augusta 1945 Japonsko pristúpilo na bezpodmienečnú kapituláciu, pretože ničivá zbraň úplne zlomila jeho odhodlanie pokračovať vo vojne. Vynález atómovej bomby sa považoval za vrcholné víťazstvo Spojených štátov v 2.svetovej vojne. Po celý zvyšok života Oppenheimera mu jeho uspokojenie z vedeckého úspechu kalil pocit zodpovednosti za dôsledky použitia tejto zbrane a výbuch bomby mu pripomenul slová indickej básne :“ Stal som sa smrťou, ničiteľom svetov.“ Už dva mesiace po Hirošime Oppenheimer sám vyhlásil, že "„ľudstvo bude preklínať mená Los Alamos a Hirošima“. (Los Alamos je mestečko v Novom Mexiku, kde bolo laboratórium, v ktorom bola atómová bomba vyvinutá). Napriek týmto názorom prijal v nasledujúcom roku funkciu prezidenta vedeckej rady Komisie pre atómovú energiu a stal sa tak najvplyvnejším poradcom vlády a armády v jadrových otázkach.