Husa potom odovzdali svetskej moci a tá ho odviedla k pripravenej hranici. Za ním šiel obrovský zástup, stovky ozbrojencov, kňazi a biskupi vo svojich drahocenných rúchach spolu s obyvateľmi Kostnice. Keď ho priviazali ku kolu a keď bolo všetko pripravené na zapálenie hranice, ešte raz ho vyzvali, aby sa zachránil tým, že svoje bludy odvolá. Hus sa ohradil: „Aké bludy mám odvolať? Nie som si vedomý nijakého bludu. Volám Boha za svedka, že všetko, čo (79) som písal a kázal, sledovalo záchranu ľudí pred hriechom a zatratením. Preto s najväčšou radosťou chcem pravdu, ktorú som písal a hlásal, potvrdiť svojou krvou“ (Wylie, cit. dielo, zv. 3, kap. 7). Keď okolo neho vyšľahli plamene, začal spievať: „Ježišu, Synu Dávidov, zmiluj sa nado mnou“ a spieval, kým jeho hlas navždy nezmĺkol.

Husovo hrdinské správanie prekvapilo aj jeho nepriateľov. Mučenícku smrť Husa a Jeronýma, ktorý onedlho zomrel tiež, opísal jeden z horlivých obhajcov pápežstva takto: (109) „Keď sa priblížila ich posledná hodina, obaja sa správali statočne. Chystali sa na hranicu, akoby šli na svadobnú hostinu. Nebolo počuť ani jediný výkrik bolesti. Keď vyšľahli plamene, začali spievať žalmy a ich spev nevedeli prehlušiť ani hučiace plamene“ (Wylie, cit. dielo, zv. 3, kap. 7).

Keď oheň Husovo telo strávil, popol aj s vrstvou zeme, na ktorej popol spočíval, bol vysypaný do Rýna a jeho voda ho odplavila do mora. Husovi prenasledovatelia sa darmo nazdávali, že sa zbavili pravdy, ktorú hlásal. Sotva tušili, že popol, ktorý onoho dňa odplával do mora, bude semenom zasiatym do všetkých známych i neznámych krajín sveta, že vydá bohatú žatvu v živote budúcich svedkov pravdy. Hlas, ktorý zaznel na sneme v Kostnici, vyvolal ozvenu, ktorú budú počuť všetky ďalšie storočia. Hus už nežil, ale pravda, pre ktorú zomrel, nikdy nezahynie. Príklad jeho viery a vytrvalosti povzbudil iných, aby neochvejne zastávali pravdu aj tvárou v tvár mučeniu a smrti. Poprava Husa ukázala celému svetu vierolomnosť a krutosť Ríma. Aj keď si to nepriatelia pravdy neuvedomovali, pomohli vlastne tomu, čo sa márne pokúšali zničiť.

V Kostnici sa však rozhorela aj ďalšia hranica. Ešte jeden svedok musel vlastnou krvou vydať svedectvo o pravde. Keď Hus odchádzal na koncil do Kostnice, lúčil sa s ním Jeroným so slovami povzbudenia k statočnosti a stálosti, ako aj prísľubom, že v prípade nejakého nebezpečenstva mu príde na pomoc. Keď počul, že Husa uväznili, verný učeník sa ihneď snažil splniť svoj sľub. Bez ochranného listu odišiel s jedným sprievodcom do Kostnice. Po príchode však zistil, že sa vystavuje nebezpečenstvu a pre vyslobodenie Husa nemôže nič urobiť. Pri úteku z mesta ho však na spiatočnej ceste zajali a sprievod vojakov ho spútaného doviedol späť. (110) Keď pri prvom výsluchu pred koncilom chcel odpovedať na prednesené žaloby, uvítali ho výkriky: „Do ohňa s ním! Do ohňa!“ (Bonnechose, cit. dielo, zv. 1, str. 234). Uväznili ho a spútali v polohe, ktorá mu pôsobila veľké muky. Dostával len chlieb a vodu. Keďže po niekoľkých mesiacoch krutého väzenia Jeroným ochorel a blížila sa smrť, jeho (80) nepriatelia z obavy, aby im nezomrel, začali s ním lepšie zaobchádzať, aj keď celý ďalší rok zostal vo väzení.

Stúpenci pápežstva nemali z Husovej smrti to, čo očakávali. Vierolomné zrušenie ochrany, ktorú Husovi zaručoval sprievodný list, vyvolalo búrku rozhorčenia, a preto sa snem rozhodol, že bude lepšie Jeronýma neupáliť, ale podľa možnosti ho donútiť, aby odvolal. Jeronýma predviedli pred koncil a postavili ho pred voľbu: buď odvolať, alebo zomrieť na hranici. Na začiatku jeho väznenia by mu bola smrť vítaným dobrodením v porovnaní so strašným utrpením, ktoré musel podstúpiť. Teraz však s podlomeným zdravím, prežitými útrapami v žalári, tiesnený úzkosťami a neistotou, odlúčený od priateľov a zarmútený nad Husovou smrťou sa Jeroným koncilu podriadil. Zaviazal sa, že bude vyznávať katolícku vieru a prijal rozhodnutie snemu, odsudzujúce Viklefovo a Husovo učenie, s výhradou „svätých právd“, ktoré učili (Bonnechose, cit. dielo, zv. 2, str. 141).

Touto výnimkou sa Jeroným pokúšal uchlácholiť si svedomie a vyhnúť sa tvrdému údelu. V samote väzenia si však svoj čin lepšie uvedomoval. Uvažoval o Husovej odvahe a vernosti a porovnával, ako sám pravdu zaprel. Myslel na nebeského Majstra, ktorému sa zaviazal slúžiť a ktorý zaňho zomrel na kríži. Pred odvolaním ho v utrpení tešila istota, že Boh je s ním. Teraz ho však mučili výčitky a pochybnosti. Uvedomoval si, že v snahe o mier s Rímom bude musieť urobiť aj ďalšie odvolanie. (111) Keďže cesta, na ktorú sa vydal, môže skončiť len úplným odpadnutím, rozhodol sa, že kvôli krátkemu úniku pred utrpením predsa svojho Pána nezaprie.