Chcela by som zdôrazniť, že tu sa nachádza prvý doložený fakt, kedy sa Francisci stavia proti Štúrovi. Dokonca vzburu sám vedie. Viac nám povie Francisciho list napísaný Škultétymu: „Hodža nic jiného nebyl, nežli nástroj Štúrov, jenž si skrze něho cestu připravil...Ústav žádné panovitosti nestrpí a nebude trpěti...“

Zdá sa mi veľmi zaujímavé, že to neoslabilo Francisciho úsilie pomáhať Štúrovi pri presadzovaní myšlienky slovenského jazyka, ale že aj naďalej zostáva pravou rukou Štúra. Len čo sa Ľudovít Štúr vrátil z Hale, Ján Francisci sa v inom liste sa zmieňuje o pomaďarčení nositeľov slovenskej idey a uhorských Slovanov. Ideový boj sa začal. Žiť alebo zaniknúť. To sú práve tie skutočné alternatívy, ktoré si uvedomovali Francisci aj Štúr.

V rokoch 1840-42 Francisci vykonáva na Ústave funkciu mladšieho knihovníka. V rokoch 1842 - 43 bol zapisovateľom. Z dostupných materiálov sa dozvedáme, že si bratislavskí učenci zriadili zvláštne jazykové oddelenia, nielen pre jazyky slovanské, ale aj pre gréčtinu, ktorú vyučoval Francisci. V roku 1842 superintendant Pavol Jozeffy podal slovenský prestolný prosbopis panovníkovi, v ktorom ho Slováci prosili o ochranu pred maďarizáciou. Žiadali v ňom:

- vymenovať dvoch cenzorov pre slovenské spisy
- vytlačiť obranné spisy Slovákov
- zriadiť Stolicu slovenskej reč i a literatúry v Bratislave
- zriadiť stolicu pre slovenskú reč a literatúru na Peštianskej univerzite
- zachovať reč latinskú pre matriky a cirkevné zápisnice
- povoliť konanie niektorých bohoslužieb v materinskom jazyku

Sám Francisci si spomína vo svojom Vlastnom životopise: „Totižto v roku 1942 blahej pamäti superintendant Pavol Jozeffy odhodlal sa na čele vyslanectva...ísť do Viedne ku kráľovi a ku vláde s ponosami národa slovenského. A s prosbou o ochranu a odpomoženie...“

Úmerne k naliehavosti jazykovej otázky Ľ. Štúr hľadal intenzívnejšie spojencov a snažil sa zjednotiť všetky vrstvy na Slovensku. Štúr mal výhrady voči vysokej šľachte. Neočakával od nej nič pre slovenský národný život. Bol skeptický aj voči zemianstvu. Štúrova snaha bola upriamená na meštianstvo, duchovenstvo a učiteľstvo. Tieto vrstvy boli predmetom Štúrovho záujmu, na nich si zakladal a hľadal pomoc pri nastávajúcom boji o slovenčinu. Viedli ho k tomu sociálno-ekonomické príčiny.

Už koncom roka 1842 sa v Ústave objavujú na zasadnutiach práce písané slovenčinou. Študenti si vydávajú Prostonárodní zábavník, ktorý rediguje Ján Francisci.
V tomto období je v Ústave veľmi silne pociťovaná potreba používania slovenského jazyka ako komunikačného prostriedku Slovákov. V čom sú príčiny toho, že Slováci začali pociťovať češtinu ako cudziu, ako niečo neprirodzené a nie im vlastné? Slováci vnášali do češtiny pod vplyvom svojho regionálneho prostredia čoraz viac a viac slovenských prvkov. Toto im Česi vyčítali. Pre nedostatok kontaktov s českými obyvateľmi, sa čeština používaná na slovenskom území zarchaizovala (napríklad archaického Tyla nenahradil moderný Mácha). K rozluke prispeli aj politické nezhody a odlišný pohľad na svet. V Čechách bol už v tejto dobe boj o svojbytnosť českého národa ak nie vybojovaný, tak už rozhodnutý v jeho prospech. Na svornosti nepridala ani filozofická orientácia oboch národov. Česi sa upriamovali na Západ, zatiaľ čo Slováci na Východ. Zatiaľ čo heslom Západu bolo: Krásne žiť!, heslom slovanským a slovenského romantizmu: Žiť národu!

Francisci sa podobne ako Štúr postavil proti Kollárovmu čechoslovakizmu. Franciscimu išlo najmä o osobitnosť slovenského národa. Prvoradým cieľom bolo to, aby bernolákovci opustili svoju doterajšiu spisovnú normu a prijali uzákonenie stredoslovenskej slovenčiny ako jednotného spisovného jazyka Slovákov. Štúr a Francisci sa preto usilovali spojiť čo najužšie so Slovenskou katolíckou mládežou študujúcou v Banskej Bystrici, Pešti, Trnave, Nitre a vo Viedni. Štúr považoval za potrebné o takejto významnej veci, ako je uzákonenie spisovnej slovenčiny hovoriť osobne s Hollým. Z tohoto dôvodu Štúr, Hurban, Hodža v dňoch 11.-16. júla 1843 navštívili Hollého na Dobrej Vode.

Z toho vyplýva, že aj mladý katolícky dorast si uvedomoval nevyhnutnosť úzkej spolupráce s evanjelickou časťou slovenskej inteligencie. Almanach Nitra sa nakoniec prepísal z češtiny do slovenčiny. Na redigovaní sa zúčastnil aj Ján Francisci. Ďalším prepísaným textom z češtiny do slovenčiny bol Trnavský almanach „Spisi mladých knězov králevstvi Uherského.“

Evanjelici a katolíci sa zhodli v dvoch najhlavnejších a najdôležitejších myšlienkach:

-slovenská národná osobitosť
-slovenčina ako jednotný spisovný jazyk Slovákov.

Členovia bratislavského Ústavu na čele so Štúrom urobili významný krok a povýšili stredoslovenskú slovenčinu na spisovný jazyk Slovákov. Podľa S. B. Hroboňa je „den skrísenia slovenčiny“ 14. február 1843, keď sa o tom dohodli Štúr, Francisci, Vozár, Kalinčiak...

Keď almanach Nitra v roku 1844 vyšiel v slovenčine, programovo sa v ňom hovorilo toto: “Slováci ale, ktorí slovenskie spôsobi, formi úlubi, reči a zvyki len za sedliacke držja, ktorí nemajú dúveri k ľudu nášmu, bohato síce obdaruvaniemu, ale zanedbaniemu, ktorí Slovák iba ako sitár, čipkár, drotár...prichodí, Slováci takíto nás súdom svojej neslovenskej vicebrenosťi tješ súdiť a odsudzovať budú. Tímto bratom našim len to odpovieme, že mi ľud náš Slovenskí aj pre tie samje, víš doloženje remeslá a malokramárstva ctíme a milujeme...“

Na sklonku roka 1843 Konvent pozbavil Štúra profesúry a zakázal mu prednášať. Týmto bolo národné hnutie zasiahnuté na tom najcitlivejšom mieste. Stalo sa to práve pred zakončením počiatočnej fázy realizácie slovenskej osobitnosti. Preto bolo dôležité vybudovať novú organizáciu, hľadať náhradu za stratený Ústav. Hlavná časť bratislavských študentov odchádza na protest proti zásahu Konventu do Levoče. Hneď na začiatku roka 1844 sa niektorí slovenskí vzdelanci usilovali ohrozenú bratislavskú Katedru preniesť na iné lýceum a vybudovať pri ňom náhradu za bratislavský Ústav. Boli to najmä Štúr a Francisci, ktorí upierali svoj pohľad k Modre a potom k Levoči. Podľa ich plánu sa tu mala založiť Katedra slovenskej reči a literatúry s miestom profesora, na ktoré ašpiroval Francisci.

Hodža, Hurban a Francisci navštívili ešte toho leta profesora Hlaváčka v Levoči, aby s ním dohovorili prijatie Francisciho za Hlaváčovho námestníka. Francisci začal prednášať od septembra 1844 pravidlá slovenskej reči a dejiny československej literatúry a viedol aj praktické cvičenia. Ale už po Vianociach 1844 mu to Konvent a cirkevná vrchnosť zakázali.

Tu by som chcela podotknúť, že Ján Francisci sa nedal odradiť. Aby sa v Levoči udržal, dohodol sa so slovenskými poslucháčmi lýcea, že bude robiť súkromného učiteľa. Pomohla mu aj finančná podpora (54 zlatých) spolku Tatrína založeného v dňoch 26.-28. augusta 1844. Ján Francisci zrušil pomenovanie Ústavu a vytvoril Jednotu mládeže slovenskej, ktorá začala svoju činnosť dňa 15.2.1845.

Na rozdiel od bratislavskému Ústavu, ktorý bol až do svojho zániku vedený v českom jazyku, v Jednote sa cvičili členovia uvedomele v slovenčine. Prijali za úradný a literárny jazyk Štúrovu slovenčinu. Prednášalo sa podľa Štúrových rukopisov, ktoré si priniesol z Bratislavy do Levoče. Aj Ján Francisci mal podobný rukopis Štúrových prednášok. Literárna náplň levočskej Jednoty bola všestranná a bohatá. Levočania si vydávali svoje písané zábavníky: Holubica I.(1846-47), Živuot I.(1846-47), Živuot II., Považja(1847-48). Náplň týchto zábavníkov pozostávala zo zbierania ľudových rozprávok, národných piesní, prísloví a porekadiel. Hojne boli zapisované rozprávky od Jána Francisciho.

Levočská Jednota vďaka mimoriadnemu organizačnému talentu Francisciho a vďaka jeho veľkej snahe a iniciatíve, vyvíjala najintenzívnejšiu činnosť, ktorá zasahovala najširšie pole pôsobnosti. Ján Francisci skutočne dokázal stmeliť všetkých členov, ukázal im cestu vyvíjania sa, ale predovšetkým ich dokázal nadchnúť, čo nie je málo. Zapálil v nich oheň národného uvedomenia, ktorým sám horel. Svojimi prejavmi dokázal mládež získať pre myšlienku osobitnej svojbytnosti. Známa je Francisciho reč na Kole z 25. apríla 1845. „Kto je hrdina?“, pýta sa Francisci,“Ten, ktorý sa slobodne k viveďeňiu krásnej mišljenki a velkjemu skutku odhodlá, ktorí sa dobrovoľňe k dobru národa svojho posvetí...Vi ste sa tješ sem nezišli na rozkaz dákeho zákona, nevstúpili ste do spolku tohoto s povinnosti alebo násilím...ale každí dobrovoľňe... preto je z Vás každí mužní, vitrvalí a neohrožení mládenec, opravdiví hrdina veku nášho, veku Slovanskjeho...“ Ešte viac zaujímavý je koniec tohto prejavu, v ktorom Francisciho po prvý krát predpovedá budúcnosť slovenského národa.

Takmer paralelne s Jednotou začal vyvíjať svoju národnobuditeľskú činnosť Tatrín. Štúr do popredia stavia Hodžu, lebo on sám sa zatiaľ neodvážil angažovať. Tatrín si predsavzal vydávanie kníh a podporovanie Jána Francisciho, Bohúňa a i. Mali sa zbierať slovenské starožitnosti a pamiatky. Tatrín sa snažil udržiavať spojenie s Jednotou. Toto spojenie sa uskutočňovalo najmä prostredníctvom osoby Jána Francisciho.

V roku 1845 Hodža (predseda Tatrína) pozval Jednotu na tatrínske zhromaždenie do Liptovského Mikuláša. Franciscimu a levočskej Jednote sa podarila úzka spolupráca s jednotami v Prešporku, Kežmarku, Banskej Štiavnici, Bratislave. Týmto sa podarilo vytvoriť pevnú, po organizačnej stránke dobre centralisticky orientovanú študentskú organizáciu.

Povedala by som, že nová Francisciho orientácia na tie najbiednejšie masy ľudu znižuje počet kontaktov so Štúrom a ich vzťah sa zhoršuje. Francisci vyčíta Štúrovi separatizmus bratislavskej mládeže od ostatných študentov. Francisciho novú orientáciu ilustruje napríklad aj list Škultétymu: „Pomali sa naučíme všade a naraz a jednako hýbať...“ Franciscimu predovšetkým záležalo na Jednote, pevnej línii a jednoliatosti hnutia.

Po odchode Francisciho z Levoče do Bratislavy hnutie jednôt upadá. Napríklad v Kežmarku Jednota zanikla, v Prešove sa ju snažili obnoviť, ale bezúspešne. Francisci sa vzdal svojho úradu v jednotách a za svojho nástupcu si zvolil Petra Hostinského. Popri Jednotách boli zakladané Spolky miernosti. V Levoči vznikol prvý spolok už v roku 1845. Práve cez Spolky miernosti sa z podnetu Francisciho uskutočnilo zblíženie s katolíckou stranou.