Zvláštnu a zároveň najväčšiu skupinu obetí civilného obyvateľstva z okupovaných území tvoria obete holokaustu. (Tragickou výnimkou je Slovensko, ktoré realizovalo deportácie svojho obyvateľstva do vyhladzovacích koncentračných táborov ako jediná neokupovaná krajina)

(holokaust = z gréckeho slova holokaustum – zápalná obeť; úplné vyhladenie, zlikvidovanie)

Úbohá teória o tzv. „árijskej rase nadľudí“ a šialené teórie o nevyhnutnosti likvidácie „menejcenných“ bytostí viedli k hromadnému vyvražďovaniu, aké nemalo v dejinách ľudstva (ba ani v dejinách vojen) obdoby. Vo vyhladzovacích koncentračných táboroch boli mučené, podrobované neľudským pokusom a doslova priemyselne zabíjané, milióny ľudí.

Holokaust môžeme rozdeliť na rasový, etnický a sociálny. Podľa tohto kľúča boli na „konečné riešenie“ určení Slovania, Rómovia (ako menejcenné rasy), homosexuáli, ale aj telesne či duševne postihnutí ľudia a samozrejme Židia (tí podľa nacistickej ideológie boli hlavným nepriateľom Tretej ríše a počas holokaustu ich zahynulo 6 000 000!)

K civilným obetiam však prichádzalo aj na neokupovaných územiach. Najväčšie počty zaznamenal v tomto období Londýn (a predovšetkým Coventry). Letecká bitka o Britániu znamenala i mesiace trvajúce bombardovanie. Práve zameranie sa nemeckej „Luftwaffe“ na civilné ciele znamenalo síce na jednej strane strategickú výhodu pre ťažko skúšanú RAF, ale na strane druhej aj tragické následky pre obyvateľov hlavného mesta Veľkej Británie.

Prvé obete z radov civilného obyvateľstva zaznamenalo aj Nemecko, ktoré práve ako odvetu z britskej strany malo zažiť prvé nočné bombardovanie svojich miest.