V tom čase Napoleona zvolili do Inštitútu "nesmrteľných".Bol vymenovaný za veliteľa "anglickej armády", no vedel, že zdolať Anglicko nebude ľahké, a tak sa rozhodol najprv zaútočiť na Egypt.19.mája 1789 sa francúzska flotila pohla smerom na východ.9.júna obsadili Maltu, 2.júla sa neďaleko Alexandrie vylodili.V ten deň, keď francúzska flotila vyplávala boli angličania pripravení zaútočiť, ale kedže sa v tej časti strhla búrka, nepodarilo sa im to.Po búrke hneď vyrazili a prenasledovali ich, dokonca ich netušiac predbehli.Takže keď prišli do Alexandrie a francúzov tam nenašli, dali sa na východ k Carihradu.Napoleon vo svojich plánoch počítal s tým, že domorodé obyvateľstvo sa vzbúri proti angličanom, no opak bol pravdou.21.júla 1798 bitka pod pyramídami v Káhire s mamelukmi, francúzi zvíťazili.1.augusta sa pred francúzskou flotilou zjavil admirál Nelson a po pár hodinách bolo po nej.Napoleon sa o tom dozvedel až o 2 týždne.9.2.1799 sa francúzska armáda vydala ďalej na východ.Dobyli Tel Aviv, Hajfu, Palestínu.18.marca sa dostali k hradbám Akky.Keďže sa v armáde v tom čase šíril mor a nemali dosť munície, toto mesto nedobili.Armáda sa teda vracala naspať bez pitnej vody popri spaľujúcom slnku.14.júna konečne došli do Káhiry.
Zatial čo bol Napoleon v Egypte, v lete 1799 Surovova armáda dobyla talianske mestá.Po zdrvujúcej porážke francúzskej armády 15.augusta pri Novi, hrozilo, že vtrhnú do Paríža.No nestalo sa tak.Surovova poslali rakúšania dobyť Švajčiarsko.Tam ho alr rakúšania napadli, a tak Rusko z koalície vystúpilo.
9.októbra Napoleon nechal svoju armádu v Egypte a vrátil sa do Francúzska.Armádu v Egypte zveril Kleberovi, no 25.1.1800 v Aríši musel uzavrieť dohodu o prímerí.No Anglicko žiadalo od Francúzov kapituláciu.20.marca 1800 v boji pri Heliose Kleber rozdrvil Turkov v Egypte.No Turci a Angličania opať zaútočili, a kedže mali veľkú prevahu, roku 1801 museli Francúzi zložiť zbrane.


30.októbra 1799 sa Napoleon spojil s členom Direktória Sieyesom, aby naplánovali štátny
prevrat.18.brumaira zosadil Direktórium, no na druhý deň Rada 500 a Rada starších toto neprijala a neuznala.Napoleon teda zozbierla svoje sily a so svojou armádou rozprášil obidve Rady.Bola vytvorená dočasná Konzultská Komisia - Sieyes, Roger Ducas a Napoleon.Napoleon vytvoril novú ústavu a stáva sa prvým Konzulom.Ústava mu umožňuje neobmedzenú moc. Napoleon sa pokúša uzavrieť mier s Rakúskom a Anglickom, no odmietli.24.mája francúzska armáda pri Ivrey porazila rakúske jednotky.2.júna vsúpili do Milána, 4.júna museli Rakúšania kapitulovať.14.júna sa odohrala rozhodujúca bitka pri Merango.Po dlhom boji musela francúzska armáda usúpiť, no v tom dorazil na pomoc Desaix so svojou divíziou.Rakúšania už poslali svojich kuriérov o víťazstve, no druhý boj bol víťazný pre Francúzov.Rakúska armáda sa dala na útek.
Teraz bolo Napoleonovým cieľm získať si Rusko.V tom istom čase o tom rozmýšľalo aj samotné Rusko.Takže rokovania išli dosť ľahko.Cár Pavel I.dokonca v liste Bonapartovi píše či by sa nemohli pokúsiť zaútočiť na Anglicko.Sám dal svojej armáde pokyny presunúť sa na juhovýchod.9.februára 1801 Rakúsko a Francúzsko podpísali mier - Lunévillský a 29.marca 1801 v Aranjueze Francúsko podpísalo dohodu so Španielskom.
Z 11.na 12.marca prišla správa, že cár Pavel je mŕtvy.Neskor sa potvrdilo, že to bolo sprisahanie.Nástupcom sa stal Alexander.Bonaparte vedel, že spojenectvo s Ruskom nebude tak ľahké uskutočniť.
15.júla 1801 Bonaparte a pápež Pius VII. podpísali Konkordát, čo znamenalo obnovenie Katolíckej Cirkvi.
27.marca 1802 Napoleon uzavrel v Amiense mierovú zmluvu s Anglickom.

2.augusta 1802 - 14.thermidora výsledky hlasovania rozhodli o doživotnom Konzulovi, ktorým sa stal Napoleon.

12.mája 1803 sa diplomatické styky s Anglickom prerušili.8.októbra bola v Paríži podpísaná mierova zmluva medzi Francúzskom a Ruskom.