Vyhrážky Turkov banským mestám sa neuskutočnili, lebo pre vojnu s Peržanmi boli nútený uzavrieť s Ferdinandom I. roku 1547 v Istanbule mier.Mier mal iba relatívnu platnosť, lebo pohraničné turecké posádky stále napádali okolie banských miesť. Podľa sťažnosti banských miest panovníkovi roku 1549 obyvatelia Novej Bane, Pukanca a ďalších lokalít nemôžu vyjsť ani na 4 míle za mesto. Žiadali posilniť posádky Vígľaša, Krupiny, Levíc a Hronského Beňadika, lebo Turci by ich ľahko premohli a obsadili banské mestá, ktoré sú bez ochrany. Roku 1552 sa dohrala s Turkami nová vojna, v ktorej sa im podarilo obsadiť Drégeľ, Sečany, premonštrátsky kláštor v Šahách a iné pevnosti na južnom pohraničí Slovenska. Banské mestá žiadali posilniť obranu Levíc a Hronského Beňadika. Ostrihomská kapitula, ktorá od roku 1543 sídlila v Trnave, vyzvala roku 1552 Novú Baňu, aby sa jej obyvatelia zúčastnili na opevňovacích prácach okolo kláštora a aby prispeli aj finančne. Poukazovala na to, že panovník posilnil tamojšiu posádku o 100 jazdcov a zdôrazňovala, že opevnený kláštor zadrží turecké útoky a prispeje aj k obrane Novej Bane.Roku 1553 bola posádka cisárskych vojakov umiestená aj v Novej Bani. Vojaci napriek panovníkovmu zákazu narobili v meste aj na Brehoch značné škody. Panovník mestskú radu ubezpečil, že do mesiaca budú všetky škody uhradené.
Žiadosti Banských miest nenašli u panovníka náležité pochopenie, čo umožnilo Turkom dobyť roku 15574 hrad Fiľakovo. Až po páde tejto pevnosti začal panovník venovať väčšiu pozornosť obrane banských miest. Roku 1555 vymenoval za zvolenského župana a hlavného kapitána banských miest Jána Balašu. Postaral sa o obranu niekoľkých hradov a pevností, najmä Zvolena, Levíc a Hrenoského Beňadika, ale aj tak sa Turkom v tomto roku podarilo spustošiť jeho okolie. Do Novej Bane, najmä vďaka prítomnosti cisárskych vojakov, Turci nevtrhli. Ostrihomská kapitula žiadala vojakov od Novej Bane a Kremnice aspoň na dva miesiace, lebo sa dozvedela, že sa Turci chcú zmocniť hronskobeňadickej pevnosti za každú cenu. Po zdrvujúcej porážke zvolenské ho kapitána Jána Balašu pri Sečanoch roku 1562, ktorý sa usiloval natrvalo vyhnať Turkov z okolia banských miest, prevzal obranu banského okolia veliteľ levickej posádky Štefan Dobó. Posilnil pohraničné posádky, ktorých prevažná časť zahynula v bitke pri Sečanoch.
Roku 1563 boli zrušené vojenské kapitanáty a zriadený bol preddunajský dištrikt na čele s veliteľom Štefanom Deršfyom. Najdôležitejšou úlohou dištriktu bola obrana stredoslovenských banských miest. Na porade veliteľa dištriktu, kapitánov okolitých hradných posádok a zástupcov banských miest v Banskej Štiavnici roku 1563 vypracovali vojenský poriadok, ktorý mal zabrániť nečakaným tureckým útokom. Na strategicky dôležitých miestach mali by vybudované strážne veže, odkiaľ sa mal ohňom dávať signál o približovaní sa nepriateľa. Obyvatelia banských miest sa v prípade nebezpečenstva mali sústrediť na určených miestach. Novobančania a ostatní obyvatelia okolia sa mali v prípad ohrozenia Pukanca a Krupiny sústrediť v Banskej Štiavnici, v prípade ohrozenia Hronského Beňadika v Žarnovici, Tieto opatrenia čiastočne splnili svoj cieľ, ale tureckým prepadom nezabránili.
Okolie banských miest ohrozovali najmä potulujúci sa Turci, tzv. martalovci. Banské mestá žiadali roku 1566 panovníka o 200 vojakov na ochranu pred nimi. Poukazovali na ťažké položenie baníkov, hutníkov a uhliarov, ktorí sú najviac ohrození; ich prepady sťažovali banskú prevádzku.Roku 1567 vyzval budínsky paša Novú Baňu a Žarnovicu, aby sa mu dobrovoľne vzdali. Mestská rada poslala jeho výzvu Kremnici s prosbou o pomoc. Banské mestá žiadali 30. apríla pomoc pre Novú Baňu, lebo mesto nebolo schopné samé sa ubrániť útokom Turkov.Úsilie Turkov dostať sa k banským mestám dobitím hronskobeňadickej pevnosti neprestávalo. Nová Baňa ležala na okraji ich záujmov a bola nimi značne znepokojená, lebo 12. januára 1568 Turci spustošili Hronský Beňadik, postavili most cez Hron a ponáhľali sa na druhú stranu rieky, aby sa mohli dostať k Pukancu. Dňa 13. januára v noci o 1. hodine naliehavo žiadali Štiavničanov „o kresťanskú a susedskú pomoc“, lebo ich ohrozovali Turci od Hronského Beňadika. V tomto roku Turci hrozne pustošili okolie Hronského Beňadika, Neovej Bane a Pukanca, ako o tom píšu Banské mestá 2. septembra 1568 panovníkovi.Na obranu Pukanca dosadil panovník 100 vojakov. Strategický význam Pukanca si uvedomovali aj Turci, lebo roku 1570 novohradský beg opätovne žiadal Pukance, Krupinu a Dobrú Nivu, aby sa mu vzdali. Novobančania v tejto situácii prosili panovníka, by poslal na obranu mesta aspoň 25 vojakov. Arcivojvoda Ernest im 26. septembra 15700 oznámil, že vojsko potrebuje obranu dôležitých pohraničných pevností, no ak mu zvýši, pošle ho na pomoc aj Novej Bani. So zreteľom na rastúce nebezpečenstvo prosil o pomoc opäť Štiavničanov.Vojská ostrihomského bega pustošili okolie Levíc a Pukanca a 20. marca 1574 spustošili a vypálili opäť Hronský Beňadik, ale pevnosť nedobyli. Novobančania žili v týchto dňoch v ustavičnom strachu a 26. marca žiadali od Banskej Bystrice vojenskú pomoc, lebo 12 nestačilo na obranu mesta, so zreteľom na nebezpečnú situáciu by ich potrebovali aspoň 60. Na posilnenie protitureckej obrany im Kremnica poslala 24 vojakov.
