To znamenalo, že rímskokatolícke fary boli obsadzované farármi, ktorých ani zďaleka nemožno pokladať za stúpencov katolicizmu. Turzovci naschvál  posielali katolíckemu ľudu evanjelických kňazov, veď sami boli evanjelici, zakladali evanjelické fary, dávali študovať kňazov do Wittenbergu. Obyvateľstvo sa proti tomu často búrilo a ako sa uvádza v  kanonickej evanjelickej vizitácii superintendenta Joachima Kalinku, že „ľud bočil od luteránskych bohoslužieb a zdráhal sa dávať dávky luteránskym farárom. Obyvatelia Hladovky, Vitanovej a Čimhovej radšej svojich mŕtvych na scestí zakopávali, ale evanjelického kňaza nechceli prijať. Nepomohli  ani pokuty, ani trestné výpravy. Ostali verní katolíckej viere.“(Šmálik, Š., rukopis)

No napriek tomu sa reformácia dotkla všetkých obcí, veď aj sama Čimhová, ktorá bola baštou katolíkov mala v tomto období „52 katolíkov a 286 evanjelikov.“ ( Archív Oravského zámku, f.198, č.211. )

V polovici 17. storočia svitli lepšie časy pre Oravu. Pod ochranou kráľa Ferdinanda III. prišiel na Oravu „v roku 1645 všetkými plnomocenstvami vystrojený misionár, vodca protireformačného hnutia na Orave Ján Sczechowicz, rodák z poľskej dediny Ratulov, farár všetkých oravských  katolíkov“.( Farský archív 1881-2001)

Prvé útočište našiel v Čimhovej na majetku katolíckej línii Platthých. Z tadiaľ vysielal pomocníkov, zväčša poľských mníchov, do  starých fár oravských, zveriac jednému dve i tri fary a ustanoviac k výpomoci tzv. licentiatov. „ Od Platthyovcov si vzal jednu raľu do nájmu na tejto rali postavili v roku 1653 drevený kostolík. Z tých čias pochádza zvon s nápisom roku 1653.“ ( Kavuljak Andrej, 1955, s.76 ) 

Kostolík od začiatku plnil svoju funkciu dostatočne dobre, ako sa uvádza už v spomenutej kanonickej evanjelickej vizitácii superintendenta Joachima Kalinku: „ byl vystaven papežsky kostel Čimhové, kam mnohé dědiny ku všem obradům cirkevním pristupují.“ (Šmálik, Š., rukopis)

Z toho vyplýva že na Orave prebiehala vlna reformácie takmer súčasne s protireformáciou súčasne a Čimhová tu zohrala dôležitú úlohu ako protireformačné centrum.

Čimhová bola neskôr cirkevne pripojená k Trstenej a tiež tu patrili dedinky Suchá Hora, Hladovka, Vitanová, Liesek, Brezovica, Chyžné, Ústie, Osada, Hámre. 

V katolíckych novinách z roku 1888 sa spomína že: „ v roku 1659 poručil Ján Sczechovics sto toliarov farárom Rabčanským a druhých sto toliarov farárom Čimhovským.“ (Dopisy, 1888, s.101) Čimhová však vtedajších okolnostiach nemala v sebe dostatok síl vzrásť na samostatnú faru a zostala filiálkou  Trstenej až do roku 1786 kedy sa stala samostatnou farnosťou ku ktorej bola pripojená (cirkevne) obec Liesek a tak sa staré spory pretrvávajúce medzi obcami zintenzívňujú ale už v novej podobe. Tento raz sú to spory o nový čimhovský kostol, ktorý bol vystavaný v r.1774.

Vývin obce – historické a hospodárske pomery

V prvých desaťročiach, ba i storočiach bola Čimhová veľmi biedna osada. Hlavnou príčinou bolo to, že majitelia Platthayovci tu nebývali a tak ju nemohli ani chrániť a zveľaďovať. Preto sa vzmáhala a rozrastala len veľmi pomaly.

V daňových zápisoch z roku 1547 stálo : Chymahowe Michala Platthyho,1 porta (rale 4), 2 želiari. V súpisoch z rokov 1548 -1549  sú zaznačené 2 porty. V r.1598 mala obec už 16 sedliackych a želiarskych domov.“ ( Semkowicz W. 1938-39, s.90)

Život týchto osadníkov bol veľmi ťažký. Prví obyvatelia Čimhovej cez leto pásli stáda v lesoch a s približujúcou sa zimou schádzali do údolí k potokom, kde mali stajne a zimné prístrešia. Postupne okolo príbytkov začali klčovať čoraz viac stromov a obrábať pôdu. Takto postupne sa založila obec, ktorá sa čoraz viac rozrastala. V listinách z r.1558 sa spomína „potok Oravica, tečúci vedľa osady Chemechowa.“ ( Archív Oravského zámku, f.22, č.2. )

Tak ako vo všetkých novozaložených osadách, aj ľudia v Čimhovej si museli chrániť svoj majetok a často aj svoj vlastný život, nielen pred dravou zverou, ktorej bolo v okolitých lesoch mnoho, ale aj pred novými kolonizátormi a zakladateľmi ďalších osád, ktorý boli často horší ako divá zver. To dokazuje aj násilné obsadzovanie chotára Čimhovej a vznik obce Liesek. Toto dokazuje aj zápis  z kroniky Bážika  Andreja „Liesečania  odobrali Čimhovcom Mukzňov laz, Vygrami. Šoltýsky mlyn, ktorý bol vlastníctvom Čimhovcov násilne okupovali a kastelána zabili. Podobne aj vŕšok Kapitán dostal meno od toho, že tam Liesečania zabili Kapitána správcu majetku Plattyhovcov.“ (Bážik Andrej, 1905 -1934)

Dedina od roku 1604 stala zemianskou obcou. Je o nej takýto záznam: „Czemhowa je zaradená medzi osady zemanov o jednej usadlosti. Má 12 domov, 1 opustený, a 1 zemianska kúria.“ ( Semkowicz W. 1938-39, s.103)