Keďže do plynu šli len práceneschopní židia, ostatní iba zvyšovali už aj tak veľmi vysoký stav väzňov v tábore. Väzni sa hromadili v tesných barakoch, hygiena a strava boli stále horšie a epidémie – hlavne šarlach, záškrt a týfus – nasledovali jedna za druhou. Zabíjali skoro toľko ľudí ako plynové komory a telá sa hromadili pred barakmi tak rýchlo, že to preťažovalo zvláštne oddiely, ktoré ich odvážali do krematórií. V tomto období bola situácia natoľko napätá, že Reichsfűhrer vydal príkaz, aby bol zastrelený každý veliteľ SS, ktorý by úmyselne alebo neúmyselne čo len troška spomalil plnenie vykynožovacieho plánu. Židovské transporty mali mať všade prednosť, dokonca aj pred dopravou zbraní a vojsk na ruský front.

Krematóriá č. III a IV boli hotové na určený termín a od januára 1943 do konca roka pracovali všetky štyri naplno. V decembri 1943 bol Hőss vymenovaný za inšpektora koncentračných táborov a tak spolu s rodinou (3 deti) opustil tábor Osvienčim-Birkenau.
Inšpekčnú činnosť vykonával až do marca 1945, kedy sa vojna obrátila proti Nemecku. Vtedy všetci velitelia koncentračných táborov dostali rozkaz zastaviť zabíjanie židov a vykonať všetko možné, aby sa znížila ich úmrtnosť. Koncom apríla bola už situácia taká, že velitelia koncentračných táborov dostali rozkaz opustiť tábory a ukryť sa - “Od tej chvíle sa stal útek akýmsi hrozným snom. Z jednej strany postupovali Rusi, z druhej Anglosasi a my sme museli ustavične utekať pred postupujúcim nepriateľom” (Hőss – apríl 1945).

5. mája dostal Hőss rozkaz, aby odišiel do Rantumu. Prišiel tam 7. mája a niekoľko hodín pred svojím príchodom sa dozvedel, že bola podpísaná bezpodmienečná kapitulácia Wermachtu. 5. júla Hőssa demobilizovali a poslali ho na majetok Georga Putzlera, od ktorého sa dozvedel, že ríšsky vodca Heinrich Himmler sa dostal do britského zajatia a pred vypočúvaním spáchal samovraždu. Hőss pocítil, že aj pre neho začína byť situácia nebezpečná.

Ráno, 14. marca 1946 zatkli Hőssa americkí vojaci a odviezli ho do Bredstedtu, kde ho vypočúvali. Povedal im všetko čo vedel. “To bol koniec, uvedomil som si a zaplavil ma podivný pocit úľavy” (Hőss – marec 1946). Svoju výpoveď musel zopakovať ako svedok obžaloby 30. septembra na norimberskom procese: “Spočiatku som mal nepríjemný pocit, no potom som postupne strácal akýkoľvek cit. Myslím, že to bolo potrebné: inak by som nebol mohol pokračovať. Chápte, pokladal som židov len za jednotky, nikdy nie za ľudské bytosti. Sústreďoval som sa na technickú stránku svojej úlohy. Nemohol som si dovoliť dojatie. Mal som rozkazy. Aj deti sa pokladali za práceneschopných. Musel som ich teda splynovať” (odpoveď na otázku, či nič necítil pri vraždení nevinných ľudí a detí).

Hőssov proces sa začal 11. marca 1947, skoro presne rok po jeho zatknutí. Bol ohromený, že Poliaci predvolali toľkých ľudí z celej Európy. Že vynaložili toľko námahy a finančných prostriedkov – “Keď som ich videl takto konať, nevedel som si predstaviť, že by sa zo Slovanov mohla dakedy zrodiť vodcovská rasa” (Hőss – marec 1947).

Vypočúvanie (úryvok)
- Zabili ste tri a pol milióna ľudí.
Hőss si vyžiadal slovo a povedal:
- Prepáčte, zabil som ich len dva a pol milióna.
V miestnosti sa ozval šum a prokurátor zakričal:
- Mali by ste sa hanbiť za svoj cynizmus!
Hőss si pomyslel:
- Neurobil som predsa nič zlého, len som opravil nepresné číslo.

Predseda vyniesol rozsudok 2. apríla 1947. Hőss si ho vypočul v pozore. Bol taký, aký čakal. Rozsudok určoval, že nemá byť obesený vo Varšave, ale rovno v tábore Osvienčim, a to na jednej zo šibeníc, ktorú dal sám postaviť...
Nie je vylúčené, že celkový počet obetí genocídy dosiahol až 6 mil.