Trvala celých pět let a počet obyvatel Říma za tu dobu klesl o polovinu. Caesar netáhl na území metropole s velkou vojenskou silou. Podle Plútarcha měl k dispozici 300 jezdců a 5000 těžkooděnců. Pompeius se senátem se ho však tak lekli, že utekli do Řecka a dokonce zapomněli v Římě i státní pokladnu.
Caesarův diplomatický talent byl obdivuhodný. Pompeius vyhlásil, že bude pokládat za nepřátele všechny ty, kdo státu nepomohou. Caesar oznámil, že všechny osoby nerozhodné a neutrální bude řadit mezi své stoupence. Nebyla to však pouhá taktika. Když například u Ilerdy při jednání o podmínkách kapitulace byli pochytáni a povražděni všichni caesarovci, kteří byli právě v Pompeiově táboře, nepřipustil, aby se po Pompeiově porážce oplácelo stejnou mincí. Kvůli nedostatku vojenských sil se neukvapil a nepronásledoval pompeiovce okamžitě do Řecka. Nejprve porazil nepřátelské vojsko v Hispánii. Po prvních zprávách o jeho vojenských úspěších ho lidové shromáždění zvolilo diktátorem. Když se vrátil do Říma, vydal za pouhých deset dní řadu „demokratických zákonů“. Římské chudině zajistil bezplatné příděly obilí a ulehčil dlužníkům. Dále rozšířil římské občanství na obyvatele Předalpské Galie.
Když se po jedenácti dnech titulu diktátora vzdal, lidové shromáždění mu přiznalo titul konzula. Díky tomu byl legálním představitelem státu a Pompeius naproti tomu vzbouřencem. Pompeius byl později zavražděn na lodi, když prchal před Caesarem z bitvy u Farsalu do Egypta. Caesar však neměl radost a dal Pompeia pohřbít se všemi poctami. Tím ovšem ještě občanské války nekončily. Po prožitém dobrodružství v Egyptě s Kleopatrou ( z jejich několikaměsíčního vztahu se narodil následník egyptského trůnu) pokračoval v boji proti pompeiovcům. Roku 46 př. n. l. porazil v severní Africe Pompeiova tchána Scipiona. Rok nato vybojoval poslední vítězství svého života v Hispánii proti Pompeiovým synům Gnaeovi a Sextovi. I z těchto válek nám Caesar zanechal památku. Napsal dílo Zápisky o válce občanské. Caesar diktátorem - reformátorem

Roku 46 př. Kr. byl Caesar ustanoven diktátorem na deset let a roku 44 př. Kr. diktátorem doživotním. Během osmi měsíců, které mu zbývaly do konce života, provedl řadu reforem. Štědře se postaral o armádu, zajistil trvalé příděly obilí chudině a vytvářel pro ni pracovní příležitosti při výstavbě nových kolonií, komunikací a přístavů. Provedl také četné reformy ve vnitřní státní správě. Do dějin vešla především jeho reforma kalendáře. Podle původního římského kalendáře trval rok 355 dnů, ale Caesar přejal v roce 46 př. n. l.