V tomto roku (1843) sa zároveň komplikovala situácia na lýceu. Tlaky na odstránenie Štúra z postu zástupcu prof. Palkoviča silneli a ich vyhrotenie v decembri 1843 malo za následok definitívne pozbavenie Štúra z tejto funkcie. Nepomohli ani študentské petície, ani obrany niektorých profesorov ev. lýcea.
V auguste 1844 sa konalo prvé zhromaždenie Tatrína v Lipt. Sv. Mikuláši, na ktorom sa zúčastnil aj Ľ. Štúr, ktorý bol zvolený za člena predsedníctva spolku. O rok neskôr sa podarilo Štúrovi získať od panovníka povolenie vydávať Slovenské národné noviny s literárnou prílohou Orol tatranský. Noviny vychádzali od 1. augusta 1845. Písané boli v Štúrovej slovenčine a našli si svojich horlivých prívržencov a kvôli forme jazyka aj zarytých nepriateľov. Medzi odporcov sa zaradili nielen poniektorí českí vlastenci, ktorí Štúrovu slovenčinu chápali ako zradu národnej veci a odtrhnutie sa od Čechov, ale aj P. J. Šafárik a najmä Ján Kollár. Oboznamovali s kultúrnou tvorbou Slovanov a prinášali aj aktuálne články o politickej situácii doma i vo svete. Činnosť Štúra a ďalších redaktorov sťažoval cenzor, ktorý svojimi zásahmi okliešťoval články novín.
V roku 1846 vydal spis Nárečie slovenské alebo potreba písania v tomto nárečí, v ktorom obhajoval nevyhnutnosť nového spisovného jazyka a v tom istom roku vyšlo jazykovedné dielo Náuka reči slovenskej, obsahujúce základy novej gramatiky. Na štvrtom zhromaždení Tatrína v auguste 1847 v Čachticiach sa zástupcovia katolíkov a evanjelikov definitívne dohodli na spoločnom používaní nového spisovného jazyka. Ďalšia úprava slovenskej gramatiky, prechod z fonetického princípu na etymologický, bola zavedená reformou Michala M. Hodžu a katolíka Martina Hattalu v r. 1851-52. Takto kodifikovaná slovenčina sa neskôr stala jednotným jazykom Slovákov.
V roku 1847 vstúpil na pôdu Uhorského snemu, ktorý sa konal v Bratislave ako poslanec za slobodné kráľovské mesto Zvolen, aby konkrétnejšie a dôslednejšie obhajoval svoje národné a sociálne postoje. Jeho známym politickým protivníkom bol liberál Lajos Kossuth, s ktorým mal v niektorých sociálnych otázkach zhodné názory, ale v chápaní princípu národnej slobody sa výrazne obchádzali. Snemové obdobie prerušili revolučné dni.
Búrlivé udalosti vo Francúzsku v roku 1848 našli svoju odozvu aj v habsburskej monarchii. Revolúciou získané sociálne práva dávali ľudu väčšiu mieru slobody. V otázke miery nezávislosti Uhorska dávali tušiť komplikácie pre slovenskú stranu. Hrozilo zosilnenie maďarizácie. Preto boli skoncipované Žiadosti slovenského národa, ktoré načrtli možnosť riešenia slovensko - maďarských vzťahov na základe princípu rovnoprávnosti. Zároveň organizoval Štúr zvolanie Slovanského zjazdu do Prahy. Z toho dôvodu vydala maďarská vláda na Štúra zatykač. Napriek perzekúcii sa mu podarilo zúčastniť sa Slovanského zjazdu, na ktorom sa zišli hlavní predstavitelia slovanských národov. Zástupcovia Slovanov sa tu snažili nájsť východisko zo zložitej situácie. Po stroskotaní všetkých zákonných aktivít vymôcť si národné práva od maďarskej vlády, boli Štúr s Hurbanom odhodlaní na boj.
15. - 16. septembra bola vo Viedni utvorená Slovenská národná rada, odmietla poslušnosť maďarskej vláde. Jej politickými členmi boli Ľudovít Štúr, Jozef Miloslav Hurban a Michal Miloslav Hodža. SNR vyzvala v septembri 1848 Slovákov do ozbrojeného povstania za vydobytie si svojich národných a sociálnych práv.Po neúspechu výpravy v roku 1849 a po opätovnom sklamaní z reakcie cisárskeho dvora, ktorý Slovákom sľuboval podporu za boj proti maďarským radikálom, sa Štúr ocitol v nepriaznivej situácii. Žiadosť o povolenie vydávať slovenské politické noviny (Slovenské národné noviny zanikli v revolučných dňoch) a pokus získať oficiálne povolenie Tatrína, stroskotali. Štúr v tomto období pracoval na spise Slovanstvo a svet budúcnosti.
Rok 1851 otvoril sériu osobných tragédií Ľ. Štúra, pretože v januári mu zomrel brat Karol (kňaz a učiteľ v Modre) a o pol roka neskôr jeho otec. Naďalej bol tvorivo činný, hoci jeho život znepríjemňovala a sťažovala polícia. V roku 1853 zomrela vo Viedni jeho duchovná priateľka Adela Ostrolúcka a v Trenčíne jeho matka. V tomto období končí aj Štúrova životná púť. Na poľovačke v decembri 1855 sa pri pokuse o preskočenie potoka neďaleko Modry nešťastne postrelil. Zomrel 12. januára 1856 v Modre ako štyridsaťročný.
Básne Ľudovíta Štúra:
K lipe (báseň na symbol Slovanov)
Ku Křiváni (na pamiatku výstupu na Kriváň 16. augusta 1841)
Nitra mila, Nitra
Darmo dokola tekáte (báseň napísaná po smrti brata Karola)
Pred bránou mesta stojí chrám (báseň napísaná po smrti brata Karola)
Duchy otcov, preč letíte (báseň napísaná po smrti otca)
Majže sa dobre, kraj (báseň o rodnom kraji)
A. O. (báseň venovaná pamiatke Adely Ostrolúckej)
Na matkinej mohyle (báseň napísaná po smrti matky)
Maj sa dobre, dom (báseň na rodný dom)
Pri pomníku J. Hollého (báseň sa spievala pri odhalení pomníka na Dobrej Vode)
Děvín, milý Děvín
Nestoru slovenskému Jiřímu Palkovičovi
Pomněnky z Děvína
Žel nad Puškinem
Toužba (báseň venovaná Márii Pospíšilovej)
Rozžehnání (báseň na rozlúčku Márii Pospíšilovej)
Uvítanie (Štúrov návrat z Halle)
Óda na Zobor
