Narodil sa v Hnúšti (Gemersko-Malohontskej stolici) 1. júna 1822 v remeselníckej rodine. Prímenie Rimavský si zvolil podľa hontianskej riečky Rimavy, a to ako študent levočského lýcea v roku 1840. Toto prímenie malo vyjadrovať jeho literárne ambície, ale možno ho chápať aj ako snahu o poslovenčenie svojho rodového mena, ktorého latinská podoba (v preklade syn, resp. potomok Františka) pochádzala ešte z čias, keď na Slovensku bolo zvykom polatinčovať mená.

Ak prihliadneme na to, že rod Francisciovcov bol naskrze plebejský, toto polatinčenie mena mohlo prezrádzať aj aristokratické tendencie tejto rodiny. Tento predpoklad dosvedčujú podnikateľské ambície jeho predkov a snaha vykúpiť sa z poddanstva, čo sa podarilo starým rodičom Jána Francisciho za 500 zlatých v striebre.

Školskú dochádzku začal v roku 1827 ako päťročný vo svojom rodisku a o tri roky prešiel do maďarskej evanjelickej senionárnej školy v Ožďanoch. Bola to škola, ktorá, ako o tom píše vo svojom Vlastnom životopise, bola hotovou mučiarňou, najmä pre slovenských chlapcov, ktorí dostávali trest i za to, že sa medzi sebou zhovárali po slovensky.

„Maďarčenie bolo medzi žiakmi tuho zavedené, čoho by ani veľká potreba nebola bývala, keď obyvateľstvo dediny bolo číro-čisto maďarské a v škole učenie tiež také. Naskrze nebolo slobodno chlapcom ani medzi sebou, ani s nikým iným inak prehovoriť, len po maďarsky. Kto bol postihnutý inak ako po maďarsky prehovoriť, dostal korbáčom.“

V roku 1834 Ján Francisci odišiel študovať na lýceum do Levoče, kde sa mal naučiť nemecký jazyk. Tu prijal, medzi študentmi, meno Vrastislav ku svojmu krstnému menu. Z profesorov na lýceu najviac vynikal Michal Hlaváček, ktorý bol zároveň aj evanjelickým farárom v Levoči. Mladý Ján Francisci skončil kurz filozofie a v roku 1839 odišiel na ďalšie štúdium do Bratislavy, kde sa stretol s Jozefom Miloslavom Hurbanom a Jánom Kalinčiakom. Zo slovenských profesorov na bratislavskom lýceu pôsobil v tom čase August Horislav Škultéty. Ján Francisci sa stretáva s Ľudovítom Štúrom, pri ktorom neskôr zostáva.

Keď Ľudovíta Štúra maďarské úrady na podnet Lajosa Kossutha pozbavili katedry, trinásť slovenských študentov odišlo na protest na štúdium do Levoče. Tento odchod študentov organizoval Ján Francisci, ktorý im dal na cestu 80 zlatých. V Levoči sám neskôr pôsobil od mája 1844 do septembra 1846.

V roku 1844 Ján Francisci výrazne vstúpil do slovenského národného života, prihlásiac sa k štúrovskej spisovnej slovenčine, v ktorej uverejnil i svoju báseň Vrstovníkom na pamiatku. Bola to prvá tlačená báseň v štúrovskej slovenčine, ktorú podporil i ďalšou básňou Ohlas, ako aj povesťou Janko Podhradský. Obidve vyšli v Hurbanovom almanachu Nitra II v roku 1844. Francisci bol dôsledným zástancom štúrovskej slovenčiny, a to aj v čase, keď ostatní jej prívrženci upadli do malomyseľnosti, ktorú neskôr znásobilo násilné zatvorenie Matice slovenskej. Bol nielen dôsledným zástancom štúrovskej slovenčiny, ale aj jej fonetického či fonologického princípu, ktorý - ako je známe - odstránila hodžovsko-hattalovská úprava.

Rok 1844 sa vyznačoval mimoriadnou aktivitou Jána Francisciho. V Liptovskom Mikuláši sa zúčastnil na zasadnutí spolku Tatrín, nadviazal kontakty s Jankom Kráľom, J. M. Hurbanom a ďalšími štúrovcami. Svoje vodcovské ambície, v ktorých čiastočne súperil s Ľudovítom Štúrom, sa usiloval uplatniť aj ako profesor na lýceu v Levoči, kde sa v roku 1844 na krátky čas stal námestníkom profesora Hlaváčka. Na tomto poste síce dlho nepobudol, ale snahu viesť slovenskú mládež napokon uplatnil založením Jednoty mládeže slovenskej v roku 1845, ktorá sa stala literárnym a kultúrno-vzdelávacím spolkom slovenskej mládeže. Zavádza hranie divadelných hier. Zároveň vydáva i prvý zväzok Slovenských povestí, ktoré začal zbierať na podnet profesora Samuela Reussa.

Na jeseň v roku 1846 Ján Francisci odišiel do Prešova na štúdium práva, ktoré ukončil v roku 1847. V tomto roku sa zúčastnil na významnom štvrtom zasadnutí spolku Tatrín. Bol to už predvečer revolúcie, do ktorej Ján Francisci vložil všetok svoj elán revolucionára, stratégiu a taktiku politika.

V roku 1848 sa stáva spoluautorom Žiadostí slovenského národa, organizuje slovenské povstanie a stáva sa kapitánom slovenských dobrovoľníkov. Za túto činnosť bol odsúdený na smrť spolu so Štefanom Markom Daxnerom a Michalom Miloslavom Bakulínym, a len rozhorčené davy ľudí zabránili vykonaniu popravy. Namiesto trestu smrti ho však odsúdili na tri roky väzenia. No víťazstvo Viedne nad odbojnou Pešťou znamenalo pre Jána Francisciho slobodu, bohužiaľ nie pre slovenský národ. Čiastočné úpravy v národnostnej otázke síce nastali, ale trvali iba do roku 1867, keď si vládnúce národy Maďarov a Nemcov rozdelili zvrchovanú moc na území bývalého Uhorska a Rakúska (vrátane českých krajín).

Ján Francisci sa v tomto čase sa stal vysokým štátnym úradníkom – najprv vo Zvolene, v Debrecíne, vo Veľkom Varadíne (dnešná Oradea) a napokon v roku 1860 v Budíne, kde zastával úrad radcu pri kráľovskej miestodržiteľskej rade. Taktiež sa Ján Francisci stáva ústrednou postavou obnoveného slovenského národného hnutia, ktoré vyvrcholilo v júni 1861 slovenským národným zhromaždením v Martine a formulovaním Memoranda s požiadavkou priznania Slovákom práva na ich územie (Okolie) a vlastnú reč, ktorého autormi bol Ján Francisci a Štefan Marko Daxner.

Stal sa predsedom dočasného výboru Matice slovenskej a v tejto funkcii 1. augusta 1861 predložil kráľovskej miestodržiteľskej rade návrh Stanov Matice slovenskej a žiadosť o jej povolenie. Významným orgánom v tomto období sa stali i ním založené Pešťbudínske vedomosti vydávané od roku 1861.

Možno povedať, že pre osobnosť, život a dielo Jána Francisciho je najviac príznačná idea Matice slovenskej. Ján Francisci má obrovskú zásluhu na tom, že táto idea, na pozadí ktorej sa uskutočňovali všetky národnoobrodenecké činy od roku 1827, sa v roku 1863 konečne stala i skutkom. Prirodzene sa vnucuje otázka, prečo sa nestal predsedom Matice slovenskej práve on, ale Štefan Moyses. Štefan Moyses bol v tom čase najuznávanejšou slovenskou osobnosťou pred cisárskym dvorom. Takáto osobnosť iste znamenala veľa pre taktiku Habsburgovcov v udržiavaní štátnopolitickej jednoty Rakúska-Uhorska, ktorá sa už dávnejšie usilovala zjednocovať pestré národnostné zloženie štátu na platforme katolicizmu. Pre takúto taktiku Viedne katolícky biskup bol víťaznou osobnosťou. Voľba Karola Kuzmányho za prvého podpredsedu Matice slovenskej mala zase symbolizovať národnú jednotu slovenských katolíkov a evanjelikov v tejto najvyššej národnej reprezentácii. Preto Francisci voľbu prvého podpredsedu neprijal, za to rád prijal funkciu doživotného čestného podpredsedu Matice slovenskej.

S ideou Matice slovenskej sa Ján Francisci ako doživotný čestný podpredseda spájal aj po jej násilnom zatvorení v roku 1875. Usiloval sa zachrániť skonfiškovaný majetok Matice slovenskej a vytrvalo sa pokúšal aj o obnovenie jej činnosti. V postavení štátneho penzistu, ktorým sa stal v roku 1867 v čase Rakúsko-uhorského vyrovnania, už však veľa vykonať nemohol. Jeho činnosť sa sústreďovala na kultúrno-osvetovú prácu. Mnoho vykonal ako správca Kníhtlačiarskeho účastinárskeho spolku v Martine, prvej národnej kníhtlačiarne, ktorú spravoval 30 rokov.

V tomto čase ho stihlo i veľké rodinné nešťastie. Rok po zatvorení Matice slovenskej mu náhle umrela dcéra Mária. Ani nie dva mesiace po jej smrti postihol Jána Francisciho druhý ťažký životný úder. V Martine, kde žil s manželkou a synmi na odpočinku, ho náhle opustila jeho manželka Amália. Amália Kasanická je autorkou známej korálkovej výšivky obalu stanov Matice slovenskej.

Po pochovaní svojich blízkych sa Ján Francisci stáva svedkom rozhodujúcej fázy maďarizácie. Umiera v Martine v roku 1905. Svojou prácou si však vystaval pomník,: „ktorý život svedectvu dáva“, ako sám napísal vo Vlastnom životopise.