Tehdy shledáno, že odkopána dosud pouze akropolis; existence podměstí na svahu nebyla posud prokázána monumentálně, ale byla pravděpodobna z analogie. Proti Schliemannovi a Dörpfeldovi tehdy vyvstal Arnošt Bötticher, který spisem »La Troie de Schliemann une nécropole à incinération à la manière Assyro-Babylonienne« (Louvain, 1888 až 1889) dovozoval, že památky na Hissarliku vykopané jsou zbytky předvěké ohňové nekropole a obviňoval oba hlavní nálezce, že na podporu svých theorií porušili podstatně zdi zachované. Ale mezinárodni odborná konference, konaná v Hissarliku 1. až 6. pros. 1889 a s pokračováním v břez. 1890, dala za pravdu Schliemannovi a Dörpfeldovi. (Prášek v »Osvětě« 1890, 915 sl., 993 sl.) Po smrti Schliemannově r. 1890 Dörpfeld r. 1893 podjal se dalšího zkoumání a tu shledáno, že vyskytuje se v Hissarliku nad sebou devatero různých vrstev kulturních, z nichž šestá, od zpodu počínajíc, již dříve Schliemann přisuzoval době lydské, repraesentuje městiště z doby mykénské (W. Dörpfeld, [Troja], 1893. Bericht über die im J. 1893 in [Troja] veranstalteten Ausgrabungen. Lip., 1894). Podporou německého císare Viléma II. umožněno r. 1894 Dörpfeldovi podrobné prozkoumání mykénského města v [Troja]-ji, čímž výzkumné práce trojské dovršeny. Výsledek prací Schliemannových a Dörpfeldových (Dörpfeld, [Troja] und Ilion, Athény, 1902) jest tento. Nejstarší (prvé od zpodu) sídliště vzniklo ještě v době kamenné, ± 3000 př. Kr., v rozměrech nevelikých. Zbudováno bylo na skalné ploše, 26 m nad mořem zvýšené, a zachovaly se z něho zbytky nemnohé. Druhé město vzniklo na ploše, rumem prvého navršené, a skládalo se z hradu zdí obehnaného; veškery stavby byly z cihel na slunci sušených a na jihu byl prostor rozšířen.

Toto městiště jeví stopy velikého požáru, jimž bylo zničeno, načež vznikly na něm tři malé otevřené osady (třetí až páté sídliště). Všecky tyto vrstvy mají ráz předhistorický. Do doby historické vstupujeme šestou vrstvou, mykénským městem, jehož úroveň vznáší se již 36 m n. m. V této šesté vrstvě, charakterisované střepinami z doby mykénské, objeven veliký hrad, od kamene zbudovaný, mohutnou hradbou obklopený, s hojnými budovami velikých rozměrů, jenž tudíž repraesentuje [Troja]-ju homérskou. Celkem v něm objeveno sedmero velikých a větší počet menších budov, které však, proti vnitru hradiště tirynthského, nečiní skupinu souvislou, nýbrž každá jest celkem samostatným, svými rozměry obdobné zjevy v Tirynthu značně převyšujícím. Také způsob stavby jest nákladnější než stavba domů tirynthských a mykénských, ježto toliko základy zbudovány jsou z kamenů hrubě otesaných, stěny však již z kamenů pečlivě hlazených. Pohříchu vnitřní čásť mykénského hradu v [Troja]-ji byla překopána k nepoznání při stavbě římského llia, ježto podle úsudku Dörpfeldova původní jehlancovitý tvar pahorku nehodil se k nákladným a širé úrovně vyhledávajícím stavbám císařským. V budovách shledaných spatřují se domy obytné, skládající se po výtce z uzavřené světnice a z otevřené předsíně; jedna z nich zdá se býti zbytkem chrámu, ježto rozdělena byla v podélném směru řadou sloupů, jest položena na blízku chrámu Athénina a ohrazena zdí.