Riešenie si vyžadovala otázka cirkvi, jej vplyv a miery zasahovania do štátnych záležitosti. Hoci Mária Terézia pokladala katolícke náboženstvo za jediný ideologicky základ ríše a cirkev za významnú súčasť svojich mocenských záujmov, bola nespokojná a viacerými aspektmi jej činnosti.
Videla plytvanie a luxus, ktorým sa obklopovali najvyšší hodnostári, hoci boli takmer všetci zadĺžený a preto sa snažila o zdanenie cirkvi. Majetok zrušeného rádu jezuitov využila na podporu štátneho školstva. Ale ani napriek úsiliu svojich radcov a syna Jozefa nebola naklonená náboženskej tolerancii, zostávala bigotnou katolíčkou.
S Jozefom, ktorého roku 1765 ustanovila za svojho spoluvládcu, s nezhodla ani v otázkach zrušenia nevoľníctva a striktne odmietala všetky pokusy poddaných bojovať za zlepšenie svojho postavenia. V tomto bola nekompromisná. A hoci krutosť jej bola cudzia, predsa dala v Čechách vypáliť niekoľko dedín , ktorých obyvatelia sa za sľub oslobodenia spod poddanských povinností pridali na stranu bavorského kurfistu Karola Albrechta.
Habsburská armáda tvrdo zakročila aj proti českým vzbúrencom, ktorí postali po hladomore v roku 1170-1771.Reformy Márie Terézie mali plnú platnosť iba v tzv. dedičných krajinách, čiže v Rakúsku a Čechách, nie však v Uhorsku. Kráľovná musela rešpektovať osobitosť stavov, keďže jej pomohli pri nástupe na trón. A tak sa čoraz väčšmi zvýrazňovali rozdiely medzi východnou a západnou časťou ríše.
Uhorský snem zvolaný v roku 1764 do Bratislavy mal prerokovať návrhy reforiem. Ukázalo sa však, že uhorská šľachta bola zarytým odporcom všetkých novôt. Keďže tvrdohlavosť a neústupčivosť šľachty bola neprekonateľná, Mária Terézia uhorský snem rozpustila a do konca svojej vlády ho už ani raz nezvolala. Uhorská ústava umožňovala vládnuť aj kráľovskými nariadeniami a tak kráľovná presadzovala ďalšie reformy týmto spôsobom.
Časom, keď reformy priniesli prvé úspechy a k slovu sa dostala aj mladšia generácia uhorskej šľachty, záujmy oboch strán sa zblížili. Napriek odporu uhorskej šľachty panovníčka presadila urbársku reguláciu, ktorá mala jednotne upraviť poddanské pomery v celej krajine. Celá akcia trvala od roku 1767 do roku 1772, keď bol zavedený celokrajinský urbár, neskôr nazvaný tereziánskym. Ten dával do súladu povinnosti poddaného s rozsahom pôdy, ktorú užíval. Súčasne sa do poľnohospodárstva zavádzali niektoré nové technológie, pestovanie nových plodín, napríklad zemiakov, kukurice, tabaku, ako aj chov nových plemien dobytka.
Nebolo azda oblasti, ktorá by v čase panovania Márie Terézie nebola potrebovala reformu. Je nepochybné, že na toľké zásadné premeny nestačila len pevná vôľa, ale bola potrebná aj dobra znalosť pomerov, rozhľadenosť rozvážnosť založená na solídnom vzdelaní.
A toho sa Márii Terézii dostalo už v detstve a mladosti. Otec jej zabezpečil výchovu, ktorá sa v mnohom odlišovala od zvyklosti doby. Podľa súčasníkov sa mladá princezná výzorovo i povahovo väčšmi podobala svojej matke, ktorá pochádzala z nemeckého protestantského rodu. Jej vzdelávaním boli poverení jezuiti, z ktorých ju najviac zaujal G.W. Spannagel prednáškami z histórie.
Mária Terézia mala talent na cudzie jazyky – plynulo hovorila po francúzsky, taliansky, latinsky, nemecky a španielsky. Okrem toho si dobre osvojila matematiku, získala dôkladne všeobecné vzdelanie a popritom nevynechávala ani predmety, ktoré vtedy patrili bežnému vzdelávaniu dievčat, čiže tanec, hudbu a spev.
Rovnako dôležitou otázkou ako výchova bolo rozhodnutie, kto bude manželom budúcej panovníčky. Sympatie rodičov si získal František Štefan Lotrinský. Od pätnástich rokov sa zdržiaval vo Viedni a účasť na živote dvora mu umožnila spoznať Máriu Teréziu. V oboch sa zakrátko zrodila vzájomná náklonnosť, o ktorej sa popísali romány. Ich manželstvo bolo pravdepodobne jediným z mala uzavretým nielen v záujme štátu, ale ja z lásky. A to bolo na tie časy dosť neobvyklé.
František Štefan bol nesporne mladý zaujímavý muž so zmyslom pre realitu. Dosť skoro zistil, že nemá veľké diplomatické, vojenské ani štátnické nadanie. Preto sa usiloval uplatniť sa na inom poli. Mimoriadne talentovane sa prejavil v ekonomike. Okrem hospodárskych úspechov v dedičných krajinách dosiahol neuveriteľné výnosy z podnikania na panstvách na Slovensku, v Čechách i v západnej časti dnešného Maďarska. Dokázal z veľmi zadĺženého holičského panstva po spojení so šaštínskym panstvom utvoriť najlepšie prosperujúci statok. Zriadil manufaktúru v Šaštíne, ktorá sa rozrástla najväčšiu kartúnku v Európe. V Holíči založil manufaktúru na majoliku, českých Kladruboch a Potštejne textilku. Najväčšie úspechy dosiahol vo finančníctve. Hoci jeho činnosť v tejto sfére nie je celkom preskúmaná, lebo v dôsledku svojho postavenia väčšinou vystupoval inkognito, predpokladá sa, že jeho osobné príjmy ďaleko prevyšovali príjmy štátnej pokladnice.
Františka Štefana uznávali za gentlemana žijúceho príkladným manželským životom, hoci sa sem-tam zaplietol do menších flirtov. Bol však známy aj záujmom o alchýmiu a iné tajné či pokútne vedy proti vôli Márie Terézie bol členom slobodomurárskej lóže.
Istým paradoxom je, že roku 1745 sa síce stal rímsko-nemeckým cisárom, no habsburskej ríši de facto nepanoval, lebo vládu právoplatne zdedila a aj vykonávala Mária Terézia, ktorá sa i do všeobecného povedomia zapísala zväčša ako cisárovná, hoci ňou vlastne nebola.
Predčasná smrť Františka I. Štefana v auguste roku 1765 zanechala v Márii Terézii hlbokú stopu. Vládla ešte 15 rokov spoločne sa synom Jozefom II., ktorý sa po otcovej smrti stal rímsko-nemeckým cisárom, ale už nikdy neodložila čierny vdovský odev a z veselej, zo života sa tešiacej ženy zostala na habsburskom tróne zostarnutá, smutná kráľovná.
Svoju životnú púť ukončila 29.novembra 1780 vo Viedni. Za štyridsať rokov panovania si Mária Terézia vyslúžila nielen obdiv pre svoju politickú a reformnú činnosť, ale aj úctu a uznanie protivníkov. Vážil si ju aj odveký politický rival, pruský kráľ Fridrich II. Jej osobnosť azda najvýstižnejšie charakterizoval nemecký kancelár Bismarck, keď ju označil za najväčšieho štátnika rakúskej panovníckej dynastie.
