýne, presadzoval koncepciu 14.utvoriť komplexnú jednotku, ktorá by sa mohla stať základom vyššej jednotky so všetkými atribútmi národnej armády. V apríli 1943 mal v Moskve rozhovor s kompetentným vedením odboja ZSSR (K. Gottwald, J. Šverma, V. Kopecký) o ďalšej organizácii čs. vojska na sovietskom území.

V novembri 1943 ako veliteľ viedol Prvú čs. samostatnú brigádu v bitke o Kyjev, v decembri povýšený na generála, v januári 1944 sa brigáda stala základom Prvého čs. armádneho zboru v ZSSR, od septembra 1944 do apríla 1945 jeho veliteľ v hodnosti brigádneho generála. V jeseni 1944 sa zúčastnil s ním v zostave 38. armády genplk. K. S. Moskalenka bojov v karpatsko - duklianskej operácii a pri oslobodzovaní Česko - Slovenska. Roku 1945 - 1950 ako minister obrany riešil otázky bezpečnosti štátu a pomoci armády pri obnove národného hospodárstva. Dôležitú úlohu zohral v zápase o politický charakter armády, riešil úlohy spojené s vypracovaním nových poriadkov armády na základe skúseností z 2. svetovej vojny. V rokoch boja o politickú moc sa staval za zahraničnopolitickú orientáciu Česko - Slovenska na ZSSR, vo februári 1948 zdôrazňoval vernosť armády KS, bol presvedčený o správnosti postupu KSČ, i keď nebol jej členom, vstúpil do nej až v októbri 1948.

Roku 1950 odvolaný z funkcie ministra národnej obrany, krátko pôsobil ako námestník predsedu vlády poverený vedením Čs. št. výboru pre telovýchovu a šport, v januári 1951 musel odísť do zálohy. V čase deformácii v spoločnosti a v KSČ neoprávnene postihnutý a odvolaný z funkcií, pracovník JRD v rodnom kraji. Roku 1955 - 1958 náčelník Vojenskej akadémie K. Gottwalda v Prahe, 1959 - 68 vo výslužbe, začas pracoval vo Vojenskom historickom ústave v Prahe, činný v predsedníctve ZČSSP, ZPB. Do politického a verejného života sa vrátil v obrodnom procese 1968, od 30. marca vo funkcii prezidenta republiky. V auguste 1968 rokoval v Moskve spolu s ďalšími čs. štátnikmi o situácii vzniknutej po okupácii do Česko - Slovenska, pomáhal vytvárať nevyhnutné predpoklady pokojného riešenia situácie. Roku 1968 - 1975 ako prezident ČSFR a najvyšší veliteľ ozbrojených síl sa významne zaslúžil o vytvorenie čs. federácie. Pre vojenské zásluhy z 2. svetovej vojny mal prirodzenú autoritu, c širokých ľud. vrstvách, mimoriadne obľúbený. Autor publikácii memoárového charakteru, statí a príspevkov v periodickej tlači.

V rokoch 1948 - 49 a 1968 - 79 člen ÚV - KSČ, 1968 - 79 predsedníctva ÚV - KSČ, 1968 - 69 Výkonného výboru Predsedníctva ÚV - KSČ. R. 1948 - 68 poslanec NZ, 1954 - 64 člen jeho Predsedníctva, od 1945 člen Predsedníctva ÚV ZČSSP, od 1948 člen ÚV ZPB, 1948 - 68 jeho predseda.R. 1937 vyznamenaný Čs. vojnovým krížom 1914 - 1918, 1943, 1945 a 1946 Čs. vojnovým krížom 1939, 1943 a 1965 Leninovým radom, 1946 Čs. vojenským radom bieleho leva za víťazstvo I. stupňa, 1955 Radom republiky, 1959 a 1970 radom K. Gottwalda, 1968 Čs. cenou mieru, 1970 Radom októbrovej revolúcie a Medzinárodnou Leninovou cenou za upevnenie mieru medzi národmi, nositeľ titulu Hrdina Sovietskeho zväzu (1965), Hrdina ČSSR (1965,1970,1975) a ďalších pamätných medailí i medzinárodných radov a vyznamenaní.