V 60. a 70. rokoch boli Spojené štáty americké i naďalej v ostrom konflikte s komunistickými krajinami. Väčšina amerických vodcov v tomto období sa dívala na svet zo zorného uhla studenej vojny a snažila sa čeliť tomu, čo chápali ako hrozbu Sovietskeho bloku. Za Kennedyho vlády sa stala bojiskom Kuba. Vydieranie a hrozba použitia jadrových zbraní sa stali nebezpečnou hrou s ohňom. Svet si to jasne uvedomil v októbri 1962 – počas krízy, ktorú vyvolalo rozmiestnenie sovietskych jadrových rakiet stredného doletu na Kube. Chruščov sa rozhodol umiestniť ich na Kubu najmä preto, aby posilnil slabšie postavenie Moskvy v kategórii jadrových zbraní voči Washingtonu.

Od roku 1959, keď sa vlády zmocnila revolučná armáda Fidela Castra a získala podporu ZSSR, boli vzťahy s Kubou napäté. Spojené štáty s ňou prerušili diplomatické styky tesne pred nástupom Kennedyho do prezidentského úradu. V nasledujúcom roku, v snahe získať stratenú prestíž, zaujal Kennedy nekompromisné stanovisko, keď sa dozvedel, že Sovietsky zväz na Kube, ktorá leží od pobrežia Floridy len 150 km, začal umiestňovať rakety typu SS-4 s doletom 1900km, ktoré by zasiahli ciele v rovnakej vzdialenosti ako je Washington. Typ SS-5 má ešte dlhší dolet, takže by pokryl väčšiu časť Spojených štátov. (SS-4 resp. SS-5 sú skratky používané NATO na označenie rakiet zem-zem, čiže surface to surface).

Fjodor Burlackij – v tom čase jeden z Chruščovových poradcov, hovorí: „ Po kubánskej kríze s raketami som upravoval Chruščovov list Fidelovi Castrovi. Vysvetľoval mu, prečo sa rozhodol umiestniť na Kube rakety. Písal v ňom: "Boli sme s ministrom obrany maršalom Malinovským v bulharskej Varne. Kráčali sme po pobreží Čierneho mora a maršal Malinovskij mi povedal: "Pozrite sa, tam na druhej strane Čierneho mora, v Turecku, sú americké jadrové rakety, ktoré môžu za šesť minút zničiť všetky mestá na juhu ZSSR. To je strašné. A potom" - pokračoval Chruščov, "som sa Malinovského opýtal, prečo nemôžeme urobiť to isté, čo Spojené štáty? Prečo nemôžeme umiestniť naše zbrane, napríklad na Kubu?" Malinovskij povedal: "Možno je to dobrá myšlienka."

Na rozmiestnenie rakiet na Kube bol aj ďalší dôvod. V roku 1961 sa ozbrojení kubánski proticastrovkí emigranti podporovaní CIA neúspešne vylodili na Kube v nádeji, že vyvolajú povstanie proti režimu. Invázia však bola porazená a incident v Bay of Pigs(Zálive svíň) potvrdil najhoršie obavy Fidela Castra zo zámerov Washingtonu voči jeho režimu. Chruščov využil situáciu, ktorá sa mu ponúkala a obratom oznámil Castrovi, že Sovietsky zväz je ochotný ochrániť Kubu všetkými možnými prostriedkami, dokonca aj rozmiestnením jadrových rakiet nasmerovaných na Spojené štáty. Castro však pochopil, že je to len ďalší krok ZSSR v boji proti americkému imperializmu a kubánskej revolúcii to aj tak nepomôže, ale súhlasil s tým, že Kuba podstúpi to riziko, spôsobené prítomnosťou jadrových zbraní.

Všetky prípravy a aj transport zbraní a vojakov na Kubu bol prísne tajný. Sovietski vojaci prišli na Kubu oblečení ako obyčajní turisti na výletných lodiach. Po príchode dostali kubánske vojenské uniformy. Vojenské zariadenia sa vykladali pod rúškom tmy. Všetko, čo sa muselo prepravovať na palube, bolo prikryté nepremokavými plachtami a jadrové bojové hlavice boli obložené olovom, aby sa predišlo detekcii rádioaktívneho žiarenia. Utajenie bol výslovným želaním Chruščova. Chcel totiž Kennedyho vládu postaviť pred fait accompli (hotovú vec) a oznámiť jej, že sa skončilo rozmiestnenie rakiet stredného doletu. Washington, taký istý tým, že Sovieti by neboli schopní rozmiestniť jadrové zbrane na inom nieste ako v ZSSR, brali chýry o tajnom zbrojení na Kube na ľahkú váhu. To sa im takmer nevyplatilo a až na opakované naliehanie vtedajšieho riaditeľa CIA, Johna McCona, sa zistila na Kube prítomnosť jadrových rakiet stredného doletu.

Keď sa to dozvedel Kennedy, okamžite zvolal schôdzu vojenských a občianskych činiteľov. Skupina týchto ľudí sa stala známa pod názvom ExComm – Výkonný výbor Rady bezpečnosti štátu. Bez prestávky mala zasadať počas 13 dní trvajúcej krízy. ExComm mal na výber tri možnosti. Prvá – nič nerobiť, bola, vzhľadom na Kennedyho varovanie Moskvy, že akákoľvek udalosť takéhoto druhu by mohla mať tie najvážnejšie následky, nemysliteľná. Ďalšou možnosťou bolo – zaviesť námornú blokádu Kuby a zabrániť tak úplnému rozmiestneniu sovietskych rakiet, hoci v tom čase Spojené štáty nemali istotu, či sa na Kubu dopravili jadrové hlavice pre tieto rakety. (V skutočnosti ich na Kubu dopravili na lodiach ešte pred uvalením embarga a bolo ich možné, ak by prišiel príkaz z Moskvy, odpáliť za niekoľko hodín.) Tretia možnosť ponúkala – letecký útok na raketové základne. Po tejto operácii by pravdepodobne nasledovala rozsiahla invázia.