vydali do Atiky a v septembri toho roku sa vylodili v Maratónskom zálive.

Maratón

Miltiades bol jedným z desiatich stratégov, vysokých štátnych úradníkov, ktorí vždy počas jedného roka zastávali funkcie v riadení vojenských záležitostí. Aténčania, v obave z návratu tyrana, mu vyjadrili svoju podporu. Stratég dal hlasovať za dve opatrenia: vyslať peších ťažkoodencov bojujúcich vo falange (vojenský útvar) do Maratónu a požiadať Sparťanov o pomoc. Obe opatrenia boli schválené.
Dareios uskutočnil 3 výpravy: 1. výprava stroskotala pri vrchu Atos z dôvodu búrky, kde sa jeho loďstvo oslabilo, a preto zorganizoval 2. výpravu. Ďalšia výprava sa odohrala roku 480 pred n. l.
Aténčania, posilnení o vojsko zo susedného mesta Plataje, zaujali postavenie na vyvýšenine nad planinou, a tak blokovali cestu do Atén. Po niekoľkých dňoch pozorovania Peržania jednej noci nalodili svoju jazdu, obišli Atiku a pristáli na protiľahlom brehu. V tej chvíli Aténčania prešli do útoku. Rýchlym postupom prekonali nebezpečnú zónu v dostrele perzských šípov a nepriateľ bezhlavo utiekol, pričom zanechal na bitevnom poli stovky mŕtvych a ranených. Rýchly posol, ktorý niesol zvesť o víťazstve, bežal bez oddychu až do Atén a hneď po odovzdaní správy zomrel od vyčerpania. Nasledujúci deň sa perzská flotila pred Faleronom ocitla tvárou v tvár víťazom, ktorí sa rýchlo vrátili na pomoc Aténam. Peržania sa vzdali ďalšieho boja a vrátili sa do Ázie. Sparťania si prišli už len pozrieť bitevné pole.
Peržania nepripisovali porážke pri Maratóne veľký význam, vzhľadom na množstvo podrobených ostrovov na území tiahnúcom sa od Perzskej ríše až po hranice Grécka. Pre Aténčanov však bolo toto ich víťazstvo veľmi dôležitou udalosťou. Znamenalo rozchod s Peržanmi. Barbari sa stali večnými nepriateľmi a "médska príslušnosť" synonymom zrady. Výsledok bitky bol dôkazom veľkosti mesta a vyvolával u jeho občanov stále väčšiu hrdosť na jeho postavenie a dôveru v ochranu bohov.
Tretiu výpravu začal perzský kráľ Xerxes prevedením mohutného vojska cez Hellespont, kde donútil severné Grécko k poddanstvu. Peržania boli zastavení až pri Thermopylskom priesmyku, ktorý bránil Leónidás. Po zrade jedného Sparťana (Efialt), ktorý Peržanov previedol inou cestou, ako bola pôvodne plánovaná, porazili Peržania Leónidása a celé stredné Grécko sa stalo Xerxovou korisťou. Atény boli Peržanmi vypálené a obyvateľstvo sa uchýlilo na ostrov Salaminu. Roku 480 pred n. 1. počtom malá grécka flotila porazila priamo pred Xerxovými očami perzské loďstvo. Po prvý raz zjednotenie istej časti Grécka prekonalo ohromnú silu barbarov a úspechy druhej perzskej vojny potvrdili námornú prevahu Atén, opierajúcu sa o flotilu a Délsku Ligu.