Karel dal také pokyn k tažení na pomoc dauphinu Karlovi proti povstání Etiena Marcela, které vzplanulo na jaře 1358 a před nímž následník musel uprchnout z Paříže. 4. září 1358 se Karel IV. náhle vrací do Prahy a odtud zamířil na Karlštejn, důvod spočíval v nečekaném vážném onemocnění. Počátkem listopadu 1358 se císař mohl vydat do Vratislavi. Návštěvy využil Karel k těsnějšímu připoutání některých slezských zemí ke Koruně. V listině ze 14. února 1359 také nově upravil vztahy mezi oběma lucemburskými větvemi. 22. února 1359 se císař s císařovnou vrací do Prahy. Zdržel se tam jen krátce. Volaly jej nepokoje, jež se šířily v říši při vybírání příspěvku na obnovu církevního státu. Karel IV. proto obeslal kurfiřty do Mohuče, sám se tam dostavil v polovině března 1359. Z Mohuče odcestoval, doprovázen kurfiřty, do Cách (do města odjel 20. března 1359). Karel se potom vrátil do Norimberku, strávil zde velikonoční svátky a v prvních květnových dnech 1359 se objevil už v Praze. zde na něj čekal Rudolf se svými požadavky a dožadoval se jeho podpory. Tchán a zeť se rozešli ve zlém, což bylo počátkem velkých komplikací. Důležité bylo pro Karla udržel si na své straně braniborské Wittelsbachy, stalo se tak počátkem ledna 1360 za pobytu bratrů Ludvíka Římana a Oty v Praze. všechna opatření přesvědčila Rudolfa IV. o tom, že pouštět se s tchánem do zápasu nebude snadné. Zřejmě on sjednal Karlovi schůzku s uherských králem v Trnavě 15. května 1360, která měla přinést uklidnění. Koncem května 1360 se Karel vrátil do Prahy a hned konal přípravy k odjezdu do říše. 16. června 1360 odjezd s císařovnou do Norimberku. 28. srpna 1360 je počátek války s wuntterberskými hrabaty, ta 31. prosince 1360 kapitulovala a vydala se na milost a nemilost císaře. Pohroma hrabat odhalila velezrádný charakter Rudolfových piklů, ten byl nucen sám se dostavit do vojenského ležení a žádat o milost. Rudolfovo pokání bylo jen zdánlivé. Vyvolal Karlův nový hněv, a Karel jej obeslal na říšský sněm do Norimberku. Rudolf se nedostavil. Na sněmu svolaném na jaro 1361 měl být proto postaven před soud. Mezitím však došlo k epochální události Karlovy dynastické politiky, počátkem února 1361 byly v Uherském Hradišti ratifikovány svatební úmluvy mezi synem Jana Jindřicha Joštem a Ludvíkovou neteří Alžbětou. 26. února 1361 však Karla zastihla radostnější událost, v Norimberku se mu narodil syn, jemuž bylo při křtu, posunutém až na 11. dubna 1361, dáno jméno Václav. Říšský sněm se kromě řízení s Rudolfem, který se opět nedostavil, zabýval i obranou západní hranice říše proti žoldnéřským bandám. 17. května se Karl vrátil zpět do Prahy. 14.