Staré budovy dominikánskeho kláštora boli prestavané pre potreby univerzity, vystavili nové konvikty.
Najväčší rozmach zažilo mesto Trnava práve v období baroka. 17.storočie charakterizuje veľká stavebná činnosť cirkvi a osvietenstva, napriek zložitému obdobiu, ktoré dotvárajú dlhotrvajúce stavovské a protihabsburské povstania, počas ktorých utrpelo mesto veľké materiálne i morálne škody. V rokoch 1617-1626 obsadil a vydrancoval Trnavu niekoľkokrát Gabriel Bethlen. Neskôr zase povstalecké vojská Juraja Rákocziho. Najtragickejšie dôsledky malo pre mesto povstane Imricha Thökölyho roku 1683. Jeho vojaci podpálili mesto, vydrancovali archív a z listiny Belu IV. ukradli zlatú pečať. Je neuveriteľné, že práve v tomto období sa stáva Trnava kultúrnym centrom Uhorska. Príchod novej epochy – baroka je spojený s rozkvetom mesta. Mení sa veduta, známa kulisa nadobúda horizontálnejší charakter, zmäkčený kupolami veží. Až v tomto období zásluhou architekta Hildebranta sa mesta stáva kompaktnou stavebnou jednotkou. Na tejto prestavbe sa podieľali desiatky domácich a popredných zahraničných architektov, staviteľov, sochárov, maliarov, ktorí zanechali výsledky svojej práce a umu v celom meste. Pôvodnú románsko-gotickú štruktúru mesta, ktorú sa v renesancii nepodarilo zmeniť, zmenil až barok, jeho mimoriadna stavebná konjunktúra, ktorá nastala počas pôsobenia Trnavskej univerzity. V roku 1615 sa po 47 rokoch vrátili do Trnavy jezuiti. Spolu s arcibiskupom Pázmanym a palatínom Esterházym sa podieľajú na výstavbe univerzitného kostola sv. Jána Krstiteľa v rokoch 1629-1637. Zásluhou Petra Pázmanya sa Trnava zmenila na akademické mesto a dostala európskejší ráz. Monumentálna stavba univerzitného kostola je obdivuhodným dielom talianskeho majstra Pietra Spazza. Táto prvá baroková architektúra na Slovensku je majstrovským dielom a ako celok je ranobarokovým skvostom nielen v rámci Slovenska, ale aj v celej strednej Európe. Treba ho považovať za prvý prípad rozvinutého typu barokového jednoloďového chrámu s postrannými kaplnkami a emporami a s dvojvežovou fasádou. Kostol bol postavený dôsledne na základoch pôvodného dominikánskeho kostola, preto mal aj namiesto vedľajších lodí kaplnky ako dominikánsky kostol. Kaplnky majú do lode kostola otvorené polkruhové arkády. Klenba lode je plne valená, kaplnky sú s lunetovými klenbami. Hrany luniet a celé veľkoplošné rozsahy klenieb sú zdobené bohatým plastickým štukovým dekorom jedinečných foriem a umeleckej kvality. Nach archivoltami arkád kaplniek sú iluzívne okenné otvory oratórií, v lunetách lode sú okenné otvory na spôsob nepravej baziliky.