Protestantský reformátor profesor Martin Luther mal podporu svojej univerzity vo Wittenbergu, niektoré nemecké univerzity, napríklad v Marburgu, vznikli z prostriedkov zrušených kláštorov. Iné univerzity, napríklad v Paríži a Ingolstadte, sa však postavili proti novému kacírstvu. Aj keď Galileo vyučoval v Padove a Isaac Newton v Cambridgei, vedecká revolúcia v 17. storočí sa neodohrala na pôde univerzít, ale v rámci diskusných skupín, akou bola napríklad Kráľovská spoločnosť v Londýne. Osvietenské myšlienky si získali na niektorých univerzitách prívržencov, ale centrum diania bolo znovu mimo akademického systému, ktorý bol čoraz väčšmi považovaný za zastaraný, najmä preto, že výučba sa naďalej uskutočňovala v latinčine.

19. storočie bolo na univerzitách "obdobím reforiem", zavádzali sa nové predmety, od chémie a inžinierstva až po moderné dejiny a národnú literatúru. Vzorom bola univerzita v Berlíne, kde dávali prednosť výskumu pred výčbou a seminárom pred prednáškami. tento systém napodobňovali vysoké školy na celom svete, od Tokia po Chicago.

V 20. storočí naďalej rástol počet predmetov a nemecký model bol nahradený americkým. Brány univerzít sa otvorili ženám, čo bola najväčšia zmena v ich spoločenských dejinách od konca stredoveku, keď umožnili prístup laikom. .