októbra 1918 vydal Tomáš Garrigue Masaryk v Spojených štátoch Deklaráciu nezávislosti, v ktorej proklamoval samostatný československý štát. Do funkcie prezidenta Česko - Slovenska ho zvolilo Národné zhromaždeniena svojej prvej schôdzi 14.11. 1918 a potom znovuv rokoch 1920, 1927 a 1934. Práca, ktorú vykonal pre zrod Československej republiky mu získala popularitu. Okolo prezidenta Masaryka sa vytvorilo neformálne politické zoskupenie vplyvných ľudí. Prostredníctvom E. Beneša orientoval zahraničnú politiku na spoluprácu s USA, Veľkou Britániou, Francúzskom a štátmi Malej dohody. Svoje skúsenosti a poznatky z boja za vznik československého štátu zhrnul v práci Světová revoluce i v rozhovoroch s K. čapkom (Hovory s TGM).
Významnú zložku jeho politického úsilia pred i po roku 1918 tvorilo Slovensko. Z jeho iniciatívy bola v roku 1896 založená Českoslovanská jednota, orientovaná takmer výlučne na pôsobenie medzi Slovákmi. Bol však aj tvorcom teórie jednotného československého národa, ktorá bola zakotvená do československej ústavy v roku 1920.
Československo sa pod jeho vedením stalo demokratickým právnym štátom; nedokázal však vyriešiť problémy národnostných menšín (46% Česi, 13% Slováci, 28% Nemci, 8% Maďari, 3% Ukrajinci).
14. decembra 1935 odstúpil z dôvodov staroby (85 rokov) zo svojho úradu. Jeho nástupcom sa stal vtedajší minister zahraničia Edvard Beneš. Masaryk zomrel o dva roky neskôr na zámku v Lánoch. .