Najväčšou krízou v období studenej vojny bola kubánska raketová kríza, v ktorej sa svet ocitol na pokraji jadrovej vojny a zničenia celého sveta. V roku 1961 odsúhlasil prezident USA Kennedy akciu CIA na zvrhnutie Castrovho komunistického režimu na Kube. V Zátoke svíň sa vylodili proticastrovské vojská, ktoré boli hanebne porazené. ZSSR sa snažil využiť situáciu a pod zámienkou ochrany bezpečnosti Kuby inštaloval v lete 1962 na Kube svoje jadrové rakety. Nechcel ale prísť slávnostne a nahlas, aby si to všetci všimli, ale chcel ich potajme nainštalovať a potom odkryť, a tak postaviť USA pred hotovú vec, aby mohli vyjednávať ako rovnocenní partneri. Preto Sovieti doviezli svoje vojská ako turistov a techniku iba v noci, aby nebolo nič spozorované. USA sa dozvedeli, že na Kube sa rozmiestňujú protilietadlové rakety, a tak bolo povolené podrobnejšie preskúmanie. V polovici októbra 1962 odfotografovalo prieskumné lietadlo U-2 rozmiestnenie jadrových rámp na Kube. Vedúci predstavitelia vlády boli šokovaní. Veľa možností im nezostávalo. Mohli bombardovať ešte nie celkom dostavané raketové rampy, urobiť inváziu na Kubu, alebo urobiť námornú blokádu. Prvá možnosť nemusela vyjsť a mohli prísť o veľa lietadiel. Druhá možnosť bola nebezpečná z toho hľadiska, že invázia nemusela byť úspešná, ako sa už predtým ukázalo. Ďalšia vec, ktorá predstavovala veľkú hrozbu, boli malé rakety s jadrovými hlavicami, ktoré mohli byť odpálené v prípade invázie a ktoré nespadali pod priame velenie Moskvy. Nakoniec sa Kennedy a jeho poradcovia rozhodli pre námornú blokádu, ktorá tiež nebola najbezpečnejšia. Kennedy verejne varoval Sovietov, že ak sa pokúsia preraziť blokádu, bude to považované za útok a americké námorníctvo na ich lode zaútočí. Bol to jeden z dvoch prípadov v studenej vojne, kedy bola americká armáda uvedená do najvyššieho stavu pohotovosti. Zostával už len jeden vyšší stav, a to bol boj. Sovietska armáda nebola nikdy uvedená do takéhoto stavu pohotovosti. Chruščov najskôr poprel existenciu sovietskych rakiet na Kube, ale po predložení fotiek z U-2 ich existenciu priznal. Keďže nechcel kvôli Kube riskovať vojnu, stiahol lode a začal vyjednávať (rakety už boli pripravené na odpálenie). Jeho požiadavky obsahovali stiahnutie rakiet Jupiter z Turecka a prísľub, že USA nezaútočia na Kubu. Za to bol ochotný stiahnuť rakety z Kuby.