Krátko nato našiel Hőss pri inšpekcii malú miestnosť, kde sa kopila hromada malých valcovitých škatúľ s nápisom: “Giftgas” a pod tým: “Cyclon B”. Boli to pozostatky materiálu, ktorý sem pred rokom priviezli z Hamburskej firmy Weerle & Frischer, aby očistili od hmyzu poľské delostrelecké kasárne. V týchto hermeticky uzatvorených škatuliach boli zelené kryštáliky, ktoré pri styku s kyslíkom vo vzduchu okamžite vylučovali jedovatý plyn. Hőss sa potešil(!), keď prišiel na to, že tento plyn je takisto nebezpečný pre človeka ako i pre hmyz. Rozhodol sa okamžite vyskúšať jeho vlastnosti. Dal presekať v stene obidvoch provizórnych zariadení v Birkenau primerane veľkú dieru, z vonkajšej strany opatrenú záklopkou. Keď sa asi 200 práceneschopných židov zhromaždilo v miestnosti, vysypali týmto otvorom jednu škatuľu “Cyclonu B”. Vzápätí sa ozval rev a dvere i steny zaduneli pod prudkými údermi. Potom krik zoslabol, údery už neboli také silné a o päť minút zavládlo úplné ticho. Hőss rozkázal SS, aby si nasadili plynové masky, otvorili všetky obloky a dvere a urobili prievan. Do miestnosti vstúpil ako prvý. Smrť vykonala svoje dielo. Hőss si pochvaľoval časovú úspornosť tohto systému a aj jeho hospodárnosť, lebo jeden kilogram Giftgasu stál len tri marky a päťdesiat fenigov. Navyše, pri použití viacerých škatúľ naraz by bolo možné splynovať odrazu celý transport. Keď Hőss o tom premýšľal, prišiel na to, že takáto miestnosť by sa mala vybudovať pod zemou a z betónu nielen preto, aby mohla vzdorovať zúfalému útoku takého počtu obetí, ale aj preto, aby sa ututlal ich krik. Z toho ďalej vyplývalo, že tu nebudú obloky, aby sa miestnosť po splynovaní mohla vyvetrať. Preto bolo treba premyslieť systém umelého vetrania. Zdalo sa mu užitočné zriadiť pred touto miestnosťou ešte jednu, akúsi šatňu vybavenú lavičkami, vešiakmi a ramienkami, ktorá by doplnila dekoráciu potrebnú na upokojenie “pacientov”.

Onedlho predložil svoj návrh podplukovníkovi SS. So systémom bol spokojný, mal však pár námietok. Navrhoval, aby bola pre úplnú dekoráciu dovezená poľná kuchyňa, keďže väzňom sľubujú, že po sprche dostanú kávu. Ďalej navrhoval vybetónovať dlážku, aby mala spád, a na odtok vody urobiť žliabky. Po splynovaní bolo totiž potrebné telá polievať, pretože boli pokryté výkalmi. Namietal, že kryštáliky padajú rovno na podlahu a tak sa stáva, že sa väzni na ne zvalia a kvôli tomu sa nemôže uvoľniť všetok plyn. Hőss dal preto pod otvory v strope namontovať stĺpy z dierkovaného plechu, do ktorých sa Cyclon B vhadzoval.
Už v tejto dobe bol výkon oboch plynových komôr 5.000 jednotiek za deň. Pochovať však bolo možné len 500, pretože kvôli šetreniu miesta ich bolo treba v jamách ukladať. Podplukovník Hőss upozornil, že o rok, teda v roku 1942 budú potrebné už štyri také budovy, lebo transporty dosiahnu počet 10.000 jednotiek denne. Systém ukladania tiel podplukovník zamietol úplne a tak poslal Hőssa do výskumného strediska v Culmhofe. Výskumné stredisko preto, lebo tu usmrcovali väzňov len preto, aby mohli hľadať nové, efektívnejšie spôsoby likvidovania ich tiel. Dospeli tu k záveru, že jediným možným spôsobom je kremácia židov v špeciálnych peciach. Takéto pece tu práve vyvíjali. Kúrilo sa v nich koksom a pojali max. tri telá. Keďže pece tu používali len ako pomocné zariadenia, zvyšok tiel spaľovali priamo vonku v otvorených jamách. Výkon jamy s rozmermi približne 6x3x50 metrov bol 8.000 tiel za 24 hodín. Na tento počet by bolo potrebné postaviť asi osem dvojitých pecí. Hőss však pokladal spôsob spaľovania v jamách za surový, primitívny a nedôstojný veľkej priemyselnej krajiny. Keď sa rozhodol pre pece, uvedomoval si, že si vyberá modernejšie riešenie. Rozhodol sa, že všetky činnosti od splynovania až po kremáciu sústredí do jednej, čiastočne podzemnej budovy.

Tento nový plán bol prijatý bez zmeny, a tak mu poskytli veľké finančné prostriedky a prednostný prídel stavebného materiálu na vybudovanie štyroch budov. Dve z nich mali byť hotové do 15. júla 1942 a ďalšie dve do 31. decembra toho istého roku. I keď mal Hőss viac ako rok, stavby boli spoly dokončené už na Vianoce roku 1941. Keďže bol účel týchto stavieb prísne tajný, ani bežní príslušníci SS nevedeli na čo vlastne budú slúžiť. Mysleli si, že ide o protiletecké úkryty. Kým budovy neboli ešte dokončené, v tábore sa musel používať spôsob pochovávania a spaľovania v jamách. Po celom území sa šíril nepríjemný zápach a Hőssovi bolo jasné, že zvláštna akcia nezostane dlho utajená. Príslušníci SS tvrdili židom, že zápach pochádza z garbiarne, ale bolo poznať, že tomuto tvrdeniu neveria. Pre ich upokojenie nechal Hőss na Vianoce postaviť na zhromaždisku väzňom obrovskú jedľu. Na Štedrý večer roku 1941 okolo 2330 hod. nadporučík SS Setzler, priateľ a poradca Hőssa, spáchal samovraždu. Pripevnil na výfuk auta hadicu, zaviedol ju do kabíny, posadil sa dnu a motor nechal voľne bežať... Na svojom stole zanechal dopis: “Siaham si na život, lebo už nemôžem zniesť ten odporný zápach spáleného mäsa”. Po prečítaní Hőss list spálil a mŕtvemu Setzlerovi pokojne polial košeľu pálenkou. Do vyhlásenia na veliteľstvo SS napísal, že Setzler pre opitosť nekontroloval svoje konanie, a teda že išlo o nehodu.

Dve rovnako veľké krematóriá boli Reichsfűhrerom slávnostne uvedené do prevádzky 18. júla 1942. Pretože Hőss nechcel, aby počas zvláštnej akcie – otestovania stavieb nastali nejaké komplikácie, rozhodol sa nepoužiť práceneschopných židov z Osvienčimu, ktorí dobre vedeli čo sa deje, a tak dal rozkaz doviezť špeciálny transport s dvetisíc židmi z niektorého poľského geta. Keď dorazili, sľúbili im, že po sprche dostanú chlieb a Hőss dokonca zavolal svoj väzenský orchester, ktorý začal hrať poľské melódie. Keď židia vstúpili do miestnosti, službukonajúci príslušníci SS im rozdali kúsok mydla, vybehli von a zabuchli dubové dvere. Ozvali sa výkriky a tupé údery do stien. Reichsfűhrer sa na celú akciu pokojne pozeral malým okienkom vo dverách. O chvíľu bolo po všetkom. Prišlo špeciálne komando väzňov vo vysokých čižmách, ktoré postrekovalo hŕby mŕtvol silnými prúdmi vody. Potom všetky mŕtvoly prekladali na vozíky, prešli s nimi popri komande, ktoré zbieralo prstene, potom popri komande holičov, ktorí strihali vlasy, a okolo komanda dentistov, ktorí trhali zlaté zuby. Štvrté komando hádzalo telá do pecí. Krátko po tejto návšteve bol Rudolf Hőss povýšený. Celý rok 1942 pokračovali transporty a likvidácia bez väčších komplikácií.