Jeho prozatímním zástupcem byl jmenován K. H. Frank. Vyhlásil na území druhé stanné právo a začal schvalovat první vraždy. Teror, který okupanti v čele s Frankem rozpoutali, neměl do té doby u nás podoby. Nejhrůznějším činem bylo vyhlazení obcí Lidice a Ležáky. Pod záminkou údajného styku dvou zdejších rodin s pachateli atentátu byli zde muži zastřeleni, ženy odvezeny do koncentračních táborů a děti dány k převýchově. Poté byly vypáleny a srovnány ze zemí. Tato akce vyvolala téměř po celém světe vlnu odporu proti německému fašismu.
Pachatelé atentátu a další českoslovenští parašutisté se zatím ukrývali v kostele Cyrila a Metoděje v Resslově ulici v Praze. 16. června se na četnické okresní stanici v Benešově objevil rotmistr Karel Čurda. Ačkoliv byl jedním z československých paravýsadkářů, oznámil, že může dát pokyny k vypátrání pachatelů atentátu na Heydricha. 18. června byli parašutisté obklíčeni čtyřmi sty příslušníky SS. Dostali příkaz, který nesplnili - chytit atentátníky za každou cenu živé. Esesáci zahájili kulometnou palbu z podkroví blízkého gymnázia a z oken obchodní akademie. Parašutisté však hájili své pozice do posledních sil. Po hrdinném odporu, chvíli před vniknutím gestapa do katakomb, se zastřelili.