Nástupcom Mojmíra I. od roku 846 sa stal knieža Rastislav. Na Veľkej Morave šírili kresťanstvo hlavne franský kňazi, čím upevňovali vplyv svojho panovníka. Rastislav si uvedomil význam vlastnej cirkevnej organizácie a preto sa obrátil na byzantského cisára Michala III., aby mu poskytol misionárov. Roku 863 prišli na Veľkú Moravu vzdelaní byzantskí (grécki) misionári brati Konštantín (Cyril) a Metod. Oni priniesli zo svojej vlasti dvojkríž, ktorý sa stal symbolom Slovenska (a dnes je súčasťou slovenského štátneho znaku). Konštantín vytvoril pre starých Slovákov písmo hlaholiku a spolu s Metodom preložil do staroslovienčiny Bibliu a rôzne iné náboženske texty. Ako úvod k prekladu evanjelií napísal konštantín báseň Proglas, ktorý vyzdvihuje význam domáceho slovienskeho jazyka kresťanskej liturgii. Rastislav umožnil vytvoriť cirkevnú školu vychovávajúcu domácich kňazov a neskoršie aj panonský knieža Koceľ žiadal Metoda aby výškolil 50 slovienskych kňazov pre jeho krajinu. Činnosť Konštantína a Metoda prekážala franským kňazom. Bratia sa museli obhájit v roku 867 v Ríme u pápeža Hadrijana II. Ten slovenskú liturgiu schválil. Konštantín kvôli svojej chorobe musel zostať v Ríme. Vstúpil do kláštora pod menom Cyril a onedlho zomrel. Pápež vymenoval Metoda za arcibiskupa Vrľkej Moravy a Panónie. Napriek tomu musel Metod o svoje učenie zápasiť s Frankami ktorý ho dokonca zajali a zavreli do väzenia. Prepustili ho až na príkaz pápeža po troch rokoch. Rastislavov synovec Svätopluk ťažko znášal vládu svojho strýka.V roku 870 využil boje medzi Rastislavom a Frankami a strýka zradil. Frankovia Rastislava oslepili a uväznili. Neverili však ani Svätoplukovi a preto aj jeho zajali.Roku 871 vypuklo na Veľkej Morave povstanie, ktoré viedol kňaz Slavomír. Svätopluk sa ponúkol Frankom, že im pomôže poraziť Slovákov. Avšak na základe dohody so Slavomírom obrátil sa proti Frankom a ich vojsko zničil. Po tomto víťazstve sa stal Svätopluk samostatným kráľom Veľkej Moravy. Svätopluk bol veľmi silným panovníkom, ktorý rozšíril Veľkú Moravu a rozsiahle územia (medzi inými i o čechy, Lužické Srbsko, časť Poľska), na juhovýchode až po hranice bulharskej ríše. Svätopluk nemal dobré vzťahy s Metodom, naopak podporoval východofranských kňazov. Za jeho vlády sa Metod musel znova obhajovať v Ríme. Pápež Ján VIII. zas sloviensku liturgiu schválil. Keď arcibiskup Metod roku 885 zomrel, jeho nástupcom sa stal slovák Gorazd. Slovienski kňazi však museli na príkaz Svätopluka opustiť krajinu.