Po katastrofalnej porážke uhorského vojska 1526 pri Mohači dostalo sa Slovensko do nebezpečného susedstva Tirkov. Novým kráľom sa stal Ferdinand Habsburský. Časť uhorskej šľachty zas povolala na trón Jána Zápoľského. Ich nepriateľstvo prinášalo veľké škody v dobe neustálych tureckých útokov. Ferdinand sa ukázal ako silnejší panovník a Zápoľskému zostalo Sedmohradsko kde vládol ako turecký vazal. Slovensko (eko časť Uhorska) sa tak od vlády Ferdinanda I. stalo súčasťou habsburskej ríše. Turci sa síce zastavili na Južnom Slovensku ale často podnikali divé nájazdy, lúpili a získávali otrokov
Ich útoky neboli však jediným nešťastíjm. Z obyvateľstvom kruto zaobchádzali aj cisársky žoldnieri a vojaci rôznych uhorských šľachticov. Takmer 150 rokov trvalo nebezpečné turecké susedstvo. Turci dokázali podniknúť nájazdy aj do hĺbky slovenského územia do Bánskej Bystrici. Turecká okupácia vlastného Uhorska spôsobila že na Slovensko utiekla značná časť maďarskej šľachty a poddaného ľudu. Šľachta sa snažila preniknúť hlavne do miest. Ľud sa usadzoval hlavne na Južnom Slovensku a odvtedy v niektorých oblastiach maďarské obyvateľstvo početne prevláda nad slovenským. Od tejto doby možno pozorovať u slovenskej drobnej šľachty zemianstva tzv. hungarizáciu (pomaďarčovanie). Pretože Ferdinand I. a jeho nástupcovia boli nie len uhorskými ale i českými kráľmi, Slovensko oddelené od ostatných častí Uhorska dostalo sa pod vládu spoločných panovníkov do užšieho styku s českými krajinami. Od prelomu 14 a 15 storočia bol spisovný jazyk Slovákov čeština, a úzky styk s Čechami a Moravou umožnil priame a rýchlejšie šírenie českých kníh na Slovensku. V 16 storočí sa Slovensko stalo jednou z najdôležitejších križovatiek Európy. Súviselo to z bojom proti Turkom, prenikaním reformácie a nových myšlienkových prúdov. Reformácia umožnila vznik vlastnej inteligencie z vedúcimi osobnosťami. Vzniklo mnoho stredných škôl a mnohé tlačiarne. Slovenské mestá mali živé styky s poľskými a nemeckými mestami. Európsku úroveň dosahovala architektúra, maliarstvo, sochárstvo a literatúra. Z tochto obdobia je viacero dôkazov, že Slovensko chápu príslušníci iných národov ako osobitnú etnickú jednotku, napr. Česi a Moravania píšu o „Slovenské zemy“, Nemci o „Slowakisches Land“, a Turci ako o (Tot vilajet).