Slávnostné zahájenie Dlhého parlametnu pripadlo na 3. november 1640. Poslanci, ktorý sa vo Westminstere zišli, zasadali s jediným prerušením dlhšie ako dvanásť rokov a po prvý krát v histórii krajiny sa stali rovnocennou alternatívou ku kráľovskej moci. Charakteristickým rysom prvých týždňov a mesiacov Dlhého parlamentu bolo nepriateľstvo voči politikom spojených s Karlovou osobnou vládou. Zákonodarci na počiatku 40. rokov usúdili, že najprv musia odstrániť Karlových zlých radcov. Zbraňou, ktorú chceli použiť bolo už tradične impeachment. Počas novembra a decembra 1640 obvinili z velezrady lorda strážcu tajnej pečate a šesť sudcov, ktorý v 30. rokoch potvrdili zákonnosť lodnej dane. Impeachment schválili aj proti arcibiskupovi Laudovi. V záchvate paniky Karol I. dokonca podpísal zákon, na základe ktorého popravili lorda so Straffordu (Thomas Whitenhall), ktorý roky vykonával kráľovu politiku.

V máji 1640 už nikto nepochyboval o tom, že éra „kráľovského absolutizmu“ končí. Proti Laudovi sa viedol impeachment, Strafford bol mŕtvy a viac ako polovica členov tajnej rady bola zatknutá, utiekla do zahraničia alebo upadli do nemilosti. Poslanci neskôr schválili zásadnú ústavnú reformu a potvrdili tak, že impositions a tonnage and poundage je možné vyberať len so súhlasom dolnej snemovne. Ďalej bola lodná daň prehlásená za nezákonnú a pokutovanie tých, ktorý si odmietli zakúpiť šľachtický titul.

John Pym vystúpil s desiatimi návrhmi, po ktorých splnení by boli ochotný poskytnúť kráľovi natrvalo tonnage and poundage. Karol I. mal odložiť plánovanú cestu do Škótska, kráľovná mala prepustiť katolíckych duchovných. Predovšetkým ale mal panovník prepustiť svojich radcov a menovať takých, ktorým by mohol parlament dôverovať. Snemovňa lordov podporila tieto návrhy, čo dokazovalo, kam až boli peerovia pripravený zájsť, aby kráľovi odňali jeho moc. Ďalším problémom bola otázka odstránenia biskupov. Za a proti odstráneniu biskupov sa viedli rôzne petície na mnohých miestach Anglicka.

V roku 1641 vypuklo v írsku protianglické povstanie, ktoré bolo orientované proti parlamentu a na obranu kráľových práv. Na sklonku roku 1641 vypukli v Anglicku hysterické obavy z invázie írskych povstalcov. V takejto atmosfére chcel Karol I. vytvoriť armádu, ktorá by povstanie v írsku potlačila. Poslanci ale túto kráľovu požiadavku odmietli. Neskôr sa poslanci dohodli, že pomôžu kráľovi vo vojenskom ťažení proti Írom, v prípade, že im prizná právo schvaľovať jeho radcov.

Na počiatku roku 1642 kráľ obvinil z velezrady Johna Pyma, a ďalších, ktorých sa na druhý deň pokúsil zatknúť v parlamente. Výbor dolnej snemovne prehlásil tento čin za porušenie základných parlamentných privilégií. Veliteľom ozbrojených oddielov City, ktorý mali chrániť parlament sa stal Philip Skippon. Panovník, vydesený nenávistnými prejavmi Londínčanov, utiekol aj s rodinou do Hampton Courtu. V očiach časti politikov to potvrdilo kráľovu zbabelosť a stalo sa to jedným z rozhodujúcich faktorov, ktoré priviedli Anglicko k občianskej vojne. 5. februára schválili lordi návrh zákona na vylúčenie biskupov, a 10 dní neskôr aj zákon o milíchiach. Oba zákony vyšli bez súhlasu kráľa. Parlament podnikol útok proti biskupom a privlastnil si právo kontrolovať milíciu, čo doteraz náležalo Korune. Na toto právo si ale nárokoval aj kráľ, preto si museli panstvá vybrať či sa pridajú k parlamentu alebo ku Korune.

Vojna propagandistov rýchlo prerástla k ozbrojeným potýčkam a šarvátkam. Obe strany sa snažili ovládnuť miestne sklady zbraní a munície. Vojna oficiálne začala 22. septembra 1642, keď Karol I. slávnostne vyvesil svoju vlajku v Nottinghame. Anglická spoločnosť sa takto rozdelila na dva tábory, roajalistov a parlamentariánov. Panovníka podporovali tí, ktorý sa obávali príliš veľkej moci parlamentu, náboženského radikalizmu a verejných nepokojov. Parlamentariánov zas spojoval strach z absolutistickej vlády, nedôvera ku kráľovi a v niektorých prípadoch aj presvedčenie, že Karol I. sa stal obeťou pápežských intríg či spiknutí. Niektoré panstvá vyhlásili neutralitu a nepriklonili sa ku žiadnej z dvoch bojujúcich strán. Príklon k niektorej strane niekedy závisel aj od toho, ktorá z bojujúcich strán bola práve v blízkosti. So začiatkom vojny sa však objavila aj túha po miery a pre obnovenie predvojnového status quo sa ku koncu roku 1642 ozývali stále častejšie. Prvé vojenské stretnutia sa končili prevažne zmierlivo. Velitelia i radoví vojaci boli doposiaľ veľmi neskúsený. Neschopnosť vyhrať vo veľkom boji dávala značný priestor už zmieňovaným mierovým aktivitám, najmä v snemovni lordov. Dňa 29. októbra lordi vyzvali k okamžitému jednaniu s panovníkom. Poslanci, ktorý sa ocitli pod tlakom City i svojich vidieckych obvodov, súhlasili. O tom, že parlamentariáni boli ochotní ukončiť vojnu svedčí aj fakt, že volanie po mierových rozhovoroch neutíchlo ani keď Karlovo vojsko zahájilo pochod na Londýn. V decembri 1642 sa poslanci s lordmi zhodli na tom, aké mierové návrhy Karlovi predložia. Komisári oboch strán sa stretli 1. januára 1643v Oxforde. Oxfordské rozhovory nakoniec zlyhali. Vtedajšie úspechy roajalistického vojska umožnili kráľovi prerušiť jednania s vodcami Dlhého parlamentu a dúfať vo víťazstvo. Na jar a v lete 1643 sa naviac po prvý krát a na dlhú dobu zdalo, že sa Karlovi podarilo podriadiť svoje vojsko „celoštátnej vojenskej stratégii“, ako by jeho tri armády jednali vo vzájomnej zhode a s dopredu pripraveným plánom. Severná armáda chcela obsadiť Yorkshire a potom prejsť východným anglickom do Sussexu, druhé dve kráľove armády mali postupovať cez juhozápadné panstva na Londýn. Dôležité bolo aj to, že Karlovo vojsko držalo hlavnú armádu parlamentu, uzavretú v údolí Temže. Kráľove vojská ďalej ovládli skoro celé juhozápadné Anglicko. Parlamentné vojská dosiahli len malé úspechy a preto vyzvali kráľa k ďalšiemu kolu mierových rozhovorov.

Karol I. odmietol, lebo mal víťazstvo už na dosah. Všetko nasvedčovalo tomu, že sa kráľ znovu ujme vlády. Koruna by si tak udržala rozhodujúcu moc a pokiaľ by sa poslanci a peerovia postavili proti nej, previnili by sa velezradou. Od polovice roku 1643 dochádzalo v parlamentnom tábore k sporom ohľadne povojnového usporiadania pomerov v krajine. Politické frakcie a zoskupenia sa menili doslova zo dňa na deň. Tri hlavné prúdy ku ktorým sa hlásili, boli tieto: „Mierová strana“, ktorá uprednostňovala obrannú stratégiu, „Vojnová strana“, ktorá mala ofenzívnu taktiku a „Stredná strana“, ktorá sa prikláňa skôr k vojnovej strane. Poslanci potrebovali na vedenie vojny veľa peňazí, preto zaviedli množstvo daní, podobných tým Karla I. ale spravodlivejšie rozdelených. Tieto opatrenia sa ukázali ako veľmi efektívne a parlament tak získal veľký obnos peňazí. Parlament nato zvolil nových veliteľov vojsk. Vďaka dostatku peňazí a oddaným vojakom sa Východná asociácia stala najvýkonnejšou armádou od začiatku vojny.

Parlament uzavrel tzv. Slávnu dohodu so Škótskom, na základe ktorej pomohli škóti parlamentu v boji proti kráľovi. Tak sa zrodila prvá väčšia porážka kráľových vojsk pri Marston Moore. V lete roku 1644 vojna dospela do mŕtveho bodu. Parlamentné vojská začali strácať svoju silu, hlavne kvôli dezercii a zlej morálke vojakov. Dôležité bolo rozhodnutie parlamentu, ktoré zakazovalo jeho predstaviteľom podieľať sa na velení vojsk. Armáda nového typu tak získala profesionálne velenie, bola relatívne jednotná a vojaci boli ideologicky motivovaný. Okrem armády nového typu mali na víťazstvo parlamentu podiel aj ďalšie jednotky. Parlament ovládal bohatšiu časť krajiny než roajalisti a dokázal tieto zdroje využiť. Kráľovská strana mala efektívnejšiu iba propagandu. Hlavný význam na výsledok vojny mala bitka pri Naseby, kde bojovalo 7500 kráľovských vojakov proti 14 000 parlamentných. Definitívne kráľa zlomili pri bitke pri Langporte. Karol I neskôr utiekol z mesta Oxford a vzdal sa v Nottinghamshire škótskej armáde. Skutočnosť že sa vydal radšej Škótom ako vojsku parlamentu, naznačovalo, že konflikt nepovažoval za ukončený.

Osudovým protihráčom v druhej polovici 40 rokov sa stal Oliver Cromwell. V roku 1643 dosiahol Oliver nepatrné víťazstvá, no vďaka parlamentnej tlače mu bolo jeho osobe venované viac priestoru ako iným dôstojníkom. Povesť úspešného veliteľa získal Cromwell v roku 1644, vďaka jeho ďalším úspechom. Cromwell mal veľký vplyv v armáde a v parlamente, preto sa mu podarilo obhájiť sa z velezrady, z ktorej ho obvinili. Bitka u Naseby bola Cromwellovým triumfom.

Po konci vojny nastali rozpory a to hlavne medzi presbyteriánským parlamentom a independentskou armádou. Verejnosť sa prikláňala skôr k presbyteriánskej variante urovnania s kráľom ako k radikálnym požiadavkám independentov. Hlavným dôvodom bolo, že opadli obavy z kráľovského absolutizmu, a ľudí sa báli parlamentu, kvôli vláde, ktorú praktizoval počas vojny. V rokoch 1645 – 48 vypuklo mnoho vojenských vzbúr a aj rabovanie. Po vojne sa zase centra politického života dostali náboženské otázky, ktoré už v minulosti patrili k najcitlivejším problémom Anglicka. Predmetom politického boja sa stala otázka, či majú poslanci právo zasahovať do doktríny a liturgie jednotlivých náboženských obcí. Tieto spory bránili v jednotnom postupe parlamentu pri jednaní s panovníkom. Presbyteriáni sa nevzdávali a chceli postupne demobilizovať armádu. Armáde hrozilo rozpustenie, bez toho aby vojaci dostali svojej dlženej mzdy. Volanie po náboženskej a politickej slobode desilo úrady i poslancov. Poslanci schválili vo februári 1647 návrh, a rozhodli, že dôstojníci sa môžu stať iba prebysteriánmi, ktorý niesu členmi parlamentu. Armáda toto nariadenie odmietla, čo parlament označil za velezradu. Karol I. priznal prebysteriánskej väčšine v dolnej snemovni právo riadiť milíciu a nato sa rozišla s armádou. Zákonodarci rozpustili pešie pluky Armády nového typu. Na to sa celé vojsko stretlo v Holdenby v House. Armáda sa odhodlala k politickej akcii prevažne z vôle mužstva. Georg Joyce zatkol kráľa, čo bola jedna z kľúčových udalostí 40. rokov.